genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.382.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  382  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119102511--119102643	58	2.3	58	81	5	144	24	32	17	25	1.97
119106988--119107170	67	2.8	64	78	7	199	30	16	30	23	1.96
119112080--119112273	55	3.6	54	80	8	207	24	24	16	34	1.95
119113483--119113507	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
119120903--119120940	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
119123767--119123804	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
119124324--119124348	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
119131748--119131785	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
119137505--119137642	21	6.6	21	85	0	159	15	23	15	46	1.83
119138465--119138524	30	2.0	30	96	0	111	23	28	33	15	1.94
119150552--119150702	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
119150588--119150718	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
119158560--119158710	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
119158596--119158726	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
119162861--119162918	27	2.1	27	83	0	71	36	13	15	34	1.87
119162870--119163157	27	10.7	27	83	3	321	30	10	21	37	1.87
119163474--119163561	28	3.2	28	95	1	151	26	36	17	20	1.94
119176984--119177014	16	1.9	16	100	0	62	45	12	19	22	1.84
119177581--119177652	20	3.6	20	84	0	90	40	25	19	15	1.90
119177873--119177926	27	2.0	27	82	7	65	31	18	18	31	1.95
119181510--119181582	24	3.2	24	61	28	59	34	15	10	39	1.82
119181501--119181589	44	2.0	44	100	0	178	34	15	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119181502--119181575	20	3.2	25	61	28	63	32	17	9	40	1.82
119185848--119185875	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
119185955--119186031	37	2.1	37	100	0	154	46	10	19	23	1.80
119187021--119187077	24	2.4	24	90	0	96	17	17	17	47	1.83
119187958--119188002	23	2.0	23	90	0	72	55	26	2	15	1.52
119187955--119188002	11	4.4	11	78	17	55	54	27	2	16	1.54
119190290--119190676	27	14.4	27	86	0	497	34	19	21	24	1.96
119190817--119190902	27	3.2	26	77	9	84	19	20	20	38	1.94
119199928--119200278	50	7.0	50	81	2	400	25	17	26	30	1.97
119199928--119200278	101	3.5	100	82	3	418	25	17	26	30	1.97
119199938--119200275	151	2.2	149	86	2	453	26	17	26	30	1.97
119204777--119204939	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
119211844--119212007	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
119219411--119219574	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
119222729--119222829	28	3.5	28	87	4	121	29	28	13	27	1.95
119227202--119227252	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
119228316--119228372	26	2.2	25	79	14	62	35	26	12	26	1.92
119228480--119228595	28	4.2	28	87	2	164	18	25	20	36	1.95
119230924--119231008	27	3.1	27	89	3	118	18	30	22	28	1.97
119235974--119236018	21	2.1	21	88	8	65	53	6	8	31	1.58
119240552--119240576	10	2.5	10	100	0	50	12	12	20	56	1.67
119241337--119241399	23	2.6	24	78	12	76	58	1	1	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119241387--119241421	12	3.1	12	84	16	56	51	0	0	48	1.00
119247954--119248000	24	1.9	25	86	4	69	19	34	0	46	1.50
119247971--119248005	18	1.9	18	88	0	52	20	31	0	48	1.50
119248477--119248561	42	2.0	42	97	0	161	25	32	7	34	1.83
119255796--119255872	28	2.7	26	75	18	66	24	27	19	28	1.99
119255853--119256063	29	7.3	30	70	10	127	41	18	14	24	1.89
119256096--119256155	29	2.1	29	96	0	111	38	20	15	26	1.91
119256145--119256227	26	3.2	26	80	0	94	36	24	15	24	1.94
119258298--119258366	35	2.0	35	82	5	86	34	17	20	27	1.95
119259492--119259548	30	1.9	30	82	10	73	22	22	10	43	1.84
119259700--119259726	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
119260715--119260854	75	1.9	75	83	0	181	30	21	22	25	1.99
119261356--119261385	15	2.0	15	93	0	51	43	6	20	30	1.77
119264124--119264246	3	40.7	3	98	1	237	32	0	0	66	0.97
119264346--119264393	24	2.0	25	87	4	71	33	8	4	54	1.50
119264353--119264407	25	2.2	24	80	3	65	32	5	3	58	1.38
119264390--119264566	26	7.3	25	68	20	83	29	6	3	59	1.40
119264514--119264555	22	2.0	22	85	4	59	28	7	0	64	1.20
119264514--119264561	22	2.3	20	76	13	53	29	6	0	64	1.18
119264643--119264693	26	2.0	26	84	3	68	31	3	5	58	1.40
119264714--119264779	26	2.6	24	79	11	78	27	9	6	57	1.53
119264680--119264843	24	6.6	24	68	21	81	26	6	7	59	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119264786--119264827	22	1.9	22	85	9	59	28	7	7	57	1.52
119267197--119267234	16	2.3	17	86	4	51	63	5	0	31	1.17
119267199--119267240	19	2.0	21	86	13	61	64	4	0	30	1.14
119274108--119274146	17	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
119275530--119275580	15	3.5	15	71	10	52	29	5	13	50	1.65
119275525--119275582	28	2.1	28	93	0	98	27	5	17	50	1.67
119275525--119275626	28	3.6	28	78	8	91	28	3	15	51	1.61
119275525--119275627	9	11.0	9	70	15	66	28	3	15	52	1.60
119275586--119275733	77	1.9	75	90	2	233	26	3	18	52	1.61
119278405--119278504	29	3.5	29	87	1	139	28	3	17	52	1.59
119278426--119278512	16	5.8	16	71	15	78	27	2	17	52	1.56
119288700--119288875	67	2.6	67	91	0	280	30	21	28	18	1.97
119288738--119288789	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
119296184--119296217	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
119296250--119296301	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
119296212--119296386	66	2.6	67	95	1	316	29	21	29	18	1.97
119302496--119302581	21	4.0	20	72	22	68	68	4	0	26	1.09
119302630--119302662	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
119304297--119304344	16	3.1	16	75	6	62	64	8	0	27	1.22
119304297--119304341	15	2.9	15	76	3	54	64	8	0	26	1.23
119304315--119304354	20	2.1	19	85	4	53	65	5	0	30	1.14
119309829--119309858	15	2.0	15	100	0	60	66	13	13	6	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119324612--119324636	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
119328442--119328506	21	3.2	20	74	12	71	10	26	21	41	1.86
119328424--119328512	39	2.3	39	98	0	169	12	24	23	39	1.89
119336365--119336421	19	2.9	20	74	12	64	12	26	21	40	1.88
119336347--119336431	39	2.2	39	95	0	152	12	25	22	38	1.90
119336365--119336429	21	3.2	21	70	12	64	12	26	20	41	1.87
119339899--119339975	18	4.3	18	77	6	66	35	14	10	40	1.80
119340109--119340226	51	2.3	51	80	7	130	39	23	19	16	1.92
119340485--119340544	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
119340735--119340765	4	7.5	4	92	7	53	0	29	0	70	0.87
119341417--119341469	17	3.2	17	66	28	51	43	3	9	43	1.55
119341415--119341479	32	2.0	32	100	0	130	43	3	10	43	1.55
119345499--119345551	26	1.9	28	85	11	74	62	1	3	32	1.24
119345505--119345612	50	2.2	49	83	8	130	64	0	8	25	1.27
119349883--119349922	20	2.0	21	90	5	64	40	0	2	57	1.12
119353085--119353369	35	8.2	35	86	1	394	30	24	14	30	1.95
119353087--119353369	104	2.7	104	87	0	395	30	24	14	30	1.95
119353109--119353369	139	1.9	138	90	1	378	29	25	14	30	1.94
119357942--119357977	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
119358303--119358691	35	11.2	35	86	2	500	30	13	25	31	1.94
119358303--119358691	70	5.6	70	90	3	583	30	13	25	31	1.94
119358306--119358667	173	2.1	174	86	2	503	30	12	25	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119360097--119360143	10	4.7	10	77	17	53	55	8	4	31	1.49
119362800--119362830	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
119362910--119362940	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
119365682--119365823	40	3.5	40	81	0	149	23	28	22	26	1.99
119374037--119374065	14	2.1	14	100	0	58	27	34	6	31	1.83
119383829--119383935	26	4.2	26	89	7	166	32	4	25	37	1.77
119383837--119383933	49	2.0	49	95	0	176	29	5	26	38	1.78
119390011--119390041	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
119390121--119390151	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
119391654--119391948	146	2.0	147	91	3	479	32	10	17	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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