genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  192  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59628079--59628165	37	2.3	36	80	7	102	44	14	12	27	1.82
59630478--59630659	39	4.6	40	91	3	282	27	25	23	23	2.00
59640691--59640729	16	2.5	15	84	8	51	17	2	10	69	1.28
59643346--59643408	25	2.5	25	92	0	99	49	14	20	15	1.80
59643616--59643791	67	2.6	67	88	0	235	30	20	27	21	1.98
59644355--59644408	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
59644410--59644550	27	5.2	27	86	1	185	26	18	17	37	1.93
59644571--59644739	27	6.3	27	83	4	189	30	7	21	40	1.81
59644572--59644739	80	2.1	81	84	3	214	30	7	20	40	1.81
59647976--59648117	39	3.6	39	92	0	239	26	21	29	22	1.99
59647976--59648157	78	2.3	79	90	1	276	24	22	29	23	1.99
59656907--59657031	6	20.3	6	68	16	60	48	11	18	21	1.79
59656930--59657002	37	2.0	37	86	5	103	49	10	17	21	1.78
59657171--59657233	31	2.0	32	87	3	92	36	19	23	20	1.95
59657915--59658058	27	5.3	27	78	3	137	23	17	20	38	1.93
59657916--59658056	54	2.6	54	88	0	201	24	17	19	38	1.93
59658047--59658110	27	2.4	27	78	0	74	28	4	26	40	1.76
59658123--59658299	81	2.2	80	89	1	264	32	7	18	40	1.80
59658095--59658299	27	7.6	27	83	2	234	32	8	20	39	1.82
59660522--59660565	22	2.0	22	100	0	88	68	4	13	13	1.36
59666077--59666139	31	2.0	31	100	0	126	36	25	15	22	1.94
59671504--59671605	29	3.6	29	80	5	109	21	16	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59679381--59679482	29	3.6	29	80	5	109	21	16	32	29	1.95
59698580--59698637	30	1.9	30	85	0	80	31	32	18	17	1.94
59701070--59701199	40	3.3	39	82	9	156	22	26	25	25	2.00
59701068--59701252	79	2.3	81	82	7	218	23	27	24	24	2.00
59701068--59701252	40	4.6	39	75	9	149	23	27	24	24	2.00
59709088--59709272	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
59709081--59709272	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
59715633--59715681	18	2.6	18	81	15	55	2	30	0	67	1.02
59716008--59716129	3	40.0	3	75	9	104	31	5	3	59	1.37
59723421--59723466	19	2.4	19	88	3	65	30	8	8	52	1.62
59723960--59723996	18	2.1	18	100	0	74	40	32	0	27	1.57
59731725--59731783	27	2.2	26	80	11	66	37	18	20	23	1.94
59733639--59733672	9	3.8	9	92	0	50	61	23	0	14	1.33
59739425--59739539	27	4.3	26	82	7	124	35	19	22	22	1.96
59741420--59741453	9	3.8	9	88	0	50	58	26	2	11	1.47
59741960--59742272	47	6.6	49	74	13	180	24	29	18	27	1.98
59744814--59744866	15	3.6	13	79	20	52	62	16	5	15	1.51
59746515--59746681	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
59747501--59747546	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59754520--59754686	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
59755512--59755557	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59760489--59760558	27	2.5	28	95	2	124	28	12	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59760489--59760570	27	3.0	27	87	5	76	29	14	23	32	1.94
59762850--59762904	26	2.1	26	100	0	110	30	7	27	34	1.84
59768612--59768710	28	3.5	28	88	4	128	27	14	27	31	1.95
59772844--59772946	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
59777381--59777521	39	3.6	39	90	2	230	26	20	29	22	1.99
59777381--59777561	77	2.3	79	89	2	267	24	22	29	23	1.99
59789494--59789664	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
59791328--59791378	26	2.0	26	96	0	93	29	9	25	35	1.88
59794330--59794455	47	2.6	49	87	6	168	24	31	16	26	1.96
59797094--59797161	27	2.5	28	92	2	111	29	13	25	32	1.93
59801646--59801806	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
59805516--59805612	50	1.9	50	85	0	131	24	22	23	28	1.99
59817651--59817816	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
59819503--59819757	40	6.4	40	87	3	322	24	22	26	26	2.00
59819507--59819757	79	3.2	79	86	4	319	25	22	25	26	2.00
59823775--59823941	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
59823791--59823941	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59828865--59828995	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
59834002--59834303	40	7.6	40	93	1	491	23	21	27	27	1.99
59834002--59834303	79	3.8	80	92	1	491	23	21	27	27	1.99
59834005--59834303	119	2.5	119	93	0	499	24	21	26	27	1.99
59839060--59839101	14	3.1	14	86	3	59	71	0	4	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59841311--59841474	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59841311--59841508	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
59849144--59849241	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
59864614--59864683	27	2.5	28	90	2	115	28	14	25	31	1.95
59864614--59864695	27	3.0	27	82	8	69	29	15	23	31	1.95
59867878--59867916	21	1.9	20	89	5	60	17	30	41	10	1.83
59869157--59869330	48	3.6	48	77	3	179	28	25	16	29	1.96
59875091--59875262	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59875083--59875258	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59877641--59877729	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59877641--59877720	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59877652--59877729	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59880680--59880851	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
59880672--59880847	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
59883527--59883810	49	5.9	49	90	4	461	33	8	29	29	1.87
59883517--59883811	96	3.1	96	96	0	545	33	8	29	28	1.86
59883803--59884049	48	5.2	48	95	1	442	31	6	29	32	1.83
59883562--59884049	96	5.1	96	86	7	309	32	7	29	30	1.85
59883803--59884049	95	2.6	96	95	1	442	31	6	29	32	1.83
59886835--59886921	28	3.1	28	96	0	165	45	24	0	29	1.53
59891050--59891212	40	4.1	39	77	10	159	24	20	27	26	1.99
59895162--59895463	47	6.4	47	93	2	489	33	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59895161--59895463	96	3.2	95	92	1	502	33	8	28	29	1.86
59895455--59895654	48	4.2	48	94	0	346	32	6	29	32	1.82
59895694--59895784	37	2.4	37	94	1	155	23	18	31	26	1.97
59898520--59898725	80	2.6	81	80	7	224	24	27	22	24	2.00
59898520--59898727	40	5.2	40	78	5	190	25	27	22	25	2.00
59900923--59901099	40	4.5	39	78	8	169	23	20	29	27	1.99
59902940--59903026	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
59903093--59903448	49	7.1	49	88	9	511	30	27	8	33	1.86
59903070--59903448	100	3.8	100	83	10	427	30	27	8	33	1.86
59903093--59903448	149	2.3	150	90	5	549	30	27	8	33	1.86
59903243--59903448	106	1.9	106	94	2	358	30	27	7	34	1.85
59903300--59903395	31	3.2	31	64	24	87	29	29	8	33	1.86
59903351--59903447	47	2.1	47	96	0	176	30	28	8	31	1.86
59909031--59909109	25	3.3	25	63	22	69	36	5	27	30	1.78
59909031--59909190	47	3.4	47	94	1	275	34	7	29	28	1.85
59909182--59909381	48	4.2	48	95	0	355	32	6	29	32	1.83
59909421--59909511	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
59916993--59917154	40	4.1	39	79	11	177	25	21	27	25	1.99
59916993--59917154	79	2.1	79	82	4	193	25	21	27	25	1.99
59920359--59920468	49	2.2	49	85	3	141	17	33	25	23	1.96
59928101--59928212	19	5.8	19	84	9	147	37	10	15	36	1.82
59928091--59928198	36	2.9	36	71	15	94	38	10	14	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59934975--59935141	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
59934991--59935141	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59942986--59943152	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
59943002--59943152	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59945870--59945919	15	3.8	14	80	17	54	86	0	8	6	0.72
59946862--59947406	205	2.7	201	91	1	867	31	18	20	29	1.96
59947480--59947644	87	1.9	86	82	5	206	33	17	21	27	1.96
59947267--59947754	261	1.9	261	86	0	699	32	16	22	27	1.96
59953155--59953456	41	7.3	41	79	1	327	36	21	17	24	1.95
59953160--59953456	83	3.6	82	79	6	323	35	21	18	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438