genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  311  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96928826--96928884	28	2.1	28	100	0	118	37	23	20	18	1.94
96932064--96932226	43	3.8	43	80	8	172	31	25	15	26	1.96
96932064--96932226	86	1.9	85	82	6	204	31	25	15	26	1.96
96937971--96938029	14	4.5	13	74	16	50	49	0	1	49	1.11
96939168--96939225	29	1.9	31	89	6	93	20	25	15	37	1.92
96939207--96939272	22	3.0	23	77	6	73	16	22	19	40	1.91
96949102--96949233	49	2.7	49	81	3	151	21	26	22	28	1.99
96949292--96949417	46	2.7	47	78	16	147	24	26	17	31	1.97
96950023--96950086	27	2.4	27	94	0	110	39	23	10	26	1.88
96951131--96951219	44	2.0	44	95	0	160	35	25	12	25	1.91
96960047--96960257	43	4.9	43	81	4	248	32	25	15	27	1.95
96964798--96964854	13	4.2	13	72	14	53	1	21	1	75	0.98
96966113--96966228	34	3.4	34	84	0	133	29	7	17	45	1.76
96968198--96968229	13	2.4	14	94	5	57	59	9	0	31	1.29
96969916--96970031	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
96969929--96970061	29	4.5	29	90	3	194	25	24	14	36	1.93
96969929--96970061	59	2.2	60	91	1	214	25	24	14	36	1.93
96973535--96973580	23	2.0	23	91	0	74	39	15	2	43	1.59
96973723--96973749	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
96974183--96974250	25	2.7	25	86	0	91	30	16	41	11	1.84
96974361--96974405	14	3.5	14	77	22	62	37	4	13	44	1.64
96974362--96974410	24	2.0	24	96	0	89	40	4	10	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96977555--96977667	40	2.8	39	82	4	127	27	22	17	32	1.96
96978720--96978795	35	2.1	36	85	11	102	44	26	2	26	1.67
96978931--96979007	21	3.6	21	72	10	59	24	1	27	46	1.60
96979288--96979414	41	3.1	40	85	3	155	22	19	23	33	1.97
96980715--96980779	18	3.6	18	85	0	76	41	18	10	29	1.84
96980905--96981013	48	2.3	48	90	0	164	35	28	17	18	1.93
96981296--96981334	3	13.0	3	88	0	51	61	2	5	30	1.31
96981972--96982010	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
96982046--96982094	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
96983543--96983582	18	2.2	18	86	8	55	30	0	2	67	1.04
96983755--96983796	19	2.2	19	86	0	57	40	9	7	42	1.65
96984085--96984131	23	2.0	23	88	8	69	40	8	0	51	1.33
96984879--96984937	29	2.0	29	100	0	118	27	0	16	55	1.41
96985439--96985484	18	2.6	18	92	0	74	15	23	39	21	1.92
96989092--96989350	40	6.6	40	88	5	352	25	23	27	23	2.00
96989092--96989350	79	3.3	78	88	4	373	25	23	27	23	2.00
96994421--96994499	39	2.1	38	93	6	135	30	10	30	29	1.90
96997262--96997522	40	6.6	39	83	6	303	25	23	26	24	2.00
96997261--96997512	119	2.1	119	87	3	357	25	22	26	25	2.00
96997262--96997524	79	3.3	79	81	8	304	25	23	26	24	2.00
97017531--97017598	25	2.6	27	90	6	104	27	13	27	30	1.94
97017556--97017609	25	2.2	25	83	6	65	29	16	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97019564--97019632	27	2.6	27	90	0	111	27	14	26	31	1.95
97019564--97019644	27	3.0	26	83	7	108	28	13	23	34	1.93
97021067--97021183	46	2.5	46	91	1	180	29	16	28	25	1.97
97023869--97023992	64	1.9	64	85	8	171	22	17	23	36	1.95
97023897--97024020	65	1.9	64	86	4	178	23	18	25	33	1.97
97024174--97024222	26	1.9	26	83	4	64	26	20	16	36	1.93
97035335--97035364	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
97043938--97044047	52	2.1	52	96	1	204	38	10	33	18	1.84
97044928--97044966	18	2.2	17	86	13	53	2	0	17	79	0.84
97044932--97044972	18	2.2	19	86	8	57	2	2	17	78	0.98
97052760--97052828	34	2.0	34	100	0	138	27	0	26	46	1.53
97058388--97058416	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
97059606--97059683	36	2.2	36	88	2	122	48	17	7	25	1.74
97064469--97064517	20	2.4	20	80	10	55	22	24	0	53	1.47
97065661--97065689	15	1.9	15	100	0	58	0	20	0	79	0.74
97069565--97069677	25	4.5	25	75	8	95	18	24	18	38	1.93
97071838--97071871	12	3.0	11	87	8	50	47	0	0	52	1.00
97072949--97072983	18	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
97074225--97074283	29	2.0	29	100	0	118	22	6	23	47	1.75
97076144--97076190	23	2.1	23	92	4	78	65	19	2	12	1.35
97077031--97077073	19	2.2	20	83	8	52	65	2	4	27	1.25
97077429--97077479	17	3.0	17	80	5	50	35	3	3	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97079269--97079317	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
97083734--97083830	27	3.5	27	88	2	122	30	25	14	28	1.95
97088305--97088458	37	4.2	38	92	3	217	25	29	17	27	1.98
97088596--97088631	11	2.9	13	84	16	58	30	25	0	44	1.54
97088606--97088960	48	7.4	48	97	1	656	30	26	5	36	1.80
97099053--97099306	40	6.3	40	89	2	352	26	26	22	24	2.00
97122024--97122194	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
97122016--97122191	46	3.8	46	81	12	216	29	29	20	20	1.98
97131291--97131404	46	2.5	46	84	7	133	23	30	18	27	1.98
97131288--97131498	46	4.5	45	73	8	131	25	28	17	28	1.98
97136355--97136549	47	4.2	46	72	15	152	29	14	29	26	1.95
97136306--97136523	94	2.3	93	88	2	321	28	16	28	25	1.97
97138696--97138760	24	2.7	24	82	0	76	15	41	6	36	1.72
97139490--97139518	15	1.9	15	100	0	58	17	20	20	41	1.90
97142323--97142375	25	2.1	26	86	6	74	64	7	3	24	1.37
97142316--97142386	27	2.6	27	73	13	65	64	5	4	25	1.33
97144688--97144857	88	1.9	88	79	5	191	37	18	10	34	1.84
97144887--97144934	19	2.7	17	78	15	53	62	0	2	35	1.07
97144883--97144929	19	2.5	19	80	13	60	59	0	2	38	1.09
97145210--97145268	27	2.2	27	88	11	86	32	5	0	62	1.17
97145401--97145567	88	1.9	91	80	10	202	36	6	17	38	1.76
97154800--97154876	29	2.8	28	82	9	95	58	1	2	37	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97155043--97155068	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
97158939--97158978	6	6.7	6	100	0	80	50	0	50	0	1.00
97160229--97160305	18	4.1	19	69	21	63	61	5	1	32	1.26
97168002--97168033	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
97171977--97172084	32	3.6	29	70	18	87	42	9	4	43	1.57
97171952--97172085	59	2.3	59	81	3	162	39	9	5	44	1.62
97186059--97186116	27	2.1	27	80	0	62	32	34	15	17	1.91
97201237--97201298	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
97201253--97201378	53	2.4	54	81	7	141	27	8	19	43	1.81
97201279--97201378	27	3.7	27	88	4	132	28	6	21	45	1.75
97201281--97201392	27	4.2	27	85	5	113	28	6	22	42	1.77
97201371--97201689	27	11.8	27	84	0	386	41	8	21	28	1.82
97201371--97201689	54	5.9	54	88	0	433	41	8	21	28	1.82
97201695--97201784	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
97201678--97201784	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
97201695--97201799	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
97211407--97211443	9	4.1	9	92	0	65	21	10	24	43	1.84
97218727--97218858	48	2.8	48	78	2	122	28	17	26	27	1.98
97220878--97220975	34	2.9	34	81	1	99	26	24	20	28	1.99
97223601--97223820	47	4.7	48	81	9	210	24	20	27	28	1.99
97223644--97223767	47	2.6	47	93	0	212	25	20	25	28	1.99
97226654--97226693	13	3.1	13	96	0	71	15	30	37	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97230750--97230868	55	2.2	55	82	0	139	26	27	28	17	1.98
97238792--97238846	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
97240089--97240144	27	2.1	27	93	0	94	30	8	21	39	1.84
97241713--97241771	21	2.8	21	97	0	109	13	32	30	23	1.93
97243385--97243530	40	3.6	41	79	7	165	26	27	21	24	1.99
97244237--97244262	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97251390--97251574	40	4.7	40	86	6	227	25	27	22	25	2.00
97261984--97262066	41	2.0	41	97	0	157	38	16	18	26	1.92
97268799--97268847	6	8.0	6	79	4	53	30	12	18	38	1.87
97271109--97271135	11	2.5	11	100	0	54	18	11	0	70	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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