genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  325  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101763363--101763509	42	3.3	42	83	8	170	29	26	13	30	1.94
101763390--101763599	47	4.6	46	81	8	205	30	26	14	28	1.95
101763390--101763599	95	2.3	94	82	9	229	30	26	14	28	1.95
101763627--101763769	31	4.6	31	89	0	205	27	26	18	27	1.98
101763745--101763871	50	2.5	51	88	1	184	25	22	15	36	1.94
101769302--101769443	51	2.8	51	81	4	162	28	28	14	28	1.96
101771208--101771428	40	5.6	40	85	2	286	28	22	27	22	1.99
101773473--101773695	40	5.6	40	94	3	380	27	27	21	22	1.99
101773473--101773695	79	2.8	79	93	2	376	27	27	21	22	1.99
101773441--101773693	119	2.1	119	90	4	395	27	26	21	24	1.99
101781190--101781259	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
101784721--101784854	40	3.4	39	89	2	196	26	26	22	24	2.00
101793629--101793741	29	3.9	29	94	0	181	27	27	16	28	1.97
101795387--101795581	39	4.9	39	88	2	230	23	32	20	23	1.98
101795387--101795570	78	2.3	79	88	1	262	22	32	21	23	1.98
101795419--101795581	39	4.2	39	89	3	247	23	32	19	23	1.98
101803398--101803592	39	4.9	39	88	2	230	23	32	20	23	1.98
101803398--101803581	78	2.3	79	88	1	262	22	32	21	23	1.98
101803430--101803592	39	4.2	39	89	3	247	23	32	19	23	1.98
101807077--101807112	11	3.3	11	100	0	72	36	11	19	33	1.87
101808480--101808554	28	2.6	28	79	6	80	26	29	17	26	1.97
101810040--101810082	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101811299--101811343	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
101812340--101812369	14	2.1	14	100	0	60	46	26	6	20	1.75
101813129--101813246	20	5.9	21	69	9	86	29	21	33	15	1.94
101813131--101813246	40	2.9	39	82	5	108	29	21	33	15	1.94
101813230--101813356	40	3.2	40	79	4	132	32	16	29	21	1.95
101813915--101813953	17	2.3	17	86	8	53	41	20	0	38	1.53
101814692--101814821	55	2.4	55	90	0	197	42	19	16	21	1.89
101814695--101814849	55	2.9	55	84	1	134	43	18	18	19	1.89
101814649--101814934	150	1.9	150	82	5	362	39	22	20	18	1.93
101814750--101814978	95	2.4	95	83	2	273	39	22	20	17	1.92
101824430--101824592	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
101824430--101824623	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
101832382--101832544	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
101832382--101832575	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
101834375--101834459	42	2.0	43	97	2	163	30	27	18	23	1.98
101835393--101835462	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
101835917--101835942	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101839098--101839139	15	2.7	15	79	17	50	59	0	14	26	1.35
101840006--101840114	43	2.6	43	72	15	100	30	16	22	31	1.96
101840191--101840257	33	2.0	33	100	0	134	34	5	26	32	1.81
101842862--101842970	43	2.5	44	80	2	132	28	13	27	30	1.94
101844270--101844294	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101853383--101853453	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
101853437--101853560	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
101853421--101853560	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
101853437--101853589	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
101853543--101853604	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
101853437--101853587	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
101854227--101854321	28	3.4	28	89	1	138	48	24	6	21	1.73
101868004--101868077	34	2.2	34	92	0	121	35	28	9	27	1.88
101868132--101868196	27	2.4	27	92	0	103	21	26	13	38	1.91
101868253--101868464	31	6.8	31	83	4	203	29	28	14	27	1.95
101868259--101868464	93	2.2	93	82	1	250	29	29	14	27	1.95
101868457--101868569	33	3.5	33	85	4	149	27	23	11	38	1.89
101868546--101868626	33	2.5	32	79	16	87	19	20	13	45	1.84
101870242--101870294	11	4.7	11	75	13	54	64	5	0	30	1.17
101872334--101872484	6	24.3	6	67	20	80	48	14	17	19	1.81
101872318--101872484	31	5.4	31	84	5	196	49	14	16	19	1.80
101872385--101872442	19	3.4	19	65	30	58	44	17	18	18	1.87
101872633--101872694	26	2.3	27	83	2	81	37	22	24	16	1.94
101872853--101872917	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
101873344--101873674	27	12.3	26	84	6	360	26	19	18	35	1.95
101873344--101873674	54	6.1	54	86	3	416	26	19	18	35	1.95
101873656--101873797	27	5.3	27	79	1	124	30	7	21	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101873344--101873674	81	4.1	81	85	4	420	26	19	18	35	1.95
101873776--101873947	27	6.4	27	85	0	227	41	7	20	30	1.80
101873776--101873947	81	2.1	81	94	0	299	41	7	20	30	1.80
101873957--101874131	27	6.6	27	80	9	180	29	10	20	40	1.85
101873957--101874131	53	3.3	53	81	8	185	29	10	20	40	1.85
101874062--101874147	27	3.2	26	80	4	64	31	9	19	39	1.84
101886423--101886540	42	2.8	42	82	5	139	25	16	24	33	1.96
101886423--101886540	43	2.8	42	76	14	125	25	16	24	33	1.96
101910426--101910601	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
101910423--101910593	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
101915193--101915253	17	3.5	17	67	10	52	26	3	22	47	1.67
101915199--101915265	34	2.0	34	100	0	134	23	5	20	49	1.71
101921476--101921508	17	1.9	17	100	0	66	33	24	0	42	1.55
101924265--101924472	40	5.2	39	84	6	231	24	22	27	25	2.00
101939170--101939270	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
101939199--101939270	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
101948761--101948883	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
101948986--101949062	37	2.1	37	97	2	147	28	18	32	20	1.96
101949602--101949662	31	2.0	31	100	0	122	27	6	32	32	1.83
101951436--101951547	38	2.9	39	90	4	172	23	21	32	23	1.98
101951436--101951577	40	3.6	39	84	2	169	23	22	31	22	1.98
101959500--101959613	39	2.9	39	89	1	174	22	23	31	21	1.98
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101962955--101963124	46	3.7	46	77	10	166	28	17	27	27	1.97
101962955--101963152	46	4.3	45	77	10	159	28	16	27	27	1.97
101965417--101965517	47	2.1	47	83	8	125	26	29	16	26	1.97
101966468--101966534	24	2.8	24	79	2	80	38	17	23	19	1.93
101989004--101989049	23	2.1	21	84	8	56	17	0	8	73	1.07
101989317--101989456	70	2.0	70	98	0	271	36	18	16	28	1.93
101995455--101995481	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
101998850--101998895	6	7.7	6	92	0	56	6	10	0	82	0.83
101998850--101998902	18	2.9	18	82	0	61	7	11	0	81	0.88
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102004398--102004493	43	2.2	43	81	3	113	28	14	25	32	1.95
102007093--102007284	40	4.8	40	89	3	282	22	28	26	22	1.99
102007093--102007284	79	2.4	80	86	2	289	22	28	26	22	1.99
102015378--102015543	40	4.2	40	92	0	278	23	28	26	21	1.99
102027729--102027810	27	3.0	26	91	3	119	32	17	20	29	1.95
102027796--102028131	27	12.5	27	74	11	161	42	19	7	30	1.79
102027796--102027946	53	2.8	52	81	4	158	40	20	7	31	1.81
102027818--102028076	54	4.8	54	80	5	222	42	20	7	29	1.80
102027817--102028023	81	2.6	81	84	2	256	42	21	7	28	1.80
102028000--102028133	55	2.5	53	83	2	160	44	15	7	32	1.74
102028398--102028520	41	3.0	41	91	0	201	20	21	30	26	1.98
102028662--102028726	22	3.0	22	82	8	78	21	24	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102033288--102033375	32	2.8	32	72	10	81	36	18	19	26	1.94
102033361--102033429	27	2.6	27	80	0	75	42	15	18	23	1.89
102035233--102035299	24	2.8	24	73	8	64	28	34	4	32	1.77
102038378--102038540	29	5.6	29	81	4	87	25	31	15	26	1.96
102038437--102038623	29	6.5	29	93	2	333	26	28	14	29	1.95
102038437--102038623	85	2.2	86	96	1	340	26	28	14	29	1.95
102044144--102044182	18	2.2	18	100	0	78	25	23	15	35	1.94
102046368--102046556	29	6.5	29	96	0	351	26	28	14	30	1.95
102054991--102055164	46	3.8	45	75	11	181	28	27	20	23	1.99
102054998--102055168	93	1.8	93	89	0	270	28	26	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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