genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373947--1373990	21	2.2	20	83	4	52	22	6	9	61	1.50
1382689--1382719	16	1.9	16	93	0	53	19	77	0	3	0.90
1384472--1384498	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1394674--1394716	13	3.1	14	83	10	52	53	0	0	46	1.00
1394733--1394804	29	2.6	28	81	12	78	43	1	1	54	1.17
1394760--1394794	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
1394883--1394935	15	3.3	15	73	19	52	54	5	0	39	1.24
1396686--1396713	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1400313--1400357	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
1405041--1405538	263	1.9	263	86	4	718	33	12	16	37	1.85
1415630--1415757	48	2.7	48	86	0	166	21	42	9	25	1.83
1415738--1415848	42	2.5	42	88	8	150	35	36	13	15	1.87
1415738--1416072	48	7.4	45	77	8	193	31	37	13	17	1.88
1415855--1415943	27	3.5	26	70	17	71	21	47	5	25	1.72
1415632--1416034	186	2.2	186	89	0	619	28	38	11	20	1.88
1415955--1416072	42	2.8	42	96	0	218	34	32	18	14	1.91
1415769--1416183	228	1.8	228	92	1	697	30	39	11	18	1.87
1416378--1416462	27	3.4	26	71	18	81	28	50	1	20	1.55
1416527--1416606	24	3.3	24	69	19	67	27	48	1	22	1.58
1416524--1416657	27	5.4	27	68	22	105	29	49	1	20	1.58
1416056--1416658	48	12.4	48	76	5	381	29	47	3	19	1.67
1416056--1416609	147	3.8	147	87	1	747	29	47	3	19	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416573--1416655	24	3.5	24	69	18	73	31	48	1	19	1.57
1416712--1416755	6	7.3	6	86	0	61	18	77	2	2	0.98
1417820--1417899	36	2.2	36	90	0	124	25	40	10	25	1.86
1417856--1418127	114	2.4	113	93	2	456	28	38	9	22	1.86
1418084--1418172	36	2.5	36	84	0	106	22	42	11	23	1.85
1418255--1419749	48	31.2	48	73	9	908	29	47	4	19	1.68
1418212--1419527	144	9.2	144	76	7	1014	29	46	4	18	1.69
1418864--1419049	27	7.6	27	65	22	113	27	49	3	19	1.64
1419109--1419239	27	5.3	27	64	22	90	29	49	3	18	1.62
1419420--1419500	21	3.6	21	69	23	65	27	56	2	13	1.50
1419401--1419528	27	5.2	27	64	27	95	31	50	1	16	1.54
1419489--1419565	27	3.1	26	69	21	74	32	48	0	19	1.49
1444757--1444876	9	13.0	9	68	15	50	60	3	0	35	1.19
1444759--1444810	24	2.1	26	85	7	72	63	0	0	36	0.95
1445077--1445122	19	2.3	20	92	3	76	41	0	2	56	1.11
1445077--1445175	29	3.4	28	76	6	83	36	1	1	61	1.10
1445077--1445178	20	5.3	19	72	15	75	37	0	0	60	1.10
1445077--1445127	10	5.3	10	81	6	61	37	0	1	60	1.08
1449877--1449901	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1453527--1453597	30	2.2	34	75	14	78	28	5	18	47	1.71
1459100--1459161	20	3.0	20	77	15	65	54	9	8	27	1.61
1462342--1462380	13	3.0	13	92	0	60	7	5	25	61	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467926--1467981	27	2.1	27	100	0	112	37	8	0	53	1.32
1468941--1468995	19	3.0	17	79	12	56	29	5	7	58	1.48
1469633--1469664	17	1.9	17	93	6	57	40	0	6	53	1.26
1475083--1475126	23	1.9	23	100	0	88	45	9	18	27	1.79
1478259--1478308	22	2.2	24	85	7	68	46	4	6	44	1.47
1478864--1478908	20	2.3	20	96	3	83	46	15	4	33	1.66
1483019--1483102	36	2.3	36	82	8	91	26	19	11	42	1.85
1483537--1483588	27	1.9	27	85	14	72	36	0	9	53	1.34
1485309--1485367	25	2.5	23	81	13	66	50	8	1	38	1.43
1496150--1496187	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1501691--1501731	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1505439--1505526	25	3.4	26	80	10	92	26	2	0	71	0.98
1505499--1505529	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
1507860--1507930	30	2.2	34	75	14	78	28	5	18	47	1.71
1515535--1515591	20	2.8	20	76	10	53	64	3	3	28	1.26
1523022--1523063	14	2.9	14	82	3	57	54	4	7	33	1.49
1523427--1523522	3	34.0	3	70	14	53	62	0	5	32	1.17
1523429--1523522	20	4.7	20	73	14	61	62	0	5	31	1.17
1548350--1548408	27	2.2	27	100	0	118	37	11	18	32	1.87
1553627--1553651	13	1.9	13	100	0	50	8	4	16	72	1.24
1558736--1558765	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
1563200--1563225	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582341--1582388	3	16.3	3	91	4	80	66	0	0	33	0.92
1585146--1585170	7	3.6	7	100	0	50	16	28	28	28	1.97
1604311--1604339	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
1609935--1609980	24	1.9	24	95	0	83	36	10	2	50	1.50
1610290--1610324	18	1.9	18	88	0	52	22	11	22	42	1.85
1612095--1612132	20	2.0	20	85	10	53	26	13	23	36	1.91
1619118--1619149	14	2.3	14	100	0	64	50	6	0	43	1.27
1620182--1620276	22	4.5	20	71	17	68	47	0	0	52	1.00
1620182--1620258	22	3.5	23	74	10	72	49	0	0	50	1.00
1620206--1620238	16	2.1	16	94	0	57	54	0	0	45	0.99
1621780--1621811	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1622290--1622336	21	2.2	21	77	7	51	6	0	27	65	1.16
1622297--1622341	23	2.0	22	83	12	56	4	0	26	68	1.08
1631059--1631095	13	2.8	13	87	0	56	37	10	13	37	1.80
1631676--1632097	138	3.1	138	84	3	589	46	5	6	40	1.54
1640235--1640269	6	5.8	6	93	0	61	34	14	2	48	1.58
1645894--1646033	43	3.3	43	84	6	176	25	28	21	24	1.99
1651485--1651562	40	1.9	39	82	10	95	26	16	15	41	1.88
1651912--1651976	22	3.0	22	71	10	62	44	29	0	26	1.54
1651957--1652031	21	3.5	21	77	10	64	42	37	0	20	1.52
1652065--1652103	14	2.8	14	88	0	60	46	28	0	25	1.53
1652586--1652704	41	2.9	41	88	1	186	21	23	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652736--1652761	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
1654866--1654928	30	2.1	31	91	8	103	47	3	12	36	1.58
1659518--1659575	30	1.9	31	86	10	84	41	10	13	34	1.79
1672956--1673016	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
1673108--1673174	3	21.7	3	84	6	89	62	1	2	32	1.19
1673308--1673350	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
1673447--1673482	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
1673518--1673569	14	3.6	14	73	2	50	57	7	3	30	1.45
1673573--1673640	3	22.7	3	94	5	120	66	0	0	33	0.92
1674097--1674172	28	2.7	29	89	2	109	52	17	3	26	1.61
1679228--1679264	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
1679236--1679266	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
1679657--1679706	26	2.0	26	96	4	93	72	20	4	4	1.18
1679653--1679717	25	2.4	27	87	7	98	67	26	3	3	1.20
1680200--1680304	39	2.9	36	76	9	113	34	3	3	58	1.34
1680204--1680334	39	3.3	38	72	16	99	35	4	4	55	1.41
1680399--1680432	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
1680465--1680494	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
1682311--1682346	12	3.0	12	95	0	63	30	25	2	41	1.69
1687487--1687661	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
1687661--1687826	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
1687759--1688387	140	4.5	140	98	1	1195	24	17	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1687759--1688387	281	2.2	280	97	1	1195	24	17	20	37	1.94
1688297--1688528	72	3.1	72	83	10	277	32	16	16	34	1.92
1688485--1688580	49	2.0	49	95	0	174	30	15	20	33	1.94
1688413--1688652	121	2.0	121	93	1	410	32	15	18	33	1.92
1688537--1688798	75	3.5	74	90	3	384	29	17	21	31	1.96
1688802--1689026	78	2.9	78	83	3	281	31	19	16	33	1.94
1688802--1689040	79	3.0	79	81	5	270	30	18	17	34	1.94
1688580--1689396	254	3.3	247	80	9	739	29	17	18	35	1.93
1692529--1692602	26	2.9	26	92	4	116	68	22	4	4	1.23
1692529--1692612	26	3.3	26	88	3	100	66	25	4	3	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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