Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  363  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113364600--113364654
26
2.1
26
100
0
110
30
7
27
34
1.84
113366266--113366371
27
3.9
26
85
8
115
19
23
21
34
1.96
113368724--113368758
10
3.3
10
85
14
52
0
22
0
77
0.78
113368724--113368771
20
2.2
20
89
10
69
0
25
2
72
0.95
113369237--113369310
21
3.5
21
84
0
85
29
45
17
6
1.74
113370217--113370275
26
2.4
24
83
10
75
67
3
0
28
1.06
113370246--113370304
21
2.8
22
85
7
70
69
6
0
23
1.12
113370351--113370383
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
113374229--113374256
4
7.0
4
100
0
56
25
0
0
75
0.81
113374441--113374486
24
2.0
22
84
16
58
21
0
4
73
1.00
113374441--113374499
25
2.4
26
81
18
65
23
0
3
72
0.99
113374464--113374502
13
3.1
13
86
13
55
28
0
0
71
0.86
113382363--113382396
16
2.1
16
94
0
59
55
0
0
44
0.99
113387793--113387842
19
2.6
19
78
9
57
34
2
2
62
1.18
113391394--113391475
4
20.5
4
77
7
51
25
6
2
65
1.28
113391643--113391668
3
8.7
3
100
0
52
34
30
0
34
1.58
113391667--113391724
3
19.7
3
80
3
64
34
6
1
56
1.36
113392407--113392465
28
2.1
28
81
9
68
35
6
1
55
1.36
113392419--113392482
28
2.4
26
82
10
76
31
4
3
60
1.32
113395388--113395700
46
6.8
46
90
1
439
38
15
24
21
1.92
113397590--113397648
30
1.9
31
86
3
84
30
22
6
40
1.79
113401837--113401907
35
2.0
35
100
0
142
22
16
22
38
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113406775--113406808
16
2.1
17
88
5
52
79
0
14
5
0.91
113409307--113409383
30
2.6
30
77
2
84
24
16
12
45
1.83
113425188--113425268
42
1.9
42
85
5
110
24
37
23
14
1.93
113426003--113426260
138
1.8
143
83
8
350
24
31
19
25
1.98
113428948--113429121
45
3.8
45
78
12
201
21
20
29
28
1.98
113445859--113445987
46
2.8
46
91
2
197
20
19
28
31
1.97
113454549--113454665
43
2.7
43
78
5
128
38
19
18
23
1.93
113461228--113461261
17
2.1
16
89
10
52
35
32
23
8
1.86
113467713--113467849
58
2.4
57
76
11
138
24
17
13
43
1.86
113468098--113468123
9
2.9
9
100
0
52
46
0
30
23
1.53
113470308--113470528
39
5.6
39
88
0
271
21
29
23
25
1.99
113470338--113470528
39
4.9
39
91
0
283
21
29
23
26
1.99
113475304--113475352
25
2.0
25
87
0
71
34
14
18
32
1.91
113483269--113483339
12
6.4
12
67
26
50
53
0
1
45
1.09
113483276--113483342
21
3.1
21
83
12
82
52
0
1
46
1.09
113483272--113483394
54
2.3
56
79
14
143
52
0
2
45
1.14
113483310--113483407
27
3.5
28
75
8
94
51
0
2
46
1.12
113485258--113485304
25
1.9
24
83
12
60
74
2
10
12
1.16
113493325--113493528
40
5.1
40
90
2
295
25
28
24
22
1.99
113494697--113494741
5
8.6
5
90
4
54
0
17
0
82
0.68
113501257--113501471
39
5.5
39
89
3
281
25
29
22
22
1.99
113501257--113501472
40
5.5
40
88
5
289
25
29
22
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113501257--113501471
79
2.7
78
87
5
283
25
29
22
22
1.99
113502644--113502692
6
8.5
6
86
8
75
0
16
0
83
0.64
113502644--113502692
11
4.2
12
89
5
75
0
16
0
83
0.64
113503261--113503304
16
2.5
17
85
10
54
20
2
0
77
0.88
113503261--113503307
5
9.4
5
79
9
51
19
2
0
78
0.85
113503283--113503312
14
2.1
14
93
0
51
26
0
3
70
1.03
113503261--113503307
19
2.7
17
87
9
60
19
2
0
78
0.85
113519256--113519345
20
4.6
18
71
19
65
38
21
28
11
1.87
113523170--113523347
46
3.9
45
76
14
166
28
27
21
22
1.99
113526553--113526661
25
4.4
25
72
7
89
34
21
22
21
1.96
113532623--113532664
7
6.0
7
100
0
84
28
42
0
28
1.56
113532882--113532911
6
5.0
6
100
0
60
33
0
66
0
0.92
113534118--113534173
3
18.7
3
96
0
103
64
0
0
35
0.94
113535863--113535912
25
2.0
25
100
0
100
28
12
8
52
1.66
113544224--113544409
40
4.7
40
79
7
191
25
26
22
25
2.00
113548918--113549044
50
2.6
52
88
7
160
60
3
29
7
1.38
113555564--113556165
150
4.1
150
85
8
878
27
6
7
58
1.51
113555794--113555849
23
2.4
24
76
8
62
28
0
5
66
1.14
113555519--113556165
288
2.2
289
87
5
916
27
6
7
58
1.51
113556206--113556238
17
1.9
17
93
0
57
15
9
0
75
1.03
113556203--113556281
16
4.9
16
73
6
52
21
6
1
70
1.16
113556646--113556679
10
3.5
10
88
4
52
0
29
0
70
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113556742--113556816
3
26.0
3
75
17
70
0
33
0
66
0.92
113556742--113556815
20
3.4
22
85
9
98
0
33
0
66
0.92
113556737--113556822
40
2.1
41
87
4
131
0
32
0
67
0.91
113556742--113556809
8
8.6
8
75
18
63
0
32
0
67
0.91
113557290--113557334
24
1.9
23
86
4
63
35
0
0
64
0.94
113557309--113557338
14
2.1
14
93
0
51
46
0
0
53
1.00
113567111--113567176
34
2.0
32
82
8
80
36
0
4
59
1.18
113569314--113569587
46
6.0
46
87
2
372
41
14
24
20
1.89
113569325--113569582
92
2.8
92
94
1
446
41
14
24
19
1.89
113569671--113569765
26
3.6
26
75
13
70
38
4
20
36
1.72
113572613--113572641
12
2.5
12
94
5
51
58
0
0
41
0.98
113574585--113574671
43
2.0
43
100
0
174
37
16
13
32
1.88
113577841--113577872
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
113578486--113578536
23
2.2
23
100
0
102
25
19
3
50
1.64
113578542--113578574
17
1.9
17
88
11
50
30
21
0
48
1.50
113579752--113579789
10
3.8
10
83
13
51
68
2
7
21
1.28
113580577--113580637
9
6.6
10
76
16
53
36
0
0
63
0.94
113580577--113580652
18
4.2
19
77
11
79
34
0
1
64
1.02
113582377--113582411
18
1.9
18
100
0
70
31
45
5
17
1.71
113584075--113584115
20
2.0
20
90
0
64
36
7
31
24
1.83
113584724--113584752
8
3.6
8
100
0
58
37
0
0
62
0.96
113584723--113584820
10
10.7
9
78
8
76
40
0
2
57
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113584775--113584820
5
9.4
5
95
4
85
41
0
0
58
0.98
113586416--113586501
21
3.9
23
77
10
90
15
20
26
37
1.92
113591305--113591409
8
13.6
8
68
25
59
40
0
1
58
1.09
113591356--113591407
5
10.4
5
100
0
104
40
0
0
59
0.97
113593003--113593088
21
3.9
23
80
10
90
15
22
25
37
1.93
113594706--113594779
23
3.2
23
90
0
112
18
13
22
44
1.85
113594853--113594907
27
2.0
27
96
0
101
29
1
18
50
1.57
113596933--113596964
14
2.4
14
94
5
57
31
0
34
34
1.58
113602599--113602682
26
3.3
26
96
1
152
33
3
25
38
1.73
113604162--113604214
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
113607387--113607637
27
9.3
27
87
0
241
12
38
20
28
1.89
113607390--113607637
81
3.1
81
82
0
280
12
38
20
29
1.89
113614651--113614954
146
2.1
148
91
3
497
42
4
9
43
1.57
113614655--113614988
146
2.3
146
85
6
462
44
4
9
41
1.56
113618291--113618339
24
2.0
24
84
0
62
46
0
4
48
1.20
113618318--113618363
20
2.3
21
82
17
62
32
0
10
56
1.34
113618313--113618369
19
3.1
19
85
12
66
33
0
8
57
1.29
113620072--113620124
28
1.9
27
88
3
79
28
26
16
28
1.97
113620086--113620220
60
2.2
59
83
8
157
27
25
18
28
1.98
113620868--113620899
8
4.0
8
91
0
55
3
25
21
50
1.64
113622911--113622953
13
3.5
13
75
18
56
51
16
0
32
1.45
113622913--113622962
23
2.2
23
96
0
91
54
14
0
32
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113625264--113625325
27
2.3
27
97
2
115
37
9
14
38
1.79
113625741--113625797
27
2.1
27
90
0
87
26
10
35
28
1.89
113627769--113627995
48
4.7
48
79
2
240
28
20
29
22
1.98
113630356--113630382
5
5.4
5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
113631247--113631314
23
3.0
23
93
4
111
45
13
0
41
1.43
113631250--113631316
13
5.6
13
70
20
65
46
11
0
41
1.41
113641904--113642033
40
3.3
39
83
4
163
23
25
28
23
1.99
113649976--113650105
40
3.3
39
83
4
163
23
25
28
23
1.99
113671591--113671646
15
3.5
15
69
21
51
35
26
1
35
1.67
113671581--113671655
33
2.3
34
90
4
118
38
22
2
36
1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438