genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  310  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96670905--96670940	5	7.2	5	87	12	56	80	0	0	19	0.71
96674133--96674190	27	2.0	31	80	16	70	62	8	0	29	1.25
96676430--96676480	20	2.5	20	84	9	59	58	1	0	39	1.09
96694124--96694184	6	10.5	6	84	5	72	19	1	0	78	0.83
96696014--96696101	30	2.9	30	82	0	104	23	34	28	13	1.93
96699241--96699349	29	3.8	29	77	8	105	25	28	15	30	1.96
96711319--96711351	12	2.8	12	90	0	57	9	18	48	24	1.76
96712929--96712953	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
96714415--96714478	21	3.1	21	72	4	76	31	25	32	10	1.90
96714409--96714497	41	2.2	41	89	4	135	34	22	30	12	1.91
96714907--96715030	43	2.9	43	86	0	167	16	32	29	21	1.95
96715761--96715807	20	2.3	20	88	0	76	63	6	0	29	1.19
96716715--96716763	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
96718913--96718947	18	1.9	18	88	0	52	68	0	0	31	0.90
96719269--96719319	16	3.4	15	76	15	52	45	1	1	50	1.24
96720580--96720622	11	3.8	11	79	14	52	2	16	2	79	0.95
96720578--96720616	18	2.1	19	86	13	55	2	15	2	79	0.95
96720588--96720631	22	2.0	23	90	4	72	4	20	0	75	0.98
96720589--96720638	22	2.3	22	86	6	66	4	22	0	74	0.99
96721231--96721260	10	3.0	10	95	0	51	50	16	10	23	1.75
96722917--96722948	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
96727633--96727740	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96735269--96735507	10	25.4	9	68	18	89	62	5	1	30	1.26
96735269--96735327	18	3.3	18	73	17	52	67	0	3	28	1.06
96735268--96735352	44	1.9	44	83	4	109	64	1	2	31	1.13
96735310--96735363	26	2.0	28	92	7	94	61	3	0	35	1.14
96736030--96736092	8	7.5	8	74	10	54	26	1	3	68	1.14
96736055--96736117	19	3.4	18	78	10	74	33	0	3	63	1.10
96736062--96736114	18	2.9	17	86	8	61	32	0	3	64	1.12
96736030--96736104	25	3.0	24	84	9	87	28	1	2	68	1.12
96736082--96736123	19	2.2	19	86	0	57	35	0	2	61	1.09
96744051--96744092	22	1.9	22	90	0	66	38	2	16	42	1.61
96751039--96751094	23	2.4	23	85	14	71	23	0	3	73	0.99
96751051--96751095	13	3.6	13	77	20	51	24	0	4	71	1.05
96753858--96753897	18	2.3	17	83	8	53	15	40	25	20	1.90
96754571--96754654	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
96760255--96760362	26	4.2	26	92	4	166	34	5	24	36	1.79
96760255--96760350	50	1.9	50	93	0	165	34	5	25	35	1.78
96761807--96761859	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
96766759--96766792	16	2.2	16	89	5	52	52	8	5	32	1.56
96780633--96780702	35	2.0	35	88	2	106	34	12	21	31	1.91
96787219--96787495	36	7.7	36	82	0	286	38	16	12	32	1.86
96787219--96787501	108	2.6	108	84	0	352	38	16	12	32	1.86
96788381--96788411	14	2.2	14	94	0	53	41	12	3	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96788866--96789031	28	5.9	27	70	21	94	33	0	1	63	1.09
96788866--96789008	27	4.9	27	75	16	99	33	0	2	63	1.11
96788872--96788988	52	2.2	52	76	16	118	31	0	1	65	1.08
96788944--96788999	23	2.3	24	85	11	71	33	0	0	66	0.92
96788967--96789046	19	4.4	17	71	21	56	33	1	1	63	1.10
96788852--96789075	60	3.8	61	75	17	188	34	1	1	62	1.12
96789003--96789051	26	2.0	24	84	15	64	32	2	0	65	1.04
96789319--96789364	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
96789982--96790028	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
96791011--96791055	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
96795198--96795277	31	2.6	30	82	7	97	41	16	12	30	1.85
96806438--96806610	93	1.9	89	79	4	193	36	11	6	45	1.66
96806792--96806843	22	2.4	22	78	12	54	36	5	1	55	1.35
96819720--96819832	40	2.8	40	87	0	136	24	24	29	21	1.99
96819721--96819903	79	2.3	81	78	5	185	22	25	30	21	1.99
96822041--96822077	5	7.6	5	87	6	58	78	0	2	18	0.87
96834172--96834395	48	4.7	47	76	13	192	27	20	29	22	1.98
96834170--96834395	93	2.4	94	82	10	266	27	19	29	23	1.98
96834178--96834438	134	1.9	137	80	10	311	27	18	29	24	1.98
96834778--96834823	19	2.4	19	88	0	65	21	8	23	45	1.80
96837719--96837850	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
96837719--96837850	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96845283--96845414	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
96845283--96845414	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
96851492--96851677	47	4.0	47	91	0	282	32	11	29	26	1.91
96851521--96851592	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
96851566--96851641	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
96851655--96852035	48	7.8	48	96	0	636	36	5	25	32	1.80
96852182--96852290	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
96854271--96854341	21	3.3	21	66	21	56	26	11	19	42	1.85
96854270--96854354	44	1.9	44	95	0	152	30	10	18	40	1.85
96856923--96856956	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
96858545--96858766	30	7.4	29	76	7	162	39	12	26	21	1.89
96858491--96858796	60	5.2	60	70	13	204	39	13	25	22	1.90
96858575--96858766	90	2.1	90	83	5	237	39	12	26	21	1.89
96858491--96858798	30	10.4	30	75	9	156	39	12	25	22	1.90
96862757--96862818	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
96862774--96862898	53	2.3	54	81	6	139	27	9	20	43	1.82
96862799--96862898	27	3.7	27	86	6	125	28	7	21	44	1.78
96862801--96862912	27	4.2	27	85	5	115	28	7	22	41	1.80
96862891--96863205	27	11.7	27	85	3	395	41	8	21	28	1.82
96863214--96863303	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
96863214--96863318	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
96866414--96866518	40	2.6	39	95	3	183	31	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96866510--96866614	40	2.6	40	92	0	174	21	20	28	29	1.98
96866429--96866634	40	5.2	40	82	2	148	26	21	23	28	1.99
96868104--96868360	39	6.5	40	93	4	425	27	26	23	23	2.00
96868104--96868360	79	3.3	80	93	3	425	27	26	23	23	2.00
96875693--96875952	40	6.6	38	83	7	265	23	26	23	25	2.00
96875703--96875952	79	3.2	77	82	9	292	24	26	22	25	2.00
96879919--96880177	40	6.5	40	90	2	389	27	26	22	23	1.99
96883826--96883909	41	2.0	41	90	0	132	26	10	9	53	1.66
96884002--96884126	62	2.0	62	100	0	250	30	14	11	44	1.80
96890391--96890607	40	5.4	40	84	0	245	26	23	26	23	2.00
96890391--96890607	120	1.8	121	82	3	285	26	23	26	23	2.00
96890456--96890633	80	2.2	80	80	0	176	27	23	26	21	1.99
96895197--96895259	25	2.5	24	89	5	90	31	28	17	22	1.96
96899614--96899647	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
96899710--96899785	17	4.2	20	70	25	69	35	1	0	63	1.03
96899684--96899785	52	1.9	52	82	13	127	33	1	1	62	1.17
96899710--96899804	27	3.7	25	77	14	88	35	2	1	61	1.15
96899969--96900009	18	2.2	19	86	8	57	34	0	4	60	1.18
96900039--96900089	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
96904974--96905017	9	4.9	9	81	10	54	15	6	0	77	0.97
96904983--96905026	23	1.9	23	90	9	72	13	11	0	75	1.06
96910196--96910275	42	1.9	42	84	5	108	22	37	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96911581--96911613	15	2.2	15	94	0	57	54	15	3	27	1.55
96914374--96914449	38	2.0	38	100	0	152	42	18	0	39	1.50
96914547--96914589	20	2.1	21	86	4	61	58	0	2	39	1.11
96914924--96914990	34	2.0	34	88	2	100	40	7	1	50	1.39
96924521--96924559	10	3.9	10	93	0	69	79	0	12	7	0.93
96924518--96924594	19	3.8	20	75	15	68	75	0	14	10	1.05
96924819--96924879	26	2.3	26	80	8	61	45	14	14	24	1.83
96926519--96926566	25	1.9	25	95	0	87	31	10	16	41	1.82
96927933--96928065	46	2.9	43	76	11	131	28	28	20	22	1.98
96927937--96928080	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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