genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  230  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70996952--70997081	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
70999420--70999470	25	2.0	25	88	0	75	47	21	19	11	1.81
71003459--71003555	29	3.4	29	83	7	117	27	28	15	27	1.96
71003790--71003820	8	3.9	8	95	0	53	6	25	25	41	1.79
71005502--71005737	97	2.5	95	78	7	246	25	29	17	27	1.97
71005505--71005765	47	5.5	47	72	11	169	24	29	18	27	1.98
71005506--71005768	94	2.8	95	76	10	252	24	29	17	28	1.97
71008353--71008413	31	1.9	32	86	3	88	37	18	22	21	1.94
71008358--71008499	67	2.1	67	85	5	185	30	19	28	21	1.97
71008430--71008480	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
71017182--71017282	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71021359--71021488	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
71021375--71021525	40	3.8	39	80	6	144	22	26	23	27	1.99
71026741--71026786	20	2.3	20	81	3	58	23	17	30	28	1.97
71026779--71026915	60	2.3	59	83	8	161	28	21	25	24	1.99
71028530--71028563	17	2.0	17	88	0	50	23	23	2	50	1.63
71032899--71032937	20	2.0	20	85	5	53	41	7	23	28	1.82
71033763--71033944	81	2.2	82	80	3	199	26	12	25	34	1.92
71033765--71033903	40	3.5	41	78	11	144	27	11	26	34	1.91
71035482--71035534	20	2.7	19	80	8	52	71	7	15	5	1.27
71040080--71040275	55	3.6	53	79	6	189	20	25	18	35	1.96
71042049--71042146	28	3.5	28	86	5	119	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71051272--71051398	40	3.2	40	85	7	152	22	29	25	22	1.99
71059191--71059319	40	3.3	39	82	5	154	23	28	24	23	1.99
71071469--71071555	43	2.0	43	100	0	174	42	18	13	25	1.87
71076051--71076098	21	2.3	21	92	0	78	33	16	27	22	1.96
71083334--71083397	32	2.0	32	100	0	128	12	9	28	50	1.71
71086201--71086410	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
71094336--71094545	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
71096732--71097131	201	2.0	201	98	0	773	27	23	24	25	2.00
71101862--71101908	24	2.0	24	86	0	67	36	19	2	42	1.63
71107170--71107345	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
71107167--71107338	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
71118894--71118921	14	2.0	14	100	0	56	14	0	14	71	1.15
71120809--71120841	15	2.2	15	94	0	57	42	27	3	27	1.70
71129004--71129126	46	2.7	46	88	0	174	30	27	19	21	1.98
71129552--71129611	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
71138089--71138214	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
71142053--71142108	28	2.0	28	100	0	112	46	17	7	28	1.75
71142829--71142957	43	3.0	43	74	15	117	32	25	17	24	1.97
71142792--71142949	44	3.7	43	70	15	119	33	24	17	24	1.96
71144018--71144042	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
71149332--71149569	49	4.8	49	80	3	287	29	25	18	26	1.98
71151697--71152010	46	6.8	46	92	1	459	21	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71160815--71160862	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71160905--71160968	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
71160909--71160963	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
71161014--71161180	24	7.0	23	90	4	237	28	22	22	26	1.99
71161014--71161179	47	3.5	46	90	6	244	28	22	22	27	1.99
71161014--71161180	71	2.3	71	90	3	255	28	22	22	26	1.99
71161371--71161433	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
71167188--71167235	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71167274--71167329	20	2.8	20	97	0	103	35	12	19	32	1.89
71167382--71167547	24	7.0	23	89	6	228	28	22	22	27	1.99
71167382--71167547	46	3.5	46	87	8	228	28	22	22	27	1.99
71167382--71167547	70	2.3	70	90	4	253	28	22	22	27	1.99
71167738--71167800	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
71172374--71172550	39	4.6	39	90	3	281	21	29	21	27	1.99
71172374--71172550	77	2.3	77	90	5	279	21	29	21	27	1.99
71180412--71180672	39	6.7	39	89	0	405	22	29	20	27	1.99
71202793--71202895	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
71210736--71210838	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
71213851--71213998	43	3.5	43	87	3	194	26	26	14	32	1.95
71213890--71214000	43	2.6	43	95	0	195	24	25	15	35	1.94
71223490--71223653	43	3.8	44	79	13	182	32	23	17	26	1.97
71224915--71225017	53	1.9	53	98	0	197	29	9	24	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71230352--71230566	46	4.6	46	83	4	225	31	19	24	24	1.98
71244110--71244178	30	2.3	30	95	2	122	8	40	23	27	1.84
71248595--71248802	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
71248595--71248801	80	2.6	80	81	3	229	25	25	23	25	2.00
71257444--71257522	23	3.2	23	65	22	61	44	25	12	17	1.84
71257426--71257526	51	2.0	51	100	0	202	44	25	11	17	1.83
71259472--71259510	12	3.2	12	88	0	60	12	25	35	25	1.92
71263332--71263395	27	2.4	27	86	2	85	40	1	7	50	1.41
71265009--71265117	40	2.7	40	89	0	164	15	11	25	46	1.80
71269540--71269576	19	1.9	19	100	0	74	24	10	21	43	1.84
71274062--71274210	40	3.7	40	91	0	217	22	28	22	26	1.99
71274032--71274210	80	2.2	80	84	2	225	22	29	22	25	1.99
71279578--71279618	18	2.3	18	86	0	55	31	2	4	60	1.30
71279769--71279810	18	2.3	18	84	8	50	76	4	16	2	1.07
71280432--71280469	20	1.9	19	89	5	58	31	0	10	57	1.32
71283095--71283565	47	10.3	47	91	6	736	32	8	30	29	1.86
71283204--71283273	35	2.0	35	100	0	140	31	8	28	31	1.87
71283683--71283765	37	2.2	37	89	0	121	24	21	32	21	1.98
71292920--71293071	67	2.2	67	88	4	232	26	9	7	55	1.58
71293759--71293813	23	2.4	22	73	8	56	36	1	5	56	1.33
71297847--71297951	52	2.0	52	98	0	201	43	9	9	37	1.70
71299329--71299394	11	5.9	10	75	20	51	33	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71299340--71299395	11	4.9	11	79	14	60	33	0	3	62	1.12
71314708--71314857	40	3.8	40	86	0	212	22	20	29	28	1.98
71319677--71319719	22	2.0	22	90	9	70	20	13	27	37	1.91
71320119--71320147	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
71321870--71322198	49	6.9	47	73	9	222	27	18	29	24	1.98
71321833--71322148	49	6.7	49	74	9	190	27	19	28	23	1.99
71321830--71322198	93	3.9	95	76	10	301	27	19	28	24	1.98
71338575--71338668	37	2.6	37	86	1	127	40	28	11	19	1.86
71350697--71350858	51	3.2	51	88	0	234	17	28	32	21	1.96
71352024--71352110	42	2.0	43	86	6	124	33	26	11	28	1.91
71359396--71359445	3	17.3	3	91	8	77	28	2	0	70	0.99
71359405--71359455	15	3.1	16	88	8	68	23	3	0	72	1.01
71359612--71359655	22	2.0	22	95	4	81	34	43	13	9	1.76
71361479--71361513	9	3.7	9	85	14	52	85	0	14	0	0.59
71365231--71365320	44	2.0	44	93	0	153	37	22	12	27	1.90
71367378--71367416	20	2.0	20	89	0	60	30	2	5	61	1.31
71370875--71371060	79	2.4	77	80	9	209	45	9	16	28	1.78
71372646--71372735	45	2.0	45	97	0	171	32	11	14	42	1.81
71376498--71376547	24	2.1	24	100	0	100	12	16	20	52	1.75
71378885--71378918	18	1.9	17	94	5	59	47	14	11	26	1.79
71383029--71383225	92	2.2	88	85	7	263	39	19	9	31	1.84
71383076--71383305	87	2.6	87	82	6	257	38	20	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71383416--71383546	10	13.8	9	69	15	59	60	2	3	34	1.25
71383426--71383498	28	2.6	27	82	8	83	57	1	2	38	1.22
71383732--71383867	9	14.2	9	66	17	60	32	4	1	61	1.24
71383747--71383822	10	8.0	9	70	15	55	26	6	1	65	1.24
71387155--71387240	44	2.0	44	92	0	145	36	25	11	26	1.90
71387155--71387222	22	3.0	24	66	12	63	38	23	11	26	1.89
71388688--71388859	43	4.0	43	74	13	147	24	17	25	32	1.97
71390392--71390479	30	2.9	30	78	6	106	29	27	15	27	1.96
71390877--71390901	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
71411521--71411581	30	2.0	31	96	3	115	19	6	47	26	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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