genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58500943--58501110	40	4.2	40	82	1	167	24	25	22	27	2.00
58502795--58502868	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
58502736--58502868	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
58523947--58524016	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
58527806--58528093	27	10.7	26	82	5	279	39	19	8	31	1.82
58527806--58528013	54	3.8	54	90	0	308	40	18	8	32	1.80
58528153--58528496	27	12.7	27	87	0	463	33	21	20	23	1.97
58528904--58528955	27	1.9	27	84	7	70	23	23	17	36	1.95
58529285--58529360	6	12.3	6	73	15	66	17	18	17	47	1.83
58529285--58529360	31	2.5	31	91	0	116	17	18	17	47	1.83
58533425--58533474	15	3.3	15	74	2	55	28	30	16	26	1.96
58533627--58533763	44	3.1	44	80	0	157	40	15	11	32	1.83
58533690--58533763	22	3.4	22	68	7	60	44	13	13	28	1.82
58536278--58536311	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
58537296--58537353	26	2.3	26	96	3	109	43	17	8	31	1.79
58544327--58544421	44	2.2	44	84	0	118	43	17	6	32	1.75
58544476--58544517	21	2.0	22	81	13	52	23	11	26	38	1.90
58547800--58547901	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
58555625--58555726	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
58559014--58559106	40	2.3	40	82	10	118	24	16	26	32	1.96
58559091--58559174	28	3.0	28	83	0	105	25	13	33	28	1.93
58562855--58562964	55	2.0	55	100	0	220	38	14	14	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58563799--58563948	41	3.7	41	84	1	212	28	28	22	20	1.99
58573562--58573764	40	5.1	39	86	3	194	26	27	21	24	1.99
58573562--58573764	80	2.5	78	83	6	244	26	27	21	24	1.99
58590518--58590575	26	2.2	26	84	3	71	44	0	8	46	1.34
58591411--58591442	14	2.3	14	94	0	55	56	6	9	28	1.55
58593948--58594009	30	2.1	29	85	8	81	20	22	40	16	1.91
58594136--58594191	21	2.7	21	100	0	112	10	33	30	25	1.90
58595994--58596024	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
58598464--58598528	29	2.2	29	94	0	121	29	18	27	24	1.98
58606274--58606336	29	2.2	29	97	0	117	30	17	26	25	1.97
58622196--58622437	40	6.1	40	89	1	337	24	21	26	27	1.99
58627193--58627288	27	3.5	28	90	7	144	19	10	26	43	1.83
58628918--58628955	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
58635165--58635256	27	3.4	26	88	5	130	20	9	25	44	1.82
58643443--58643584	42	3.4	42	77	1	158	29	16	26	28	1.97
58643431--58643540	42	2.6	42	82	1	139	31	13	23	30	1.93
58649235--58649268	17	2.0	17	88	11	52	52	5	11	29	1.61
58649688--58649750	31	2.0	31	84	0	81	15	25	39	19	1.91
58653136--58653227	39	2.4	39	79	0	112	23	25	17	33	1.96
58661256--58661462	40	5.2	40	79	4	177	20	26	24	28	1.99
58661310--58661462	80	1.9	79	83	1	198	21	26	23	28	1.99
58663466--58663558	39	2.4	39	80	3	107	24	23	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58666924--58667068	43	3.4	43	80	6	152	33	26	17	22	1.96
58672422--58672527	37	2.9	37	94	0	176	25	32	18	23	1.97
58672677--58672811	48	2.8	48	89	0	207	29	28	8	34	1.86
58672781--58673068	47	6.1	47	93	0	486	25	28	12	33	1.92
58672943--58673020	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
58672968--58673043	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
58676633--58677137	40	12.6	40	90	0	769	25	28	21	24	1.99
58676865--58676931	23	3.2	23	64	24	65	25	28	22	23	1.99
58678412--58678523	37	3.1	37	93	2	190	27	30	19	22	1.98
58678412--58678519	36	3.0	36	94	1	180	27	30	18	23	1.98
58678670--58678804	48	2.8	48	91	0	216	30	28	8	33	1.86
58678774--58679061	47	6.1	47	92	0	477	25	28	12	33	1.93
58678936--58679013	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
58678961--58679036	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
58681913--58681956	8	5.5	8	88	0	52	4	18	18	59	1.55
58681913--58681956	16	2.8	16	82	0	61	4	18	18	59	1.55
58684893--58685203	46	6.7	48	69	18	162	24	28	17	29	1.97
58686682--58686812	56	2.3	55	83	10	151	20	17	32	29	1.96
58690905--58691073	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
58698192--58698360	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
58700422--58700601	40	4.6	40	87	3	249	25	23	25	25	2.00
58700422--58700572	79	1.9	80	95	1	277	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58707605--58707695	34	2.8	31	79	11	94	31	26	17	24	1.97
58708676--58708734	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
58708687--58708749	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
58708732--58708834	27	3.8	27	86	0	143	32	8	18	40	1.81
58708702--58708832	54	2.4	55	81	8	169	29	11	19	39	1.87
58708702--58708855	54	2.8	52	79	5	164	29	11	20	38	1.88
58712497--58712555	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
58712508--58712570	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
58712553--58712655	27	3.8	27	85	0	134	31	8	19	40	1.82
58712523--58712653	54	2.4	55	80	8	160	28	11	20	39	1.87
58715259--58715430	40	4.3	40	86	2	231	25	23	24	26	2.00
58715259--58715410	80	1.9	80	95	0	277	25	24	24	26	2.00
58724437--58724472	18	2.1	18	89	5	56	27	13	13	44	1.82
58725581--58725692	29	3.9	29	85	1	145	32	30	12	25	1.92
58749604--58749630	13	2.1	13	100	0	54	48	22	14	14	1.81
58752529--58752638	55	2.0	55	100	0	220	32	23	18	25	1.97
58755365--58755531	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58756353--58756398	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
58763364--58763529	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
58764350--58764395	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
58767933--58767960	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
58772717--58772779	28	2.2	28	88	0	90	30	26	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58772717--58772788	28	2.6	28	82	4	83	30	26	12	30	1.93
58777732--58777938	28	7.3	28	73	3	180	29	34	18	17	1.94
58777701--58777938	57	4.1	57	91	2	352	30	34	17	17	1.93
58777756--58777914	29	5.6	29	75	3	160	28	35	18	16	1.93
58780106--58780175	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58780106--58780187	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58788020--58788090	27	2.6	28	86	4	108	29	14	25	30	1.94
58788020--58788098	27	2.9	26	86	3	104	29	13	22	34	1.93
58802828--58802925	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
58823796--58823821	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58827998--58828026	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
58831031--58831215	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
58831031--58831218	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
58833912--58834109	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
58833978--58834095	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58833946--58834109	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58837654--58837738	24	3.6	23	85	6	107	32	22	17	27	1.96
58850803--58850963	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
58861263--58861294	14	2.3	14	100	0	64	21	28	28	21	1.99
58871538--58871725	40	4.7	40	89	3	290	23	26	22	27	2.00
58888916--58889153	49	4.8	49	85	2	287	29	26	18	26	1.98
58888916--58889160	99	2.5	100	84	2	314	28	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58895429--58895492	28	2.3	28	89	2	94	15	43	26	14	1.85
58896858--58896921	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
58897114--58897279	23	7.0	23	89	6	235	28	22	21	28	1.99
58897136--58897278	71	2.0	69	95	2	259	29	21	20	27	1.98
58897337--58897412	9	7.8	9	72	16	62	35	21	9	34	1.85
58897333--58897412	20	4.0	20	96	0	151	33	20	11	35	1.88
58897333--58897404	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
58900239--58900649	47	8.7	47	72	14	216	24	29	18	27	1.98
58900241--58900649	46	8.6	46	73	14	216	24	29	18	26	1.98
58900241--58900655	94	4.4	93	70	18	293	24	29	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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