genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  260  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80673923--80674094	93	1.8	93	88	0	263	28	29	20	21	1.98
80679261--80679440	40	4.5	39	80	8	179	25	20	26	27	1.99
80679260--80679440	78	2.3	80	83	8	228	25	20	26	27	1.99
80679387--80679462	40	1.9	40	83	5	100	23	23	28	23	1.99
80683494--80683563	27	2.5	28	88	2	106	28	28	14	28	1.95
80686138--80686207	27	2.5	28	97	2	133	28	15	27	28	1.96
80693946--80694015	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
80693946--80694027	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
80701413--80701595	40	4.7	40	85	8	243	24	21	27	25	1.99
80701413--80701593	77	2.3	79	84	8	235	24	22	27	25	2.00
80706116--80706319	40	5.1	39	86	7	225	22	23	28	25	1.99
80713578--80713675	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
80721240--80721338	28	3.5	28	80	6	110	28	17	25	29	1.97
80727663--80727714	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
80733123--80733147	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80734491--80734778	47	6.1	47	90	0	441	31	11	29	27	1.91
80734518--80734593	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
80734490--80734778	141	2.0	141	95	0	515	31	11	29	27	1.91
80734659--80734734	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
80734513--80734820	94	3.2	93	87	4	386	32	11	28	26	1.92
80734983--80735054	37	1.9	37	88	5	110	20	18	31	29	1.96
80739638--80739845	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80739638--80739844	80	2.6	80	81	3	229	25	25	23	25	2.00
80742486--80742547	31	2.0	32	83	3	81	35	17	24	22	1.95
80742563--80742614	27	2.0	26	88	3	77	30	21	30	17	1.96
80742493--80742627	67	2.0	68	85	5	182	28	20	30	20	1.97
80744457--80744526	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
80744457--80744538	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
80751409--80751537	45	2.9	45	91	1	197	29	27	20	22	1.98
80751530--80751767	76	3.1	76	87	1	314	30	24	21	24	1.99
80751530--80751731	38	5.3	38	89	0	296	31	24	20	23	1.98
80758972--80759147	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80758968--80759139	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80762092--80762170	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
80762083--80762169	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
80764550--80764725	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80764546--80764717	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80766436--80766607	39	4.4	39	92	0	272	25	19	31	23	1.98
80766436--80766637	39	5.2	39	88	0	260	24	20	31	23	1.98
80768524--80768552	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
80775013--80775042	14	2.1	14	93	0	51	40	0	40	20	1.52
80779668--80779888	46	4.7	46	78	10	198	28	20	28	22	1.98
80786766--80786829	31	2.1	31	100	0	128	48	23	0	28	1.51
80788132--80788207	27	2.8	27	85	0	98	34	14	21	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80788203--80788513	27	11.6	26	76	9	103	42	19	7	30	1.79
80788219--80788424	54	3.8	54	80	5	204	44	20	6	28	1.77
80788219--80788370	81	1.9	80	87	4	225	45	20	5	28	1.73
80788219--80788398	81	2.2	81	84	4	222	44	21	5	28	1.74
80788219--80788476	81	3.2	81	77	10	217	44	20	6	28	1.76
80788773--80788895	41	3.0	41	95	0	219	21	23	30	25	1.99
80789199--80789271	32	2.3	32	83	4	85	28	17	21	31	1.97
80789463--80789521	27	2.2	26	82	8	66	23	18	27	30	1.98
80796584--80796616	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
80798057--80798373	47	6.7	47	89	4	456	29	31	7	31	1.86
80798057--80798373	96	3.3	95	89	5	469	29	31	7	31	1.86
80802112--80802289	43	4.1	43	95	0	302	32	32	21	14	1.93
80802272--80802483	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
80804412--80804728	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
80804412--80804728	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85
80812661--80812707	6	7.8	6	90	0	76	14	2	2	80	0.89
80815601--80815758	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
80815601--80815788	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
80823289--80823391	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
80826882--80827064	40	4.6	40	77	7	144	26	23	27	22	2.00
80826896--80827003	39	2.7	38	78	7	119	30	23	24	22	1.99
80826884--80827067	79	2.3	78	78	10	194	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80830000--80830032	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
80830741--80830778	20	1.9	20	94	0	67	26	13	23	36	1.91
80834242--80834280	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
80842994--80843162	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
80848112--80848248	39	3.5	39	81	4	168	26	21	25	26	2.00
80848106--80848293	77	2.4	79	79	6	195	26	23	26	22	2.00
80856118--80856297	40	4.5	40	86	4	220	26	23	26	24	2.00
80856119--80856337	80	2.7	80	82	1	242	27	22	26	23	2.00
80863597--80863646	25	2.0	25	92	0	82	24	4	36	36	1.74
80868606--80868655	25	2.0	25	92	0	82	24	4	36	36	1.74
80870416--80870922	47	10.7	47	92	2	807	28	30	7	32	1.86
80870466--80870685	25	9.3	25	59	21	71	30	30	7	32	1.84
80883882--80884439	47	11.7	47	94	1	882	31	8	30	29	1.86
80883882--80884439	145	3.9	142	92	2	895	31	8	30	29	1.86
80886359--80886428	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
80886359--80886440	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
80894243--80894312	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
80894243--80894324	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
80896839--80897110	40	6.8	40	94	0	463	22	22	29	24	1.99
80901150--80901493	47	7.2	47	91	2	526	32	7	29	30	1.85
80901193--80901275	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
80901150--80901493	49	7.2	48	92	2	552	32	7	29	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80901150--80901493	96	3.6	96	92	2	561	32	7	29	30	1.85
80901465--80901526	28	2.2	28	91	2	97	30	11	32	25	1.91
80901425--80901568	75	1.9	75	88	0	216	31	9	29	29	1.88
80901371--80901593	122	1.8	122	92	1	376	32	8	29	29	1.87
80901493--80901637	47	3.1	47	87	0	209	33	8	31	27	1.86
80901322--80901637	169	1.9	171	88	1	483	32	8	30	28	1.86
80905527--80905626	27	3.5	28	84	5	121	31	28	14	27	1.95
80907386--80907595	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80915520--80915729	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80924817--80924886	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
80926976--80927008	17	2.0	17	88	5	50	36	9	15	39	1.79
80939566--80939729	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80939566--80939763	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
80947146--80947309	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80947146--80947343	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
80957869--80958035	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80965907--80966034	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
80986117--80986335	40	5.5	40	89	4	309	28	26	19	25	1.99
80990459--80990628	47	3.6	47	76	10	204	22	20	28	28	1.99
80990460--80990674	93	2.3	93	95	0	385	21	21	29	27	1.98
80990460--80990681	46	4.8	46	77	13	206	21	21	29	27	1.98
80996675--80996732	29	2.0	29	100	0	116	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80996677--80996739	29	2.2	29	94	0	108	31	17	25	25	1.97
81004586--81004643	29	2.0	29	100	0	116	31	13	27	27	1.94
81007044--81007075	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
81023735--81023812	38	2.1	38	97	0	147	34	1	15	48	1.53
81031746--81031802	30	1.9	30	85	7	80	22	31	29	15	1.95
81042409--81042504	43	2.3	42	81	5	104	21	25	31	21	1.98
81044493--81044625	49	2.7	49	81	6	155	30	20	26	23	1.98
81047026--81047074	24	2.0	24	100	0	98	24	16	22	36	1.94
81056923--81057120	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81056989--81057106	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438