genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78646436--78646626	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
78646476--78646626	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
78654473--78654663	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
78654513--78654663	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
78656880--78656915	19	2.0	19	89	10	58	19	22	0	58	1.40
78658536--78658659	49	2.5	49	81	2	142	30	21	25	22	1.99
78662921--78662990	32	2.2	33	92	5	124	34	14	10	41	1.79
78670999--78671370	125	3.0	123	84	3	483	29	18	13	39	1.88
78671467--78671535	34	2.1	34	86	2	95	39	13	0	47	1.42
78671467--78671570	31	3.3	31	82	6	104	42	12	0	44	1.49
78671491--78671570	31	2.7	30	88	5	117	42	10	1	46	1.45
78682159--78682289	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
78690217--78690347	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
78703585--78703697	39	2.9	39	91	1	172	22	21	32	23	1.98
78703574--78703727	79	1.9	79	84	2	202	22	21	32	24	1.98
78711518--78711671	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
78711518--78711671	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
78715087--78715263	50	3.5	50	85	2	203	23	14	28	33	1.94
78718746--78718773	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78721847--78722087	50	4.8	50	77	5	220	26	17	24	31	1.97
78724575--78724700	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
78724514--78724700	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78732645--78732770	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
78732584--78732770	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
78741397--78741575	40	4.6	38	84	7	209	26	24	22	25	2.00
78741397--78741575	78	2.3	79	84	6	229	26	24	22	25	2.00
78751784--78751915	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
78759514--78759645	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
78767897--78767966	23	2.9	23	85	10	88	31	21	21	25	1.98
78768652--78768740	30	3.0	29	80	8	99	57	15	16	10	1.65
78768652--78768731	15	5.4	14	80	4	79	58	13	17	10	1.62
78771692--78771863	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
78771685--78771860	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
78773398--78773614	40	5.4	40	89	4	307	24	22	27	25	2.00
78775120--78775149	12	2.5	12	100	0	60	33	50	16	0	1.46
78776149--78776202	23	2.4	23	81	3	65	31	20	22	25	1.98
78780846--78780898	19	2.8	19	75	16	56	22	7	28	41	1.81
78781141--78781168	13	2.2	13	100	0	56	7	14	50	28	1.69
78787602--78787705	39	2.6	40	92	1	174	25	28	21	24	1.99
78787602--78787758	79	2.0	80	82	6	194	25	28	22	24	2.00
78787555--78787758	40	5.1	40	78	8	202	25	27	22	25	2.00
78791089--78791180	41	2.2	42	90	5	143	33	14	23	28	1.94
78791774--78791819	19	2.4	19	88	0	74	19	10	30	39	1.86
78797385--78797552	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78797401--78797550	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
78804741--78804908	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
78804757--78804906	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
78806771--78806808	12	3.2	12	92	0	58	21	44	0	34	1.52
78823955--78824120	46	3.6	46	74	18	164	22	19	29	28	1.98
78823949--78824118	92	1.8	93	92	1	288	21	20	29	28	1.98
78834614--78834741	40	3.2	39	80	4	130	25	25	22	26	2.00
78846376--78846543	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
78848329--78848399	30	2.4	30	85	0	97	19	29	28	22	1.98
78853512--78853568	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
78855932--78855980	24	2.0	24	96	0	89	20	18	16	44	1.86
78858399--78858475	6	12.7	6	70	15	52	16	5	1	76	1.03
78858397--78858456	11	5.6	11	83	15	81	20	5	0	75	0.99
78858397--78858456	20	2.8	22	85	11	81	20	5	0	75	0.99
78861384--78861416	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
78866738--78866806	27	2.6	27	90	4	104	20	10	26	43	1.83
78871009--78871077	28	2.5	28	90	2	104	21	10	26	42	1.84
78874421--78874475	21	2.6	21	88	5	85	23	25	32	18	1.97
78883614--78883698	35	2.4	35	84	7	102	17	14	24	43	1.86
78886260--78886536	27	10.3	27	87	0	322	38	20	9	31	1.84
78886559--78886801	27	9.0	27	85	1	292	37	19	20	23	1.95
78886559--78886801	81	3.0	81	87	1	328	37	19	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78887050--78887100	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
78887146--78887203	27	2.2	26	84	3	71	20	24	20	34	1.97
78887323--78887376	6	8.8	6	77	18	58	18	14	14	51	1.76
78893440--78893523	35	2.4	35	86	4	107	19	10	25	45	1.82
78893468--78893534	35	1.9	35	84	0	89	22	8	26	41	1.83
78894304--78894409	54	2.0	54	84	0	140	27	22	28	21	1.99
78896160--78896345	40	4.6	41	85	7	206	25	20	26	26	1.99
78896194--78896378	80	2.3	80	78	11	193	28	20	25	25	1.99
78898255--78898307	26	2.0	26	100	0	106	26	24	22	26	2.00
78912626--78912811	40	4.6	41	84	7	197	25	20	26	26	1.99
78912660--78912844	80	2.3	80	77	11	184	28	20	25	25	1.99
78929918--78929996	39	2.0	39	100	0	158	26	15	7	50	1.70
78937314--78937415	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78945162--78945263	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78948364--78948464	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
78948364--78948546	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
78956261--78956444	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
78967432--78967583	40	3.8	40	78	6	157	28	23	25	22	1.99
78980986--78981142	43	3.7	43	77	11	162	30	25	17	26	1.97
78980981--78981105	41	3.0	41	77	13	128	33	24	15	26	1.95
78980981--78981143	84	1.9	84	86	0	227	31	25	16	26	1.96
78981810--78981839	14	2.1	15	93	6	53	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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78995042--78995129	25	3.5	25	73	17	74	46	12	20	20	1.82
78995066--78995129	31	2.1	31	84	0	83	46	14	18	20	1.83
78995308--78995341	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
78995374--78995425	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
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78995968--78996114	27	5.5	26	77	6	125	29	9	21	38	1.85
78995967--78996114	54	2.7	54	78	8	156	30	9	21	38	1.85
78995968--78996135	27	6.3	26	75	10	115	28	8	22	40	1.84
78997798--78997829	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
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79003583--79003707	56	2.2	56	89	0	196	28	14	24	32	1.94
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79006809--79007175	48	7.7	47	83	8	309	30	28	7	34	1.84
79007051--79007197	47	3.1	47	91	0	231	26	28	11	33	1.91
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79024298--79024388	38	2.4	38	90	0	137	23	21	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79024269--79024420	38	3.9	38	80	3	133	24	22	23	29	1.99
79033663--79033717	29	2.0	28	89	7	85	36	21	12	29	1.91
79040984--79041043	29	2.1	29	96	0	111	35	23	15	26	1.94
79043823--79043925	26	3.9	25	77	8	98	25	20	12	41	1.87
79043945--79044043	27	3.7	27	86	4	146	41	23	7	28	1.80
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79043945--79044125	54	3.3	54	81	3	175	40	19	8	30	1.82
79043945--79044131	27	6.9	27	79	7	117	39	19	9	31	1.84
79044185--79044276	27	3.4	27	84	3	114	34	19	25	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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