genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  318  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99642552--99642628	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
99642546--99642632	20	4.3	20	97	0	165	35	12	19	32	1.89
99642687--99642874	24	8.0	24	88	4	258	29	22	20	27	1.99
99642687--99642874	47	4.0	47	88	4	263	29	22	20	27	1.99
99649609--99649651	22	2.0	22	81	9	52	41	11	18	27	1.85
99650151--99650313	39	4.2	39	91	0	254	22	19	33	24	1.97
99650151--99650344	39	4.9	39	87	0	244	22	21	32	23	1.98
99654627--99654699	28	2.6	28	80	12	78	21	19	24	34	1.96
99656245--99656316	28	2.6	28	79	0	81	23	22	27	26	1.99
99657650--99657812	39	4.2	39	86	0	218	27	27	20	24	1.99
99660958--99660996	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
99664644--99664744	27	3.7	27	89	0	139	29	22	7	39	1.83
99664723--99664914	27	7.2	27	82	6	149	41	21	6	30	1.79
99664624--99664772	54	2.8	54	73	0	145	33	20	7	38	1.81
99664737--99664917	54	3.4	54	80	7	174	41	20	7	29	1.79
99664791--99664940	80	1.9	81	81	4	187	40	20	10	29	1.86
99664907--99665120	27	7.9	27	85	3	288	35	17	21	25	1.95
99664907--99665117	54	3.9	54	95	1	372	35	17	22	25	1.95
99665324--99665393	25	2.8	25	84	0	86	28	25	20	25	1.99
99665349--99665400	25	2.1	25	89	3	79	34	21	17	26	1.95
99665349--99665406	24	2.4	25	78	16	68	32	20	20	25	1.97
99665613--99665693	31	2.6	31	92	0	135	32	19	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99666600--99666634	17	2.1	17	94	0	61	0	20	0	80	0.72
99666689--99666725	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
99666713--99666751	18	2.0	20	85	9	55	35	2	0	61	1.10
99672051--99672268	40	5.5	40	86	6	257	26	27	22	24	2.00
99680098--99680314	40	5.5	40	87	6	266	26	28	21	23	1.99
99680098--99680313	79	2.7	78	85	8	260	26	28	20	24	1.99
99686433--99686490	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
99690926--99691055	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
99690942--99691093	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
99690942--99691091	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
99695828--99695884	29	2.0	29	89	0	87	26	31	15	26	1.96
99695836--99695900	29	2.2	29	91	0	103	27	29	15	27	1.96
99702770--99702833	32	2.0	32	100	0	128	34	21	12	31	1.91
99702982--99703031	22	2.3	23	86	6	68	18	10	8	64	1.48
99705151--99705367	46	4.7	44	81	10	204	23	29	19	27	1.98
99705100--99705367	94	2.9	94	79	9	289	23	29	19	27	1.98
99708881--99709011	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
99708880--99709011	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
99716837--99716967	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
99716836--99716967	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
99721944--99722020	40	1.9	40	89	0	118	28	16	23	31	1.96
99730236--99730400	49	3.4	49	97	0	312	30	9	29	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99730382--99730427	23	2.1	22	92	8	76	39	8	17	34	1.80
99730406--99730561	47	3.3	46	89	3	222	30	8	32	28	1.87
99730334--99730470	72	1.9	72	95	2	251	32	8	27	31	1.87
99730285--99730506	119	1.9	121	97	1	421	31	8	27	31	1.87
99735587--99735754	40	4.2	40	82	9	209	23	22	27	26	1.99
99735587--99735754	80	2.1	79	87	4	239	23	22	27	26	1.99
99741394--99741747	178	2.0	178	93	0	600	30	13	24	31	1.94
99750312--99750898	48	12.2	48	96	0	1057	35	6	26	31	1.82
99753160--99753332	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
99753157--99753327	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
99756413--99756457	21	2.2	20	84	4	54	17	24	24	33	1.96
99776905--99777114	47	4.5	45	76	12	167	24	27	18	30	1.98
99776905--99777117	46	4.5	47	77	8	159	24	27	18	30	1.98
99784136--99784249	47	2.4	46	79	12	108	28	29	14	28	1.95
99784738--99784794	29	2.0	29	89	0	87	31	15	5	47	1.68
99785435--99785488	24	2.2	24	93	0	90	37	24	16	22	1.94
99785443--99785490	24	2.0	24	100	0	96	33	25	20	20	1.97
99788122--99788189	29	2.3	29	82	0	82	30	19	17	32	1.95
99789484--99789510	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
99795101--99795169	34	2.0	34	97	0	129	17	27	21	33	1.96
99805027--99805068	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
99807482--99807552	35	2.0	35	100	0	142	59	5	5	29	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99813113--99813310	38	5.2	38	87	2	238	21	22	26	29	1.99
99813303--99813431	45	2.9	45	88	3	190	21	23	28	26	1.99
99813303--99813474	89	1.9	88	81	8	206	23	23	29	24	1.99
99819259--99819300	20	2.1	20	95	0	75	30	16	11	40	1.85
99822367--99822480	39	2.9	39	92	1	174	22	21	31	24	1.98
99829810--99829932	43	2.9	42	74	13	115	26	28	17	27	1.98
99829935--99830085	58	2.8	58	81	13	180	29	29	17	23	1.97
99830056--99830117	30	2.1	30	87	3	90	25	32	17	24	1.97
99830008--99830163	77	2.0	78	88	1	233	27	30	17	23	1.97
99832054--99832097	23	1.9	23	86	9	63	25	4	4	65	1.30
99833253--99833298	19	2.3	20	92	7	85	56	0	19	23	1.42
99833930--99833993	18	3.5	19	69	16	53	32	0	1	65	1.02
99836539--99836839	150	2.0	150	96	0	557	30	23	18	28	1.97
99838779--99838864	41	2.1	40	83	12	104	36	6	9	47	1.63
99843816--99843866	25	2.0	25	100	0	102	17	11	15	54	1.70
99852313--99852346	18	1.9	18	88	5	52	8	20	0	70	1.13
99857607--99857724	48	2.6	46	86	8	152	25	18	32	23	1.97
99859008--99859060	21	2.5	21	100	0	106	15	33	22	28	1.94
99862979--99863061	40	2.1	40	100	0	166	32	28	12	26	1.92
99863072--99863252	95	1.9	96	88	3	276	23	28	19	27	1.99
99863032--99863268	50	4.8	50	81	8	272	23	29	18	28	1.98
99865249--99865323	37	2.0	38	92	2	125	29	21	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99868754--99868788	18	1.9	18	88	11	54	0	20	0	80	0.72
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99900668--99900731	26	2.5	26	84	0	83	32	7	25	34	1.84
99900892--99900939	8	5.6	9	75	24	50	43	0	0	56	0.99
99900892--99900950	19	3.1	19	90	7	84	44	0	0	55	0.99
99902815--99902975	26	6.7	24	63	24	63	56	16	3	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99902803--99902920	41	3.1	41	61	26	96	58	15	3	22	1.52
99902773--99903083	72	4.3	72	93	1	500	55	15	5	23	1.59
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99907211--99907268	24	2.4	24	80	11	64	63	0	0	36	0.94
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99908182--99908225	3	14.7	3	100	0	88	0	34	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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