genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  357  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111461728--111461999	94	2.9	92	81	11	270	28	19	29	22	1.98
111461733--111461998	140	1.9	141	85	5	369	28	19	29	22	1.98
111470999--111471027	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
111470978--111471025	15	3.2	15	80	16	55	62	0	2	35	1.07
111479523--111479565	22	1.9	23	85	4	61	37	11	37	13	1.82
111481876--111481945	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
111484818--111484894	5	14.8	5	80	20	79	16	2	1	79	0.92
111484817--111484919	25	4.2	25	81	8	113	18	4	0	75	1.03
111484817--111484894	31	2.5	32	80	18	92	16	2	1	79	0.91
111486984--111487134	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
111487021--111487150	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
111494993--111495158	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
111512130--111512171	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
111512626--111512724	28	3.5	29	94	5	168	28	12	27	32	1.92
111521249--111521284	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
111522560--111522606	18	2.6	19	80	10	62	23	29	10	36	1.89
111525885--111526216	48	6.9	48	74	2	227	25	29	17	28	1.98
111525883--111526216	144	2.3	142	80	4	375	24	29	17	28	1.98
111533602--111533639	20	1.9	20	88	0	58	28	5	34	31	1.80
111534403--111534427	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
111536739--111536839	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
111543670--111543714	6	7.5	6	94	0	81	0	2	62	35	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111544744--111544781	14	2.7	14	91	0	58	28	0	23	47	1.52
111546419--111546465	19	2.3	20	85	7	60	48	0	0	51	1.00
111546490--111546526	16	2.3	17	86	13	60	40	2	0	56	1.13
111546626--111546668	22	2.0	21	86	4	59	48	0	0	51	1.00
111549021--111549067	25	1.9	24	83	12	60	74	2	10	12	1.16
111549084--111549123	21	1.9	21	90	10	64	70	0	27	2	1.01
111549098--111549130	17	1.9	17	93	0	57	72	0	24	3	0.98
111554124--111554167	5	8.8	5	94	0	79	56	0	2	40	1.11
111555797--111555958	63	2.6	63	75	2	164	28	9	29	32	1.89
111557911--111557947	19	1.9	19	88	0	56	45	8	18	27	1.77
111557993--111558029	17	2.2	17	100	0	74	29	0	29	40	1.57
111558975--111559025	20	2.4	21	87	9	77	13	35	29	21	1.92
111564813--111564842	11	2.8	11	95	5	53	16	0	0	83	0.65
111599293--111599468	46	3.8	45	78	10	185	19	20	30	28	1.97
111599289--111599461	93	1.9	93	92	0	292	20	20	31	27	1.98
111601787--111601830	22	2.0	22	86	0	61	59	2	0	38	1.10
111603353--111603431	39	2.0	39	95	0	140	45	15	13	25	1.83
111603366--111603429	21	3.2	21	62	20	55	48	12	14	25	1.78
111603996--111604079	40	2.2	38	84	4	105	26	23	21	28	1.99
111604603--111604637	17	2.0	18	88	5	54	17	40	25	17	1.90
111606940--111607184	49	4.9	49	79	3	265	28	25	19	26	1.98
111607430--111607483	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111618242--111618415	46	3.8	45	82	7	181	28	20	28	22	1.98
111621525--111621711	40	4.7	40	78	5	180	24	27	23	25	2.00
111621525--111621674	80	1.9	80	87	5	223	22	28	24	24	2.00
111621512--111621711	80	2.5	80	82	6	210	25	27	22	25	2.00
111624987--111625088	29	3.5	29	97	0	195	30	13	28	27	1.94
111624987--111625148	29	5.6	29	86	2	116	27	15	30	25	1.96
111624983--111625148	58	2.9	59	84	4	196	28	15	30	25	1.95
111629520--111629685	58	2.9	59	85	4	205	27	15	30	25	1.96
111629524--111629625	29	3.5	29	100	0	204	29	14	28	27	1.95
111638225--111638258	13	2.6	13	85	0	50	17	29	32	20	1.96
111641555--111641644	27	3.3	27	85	0	117	24	16	20	38	1.92
111646695--111646870	46	3.8	45	76	14	162	21	21	29	28	1.98
111646691--111646863	93	1.9	93	90	2	276	21	21	30	27	1.98
111663588--111663618	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
111678731--111678881	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
111678731--111678880	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
111694098--111694270	46	3.7	46	77	17	196	21	20	28	29	1.98
111694095--111694264	93	1.8	93	93	2	297	21	20	30	28	1.98
111701494--111701666	46	3.7	46	77	13	192	21	20	28	29	1.98
111701491--111701661	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
111704104--111704200	34	2.8	34	82	3	104	21	26	23	27	1.99
111708740--111708806	29	2.3	29	79	7	73	44	4	23	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111717748--111717941	46	4.2	46	70	14	130	29	28	19	22	1.98
111736968--111736992	13	1.9	13	100	0	50	24	40	24	12	1.88
111740567--111740602	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
111741662--111741966	154	2.0	154	92	0	511	27	15	27	29	1.96
111742799--111742823	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
111743669--111743717	22	2.1	24	85	7	66	61	12	8	18	1.55
111747780--111747861	40	2.0	40	95	0	146	26	9	26	36	1.88
111750550--111750593	20	2.2	20	91	0	70	47	22	2	27	1.63
111751259--111751369	40	2.8	40	80	6	118	31	11	24	32	1.91
111753115--111753193	33	2.4	33	82	4	88	25	24	21	29	1.99
111755076--111755297	40	5.6	40	86	7	292	25	26	23	24	2.00
111755076--111755297	82	2.8	79	86	7	281	25	26	23	24	2.00
111763209--111763432	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
111763209--111763432	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
111771337--111771559	40	5.6	40	87	5	317	25	26	23	24	2.00
111771337--111771559	82	2.8	80	88	3	324	25	26	23	24	2.00
111773222--111773250	14	2.1	14	100	0	58	58	27	0	13	1.36
111775527--111775702	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
111775523--111775694	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
111778652--111778720	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
111778643--111778730	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
111786111--111786281	40	4.3	40	82	2	195	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111795198--111795264	34	2.0	34	90	0	107	32	20	8	37	1.84
111799010--111799120	27	4.2	26	89	5	159	36	23	24	15	1.93
111800505--111800599	12	7.9	12	65	9	50	21	37	6	34	1.79
111800501--111800606	24	4.4	23	90	7	149	18	37	5	37	1.75
111802963--111803060	24	4.0	24	86	1	133	23	37	4	34	1.74
111805478--111805756	50	5.7	50	76	9	254	27	20	29	23	1.99
111805487--111805756	95	2.8	98	79	3	271	27	20	28	23	1.99
111809661--111809685	12	2.1	12	100	0	50	48	8	36	8	1.62
111809590--111809756	83	2.0	83	100	0	334	37	15	29	17	1.91
111814714--111814996	48	5.9	48	81	5	313	25	18	31	24	1.97
111814714--111814997	50	5.9	50	82	4	289	25	18	31	24	1.98
111819002--111819326	47	6.8	49	91	4	527	32	8	30	28	1.86
111819002--111819341	96	3.5	96	93	0	574	32	7	30	28	1.86
111829718--111829771	26	2.1	26	92	0	90	59	12	11	16	1.61
111832376--111832695	48	6.6	47	77	9	274	21	30	20	27	1.98
111838700--111838960	50	5.6	50	74	13	177	23	29	18	29	1.97
111838837--111838966	48	2.7	47	79	6	147	22	29	18	30	1.97
111840189--111840247	29	2.0	29	100	0	118	32	13	16	37	1.88
111841323--111841420	45	2.2	45	94	1	171	34	14	5	45	1.67
111843352--111843392	20	2.1	20	86	13	59	12	12	12	63	1.53
111849638--111849702	19	3.4	19	80	0	76	32	29	24	13	1.94
111856963--111857031	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111864693--111864727	12	2.9	12	100	0	70	8	17	31	42	1.79
111865291--111865324	18	1.9	17	88	5	50	8	14	8	67	1.41
111866198--111866245	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
111866284--111866360	9	7.9	9	70	16	55	33	9	22	35	1.85
111866282--111866364	20	4.2	20	95	0	148	34	12	20	32	1.89
111866419--111866511	48	1.9	48	93	4	161	25	21	23	29	1.99
111866418--111866522	23	4.4	24	88	7	160	28	20	23	27	1.99
111866731--111866812	31	2.6	31	84	7	103	35	17	24	23	1.95
111873137--111873170	18	1.9	17	88	5	50	8	14	8	67	1.41
111874040--111874087	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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