genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  188  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58110148--58110261	55	2.1	54	86	4	158	16	22	22	37	1.93
58114854--58114924	28	2.5	28	83	0	97	28	32	12	26	1.93
58114913--58115007	40	2.4	40	82	3	102	33	27	16	22	1.95
58122870--58122982	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
58130835--58131001	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
58133649--58133717	28	2.5	28	90	0	102	28	34	13	23	1.92
58133702--58133798	40	2.4	40	85	0	131	32	25	17	23	1.96
58138223--58138406	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58138263--58138451	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58152636--58152852	45	4.7	45	77	10	181	29	18	29	23	1.98
58153810--58153889	42	1.9	42	94	2	144	28	36	22	12	1.91
58154665--58154885	48	4.7	47	69	16	143	25	28	20	25	1.99
58154665--58154885	94	2.3	95	79	15	228	25	28	20	25	1.99
58157294--58157503	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
58165423--58165632	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
58177129--58177259	49	2.7	48	77	13	124	22	27	18	31	1.97
58190496--58190548	21	2.5	23	82	17	62	30	24	9	35	1.87
58194110--58194154	22	2.0	22	100	0	90	60	4	22	13	1.51
58194151--58194232	39	2.1	39	90	0	128	58	7	23	10	1.57
58197709--58197857	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58197750--58197857	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58205838--58205945	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58219059--58219157	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
58221123--58221263	40	3.5	40	84	2	178	25	30	21	22	1.99
58230144--58230294	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
58230144--58230294	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58238145--58238295	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
58238145--58238295	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58240281--58240421	40	3.5	40	84	2	178	25	30	21	22	1.99
58250613--58250762	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
58250637--58250820	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
58251902--58251926	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58256268--58256360	27	3.4	27	91	5	143	44	25	9	20	1.82
58257601--58257631	16	1.9	16	93	0	53	48	3	6	41	1.45
58262341--58262442	29	3.5	29	97	0	195	26	31	14	27	1.95
58262282--58262434	58	2.6	58	83	2	173	25	33	16	24	1.96
58262284--58262442	87	1.8	87	80	2	194	25	32	16	25	1.96
58265654--58265691	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
58267175--58267227	20	2.7	20	96	0	97	26	26	33	13	1.93
58267346--58267438	27	3.4	27	91	5	143	44	25	9	20	1.82
58279652--58279767	39	3.0	39	93	0	187	22	18	29	29	1.98
58289983--58290052	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
58296591--58296781	48	4.0	48	97	0	355	36	6	26	30	1.82
58296591--58297001	96	4.1	96	78	14	439	36	6	26	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58296759--58296801	20	2.2	20	100	0	86	39	13	27	18	1.89
58296711--58296849	68	2.0	68	100	0	278	36	8	27	27	1.86
58296779--58297001	48	4.6	48	94	2	401	36	6	26	30	1.81
58296663--58296897	116	2.0	116	99	0	461	36	7	27	29	1.83
58296615--58296947	164	2.0	166	96	1	616	36	7	26	29	1.83
58296779--58296998	98	2.3	98	95	1	399	36	6	26	30	1.81
58297148--58297256	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
58305861--58306027	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
58305877--58306027	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58313590--58313756	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
58313606--58313756	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
58315549--58315679	64	2.0	64	98	0	253	32	18	16	32	1.93
58322096--58322272	40	4.4	40	80	7	200	26	27	22	24	2.00
58322096--58322272	80	2.2	79	86	6	234	26	27	22	24	2.00
58325980--58326015	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
58326853--58326877	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58327358--58327486	59	2.2	58	95	1	231	37	13	23	24	1.92
58327325--58327486	88	1.8	89	89	1	254	36	13	24	25	1.92
58327358--58327486	29	4.4	29	97	1	231	37	13	23	24	1.92
58334063--58334098	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
58334939--58334967	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
58335435--58335575	29	4.8	29	94	3	230	39	13	21	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58335435--58335575	59	2.4	57	92	3	228	39	13	21	24	1.90
58335415--58335575	88	1.8	88	90	2	261	37	13	23	25	1.92
58337082--58337374	40	7.4	40	93	1	441	23	23	27	25	2.00
58342303--58342419	48	2.4	49	83	9	136	23	17	29	29	1.97
58343953--58344005	22	2.4	22	90	0	88	16	33	32	16	1.92
58349658--58349807	37	4.1	37	92	0	246	25	32	19	23	1.98
58354621--58354841	40	5.6	40	90	1	320	23	21	29	25	1.99
58357011--58357080	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
58357011--58357092	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
58364920--58364989	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
58364920--58365001	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
58365054--58365147	47	2.0	47	100	0	188	27	19	29	23	1.98
58373741--58374021	40	7.2	40	90	4	412	21	21	31	25	1.98
58375834--58376065	40	5.8	40	93	0	374	25	26	21	26	1.99
58377301--58377443	37	3.9	37	94	0	241	22	33	19	24	1.97
58380105--58380219	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93
58380117--58380219	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
58380116--58380249	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
58387633--58387764	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
58387633--58387764	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
58391217--58391274	30	1.9	30	92	0	98	25	44	17	12	1.83
58407677--58407957	50	5.6	50	81	3	303	25	16	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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58424214--58424389	46	3.8	46	78	4	183	28	27	21	22	1.99
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58440934--58441151	40	5.5	40	92	3	354	25	28	23	22	1.99
58443883--58444089	53	3.8	54	78	3	229	37	16	24	20	1.93
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58447909--58448065	86	1.8	85	83	6	210	33	25	16	24	1.96
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58463143--58463263	48	2.5	48	78	0	125	32	26	16	24	1.96
58463225--58463327	37	2.8	37	83	2	109	27	28	17	27	1.98
58468889--58468949	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58473322--58473382	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58474006--58474046	20	2.0	20	100	0	82	26	24	4	43	1.74
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58481123--58481304	39	4.6	39	88	0	238	23	21	31	23	1.98
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58485012--58485271	79	3.3	80	83	4	312	25	24	26	23	2.00
58485012--58485271	119	2.2	119	83	7	314	25	24	26	23	2.00
58492737--58492961	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
58492737--58492997	80	3.3	80	83	3	303	25	23	26	24	2.00
58492737--58492997	120	2.2	120	82	6	316	25	23	26	24	2.00
58494398--58494453	27	2.1	27	100	0	112	26	17	17	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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