genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38963261--38963449	45	4.3	43	69	18	129	26	21	20	31	1.98
38963391--38963713	133	2.4	133	88	3	470	27	22	17	31	1.97
38963793--38963891	45	2.2	44	82	7	110	31	24	19	25	1.98
38964071--38964265	64	3.0	64	94	0	336	38	13	17	30	1.88
38965394--38965443	10	5.3	10	74	13	52	4	10	2	84	0.84
38965394--38965429	17	2.1	17	94	0	63	2	11	0	86	0.68
38978764--38978793	13	2.4	12	94	5	51	83	3	0	13	0.77
38978764--38978793	6	4.8	6	92	8	51	83	3	0	13	0.77
38980562--38980663	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
38992531--38992580	21	2.5	19	80	9	55	32	24	22	22	1.98
38992715--38993235	288	1.8	286	97	0	988	44	18	11	25	1.83
38993599--38993651	24	2.3	22	87	9	79	43	0	5	50	1.25
38994066--38994125	18	3.3	18	83	2	75	43	8	15	33	1.76
38994851--38995106	132	1.9	132	86	0	359	23	20	25	30	1.98
38995298--38995342	25	1.9	24	86	13	67	35	2	15	46	1.58
38999356--38999456	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
38999385--38999456	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
39007157--39007257	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
39007186--39007257	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
39011984--39012010	10	2.7	10	100	0	54	40	22	18	18	1.91
39015518--39015558	19	2.2	19	100	0	82	31	36	4	26	1.78
39016102--39016206	41	2.6	41	83	8	126	39	26	16	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39016179--39016222	16	2.8	16	85	0	61	34	29	20	15	1.94
39027015--39027066	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
39035878--39035919	21	2.0	21	100	0	84	47	4	14	33	1.65
39037545--39037707	40	4.0	40	82	10	202	29	14	25	31	1.94
39037545--39037707	85	2.0	82	85	6	220	29	14	25	31	1.94
39042411--39042458	25	1.9	25	84	16	64	33	0	12	54	1.38
39045579--39045603	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
39045641--39045695	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
39048060--39048270	46	4.5	46	78	8	169	29	18	28	22	1.98
39048106--39048270	49	3.5	48	82	7	151	30	17	28	23	1.97
39048416--39048478	31	2.0	31	100	0	126	26	9	34	28	1.88
39055546--39055675	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
39061168--39061199	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
39061939--39062134	69	2.9	67	76	8	191	35	18	22	23	1.96
39066932--39066956	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
39072822--39072883	30	2.0	31	81	9	74	56	9	20	12	1.65
39089012--39089202	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
39089052--39089202	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
39098383--39098550	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
39106364--39106531	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
39109653--39110081	47	9.1	47	90	0	669	32	11	29	26	1.92
39109680--39109755	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39109652--39110081	141	3.0	141	96	0	788	32	11	29	26	1.92
39109821--39109896	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
39109962--39110037	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
39110286--39110430	37	3.9	37	90	0	218	22	17	33	26	1.96
39115633--39115695	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
39123495--39123557	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
39126799--39126996	40	5.0	40	94	1	337	23	22	27	26	2.00
39131573--39131606	16	2.1	16	100	0	68	29	5	29	35	1.81
39132137--39132173	19	1.9	19	88	0	56	35	24	8	32	1.85
39136773--39136838	30	2.2	30	100	0	132	24	36	24	15	1.93
39137765--39137892	47	2.7	47	81	2	123	34	29	12	23	1.92
39143368--39143400	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
39144468--39144532	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
39144638--39144727	27	3.2	28	79	7	103	18	23	24	33	1.97
39144648--39144738	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97
39144638--39144752	55	2.1	56	80	8	128	18	23	22	35	1.95
39145188--39145226	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
39150407--39150657	38	6.5	39	86	7	309	27	28	21	23	1.99
39158549--39158729	40	4.6	40	78	8	167	23	28	24	24	2.00
39158549--39158729	78	2.3	79	81	5	197	23	28	24	24	2.00
39177542--39177586	23	2.0	23	100	0	90	44	4	4	46	1.43
39185978--39186011	17	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39185977--39186019	18	2.4	18	76	7	52	62	4	0	32	1.15
39190040--39190228	43	4.4	43	90	5	276	34	26	13	25	1.93
39190021--39190228	85	2.4	86	87	4	280	34	26	12	25	1.93
39191664--39191871	40	5.2	39	82	6	222	25	26	22	25	2.00
39191664--39191871	80	2.6	80	83	3	258	25	26	22	25	2.00
39196351--39196464	43	2.7	43	82	6	151	27	26	16	29	1.97
39199227--39199279	29	2.0	26	82	14	63	18	18	28	33	1.95
39200747--39200835	6	14.3	6	68	23	51	48	14	17	19	1.81
39200731--39200835	31	3.4	31	76	10	99	49	14	17	19	1.79
39201242--39201304	27	2.3	26	81	5	72	25	19	19	36	1.94
39201285--39201412	54	2.4	54	78	2	132	27	10	23	39	1.87
39201285--39201360	27	2.8	27	91	0	116	26	11	23	38	1.89
39201288--39201427	27	5.2	27	80	3	102	27	9	24	38	1.86
39201288--39201427	54	2.6	54	77	2	129	27	9	24	38	1.86
39201445--39201539	27	3.5	27	81	5	111	29	8	21	41	1.82
39201644--39202764	567	2.0	550	94	2	1936	27	30	16	26	1.96
39204013--39204046	18	1.9	17	88	5	50	50	14	11	23	1.76
39204034--39204099	6	10.8	6	73	15	55	43	15	21	19	1.87
39204045--39204122	31	2.5	31	85	2	93	48	14	17	19	1.81
39204530--39204643	26	4.3	27	80	8	135	26	21	17	35	1.95
39204624--39204766	54	2.6	54	78	2	162	29	8	23	38	1.84
39204624--39204766	27	5.3	27	80	0	115	29	8	23	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39204792--39204878	27	3.2	26	82	6	102	29	8	21	40	1.82
39206266--39206299	17	2.1	16	88	5	50	35	2	23	38	1.70
39214938--39215319	40	9.6	40	94	0	642	24	26	22	26	2.00
39219783--39219837	18	3.1	18	89	0	83	16	21	18	43	1.88
39225442--39225623	40	4.6	39	80	6	188	25	27	21	25	1.99
39225442--39225623	79	2.3	79	80	8	199	25	27	21	25	1.99
39228513--39228564	25	2.1	25	85	3	70	30	19	17	32	1.95
39228520--39228589	25	2.8	25	80	4	79	28	21	21	28	1.99
39229399--39229462	26	2.4	26	84	2	83	20	25	20	34	1.96
39229399--39229474	26	2.9	25	77	11	80	21	21	22	35	1.96
39229520--39229649	27	4.7	27	74	11	111	30	8	19	41	1.81
39229513--39229682	54	3.1	55	80	4	175	32	10	17	39	1.84
39229579--39229735	27	5.8	26	74	6	118	28	10	19	40	1.85
39229734--39229820	27	3.2	27	93	0	147	43	10	19	26	1.83
39239578--39239639	18	3.4	18	84	8	90	19	35	27	17	1.94
39249132--39249168	18	2.1	18	89	0	56	62	5	0	32	1.18
39249087--39249502	148	2.9	141	87	8	596	60	5	3	30	1.36
39249310--39249351	3	13.7	3	95	5	75	64	0	0	35	0.94
39249458--39249519	9	6.7	9	78	10	54	56	0	4	38	1.21
39249464--39249513	18	2.8	18	84	6	66	56	0	6	38	1.24
39251190--39251309	64	1.9	64	94	0	213	30	25	19	25	1.98
39251254--39251403	77	2.0	75	90	2	237	31	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39257865--39258031	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
39257865--39258031	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
39258856--39258901	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
39265865--39266028	40	4.2	39	81	6	165	25	26	21	26	2.00
39265881--39266028	77	1.9	76	83	6	192	24	27	22	26	2.00
39266853--39266898	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
39274758--39275179	144	3.0	142	88	9	612	62	4	2	29	1.31
39275002--39275211	3	70.7	3	70	19	97	62	3	2	31	1.24
39276873--39276900	13	2.2	13	100	0	56	39	0	53	7	1.28
39285412--39285529	62	1.9	62	98	0	227	35	18	11	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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