genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19789909--19790200	149	2.0	148	90	2	458	32	21	16	28	1.96
19789904--19790201	75	3.9	76	81	9	351	33	21	16	28	1.95
19789909--19790200	150	2.0	149	91	2	478	32	21	16	28	1.96
19801307--19801341	16	2.2	16	90	5	54	71	14	0	14	1.15
19802808--19802872	25	2.5	26	85	5	87	52	4	7	35	1.51
19803170--19803213	2	23.0	2	86	9	65	50	0	2	47	1.13
19807610--19807825	46	4.6	45	78	12	179	23	26	21	29	1.99
19814949--19814995	22	2.1	22	84	11	60	61	4	10	23	1.46
19820341--19820864	267	2.0	267	96	0	976	35	21	14	28	1.93
19820831--19821057	46	4.8	46	77	9	185	23	27	20	27	1.99
19823644--19823797	76	2.0	76	89	0	236	25	13	28	32	1.94
19827382--19827422	13	3.2	13	85	0	55	46	7	34	12	1.69
19834837--19834924	44	2.0	44	97	0	167	53	6	23	15	1.66
19838055--19838228	57	3.1	57	79	4	192	25	20	16	37	1.93
19838046--19838287	114	2.1	113	81	7	276	25	20	16	36	1.94
19838126--19838267	28	5.0	29	72	13	123	23	23	15	37	1.93
19838073--19838316	57	4.3	57	77	5	208	24	20	17	37	1.94
19838046--19838316	114	2.4	114	80	6	275	25	20	17	36	1.94
19844123--19844162	21	1.9	21	84	0	53	30	7	25	37	1.83
19844670--19844739	28	2.5	29	81	11	83	22	14	37	25	1.92
19857439--19857507	36	2.0	33	83	8	84	21	24	21	31	1.98
19861515--19861724	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19869653--19869862	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
19877863--19877931	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
19879538--19879575	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
19886276--19886463	40	4.7	39	86	3	173	25	27	21	26	2.00
19886263--19886463	80	2.5	80	83	3	251	26	26	20	25	1.99
19894319--19894525	40	5.2	40	84	4	249	26	27	21	25	2.00
19894310--19894525	79	2.7	79	82	4	256	25	26	21	25	2.00
19896697--19896993	40	7.5	40	88	2	334	23	21	28	26	1.99
19898633--19898803	47	3.7	47	72	14	165	23	19	27	29	1.98
19898586--19898850	93	2.8	93	93	1	451	22	20	28	29	1.98
19898587--19898849	46	5.7	46	72	13	234	22	20	27	29	1.98
19911283--19911317	17	2.1	17	94	0	61	8	34	34	22	1.85
19914357--19914396	14	2.8	14	84	3	53	77	0	2	20	0.88
19915730--19915758	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19916004--19916062	23	2.6	23	83	0	73	35	5	5	54	1.45
19918173--19918262	24	3.7	24	76	2	81	27	16	27	27	1.97
19923735--19923828	30	3.1	31	72	6	95	27	14	28	28	1.96
19928643--19928675	14	2.4	14	94	0	57	48	18	0	33	1.48
19932791--19932911	46	2.6	46	96	0	215	28	28	22	19	1.98
19940274--19940445	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
19940267--19940442	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
19941762--19941810	24	2.0	24	100	0	98	20	24	8	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19944816--19944885	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
19944816--19944897	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
19948088--19948134	24	2.0	24	91	0	76	31	14	6	46	1.70
19949763--19949955	50	3.9	50	80	6	189	27	18	29	25	1.98
19949780--19949960	48	3.7	49	83	7	183	27	18	29	24	1.98
19951866--19951916	24	2.1	24	85	7	68	56	21	13	7	1.62
19952140--19952246	29	3.7	29	89	0	151	27	16	25	30	1.97
19952128--19952271	58	2.5	57	85	2	189	28	14	25	31	1.95
19957165--19957231	20	3.3	20	70	12	57	44	13	25	16	1.84
19957162--19957257	40	2.4	40	82	0	120	38	15	28	17	1.91
19957162--19957269	40	2.7	40	80	0	117	40	16	25	16	1.89
19960850--19961021	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
19960843--19961018	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
19964708--19964734	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19965098--19965151	27	2.0	27	96	0	99	31	24	14	29	1.95
19965991--19966044	27	2.0	27	100	0	108	18	14	18	48	1.82
19975312--19975353	21	2.0	21	85	0	57	21	19	35	23	1.96
19975329--19975434	41	2.6	41	87	0	149	32	14	31	22	1.93
19977047--19977159	48	2.4	48	93	0	190	23	19	31	25	1.98
19978446--19978575	48	2.7	48	87	2	199	25	18	28	27	1.98
19979402--19979431	14	2.1	14	100	0	60	33	0	0	66	0.92
19979737--19979762	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19982077--19982155	39	2.0	39	100	0	158	37	7	17	36	1.79
19982577--19982678	38	2.6	39	84	9	127	26	23	24	25	2.00
19982927--19982978	19	2.7	19	74	11	52	40	5	19	34	1.75
19983246--19983278	16	1.9	18	88	11	52	24	9	12	54	1.66
19983856--19984554	375	1.9	374	95	0	1254	42	10	16	30	1.81
19985762--19985886	48	2.6	48	85	0	187	24	18	29	28	1.98
19987039--19987064	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
19989806--19989831	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
19991350--19991474	48	2.6	48	83	0	169	24	17	29	28	1.97
19992785--19992909	48	2.6	48	84	0	169	24	19	30	26	1.98
19994530--19994601	37	1.9	37	91	0	117	23	33	20	22	1.97
19994743--19994839	48	2.0	47	92	2	158	31	26	6	35	1.81
19998512--19998641	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
19998512--19998678	40	4.2	40	77	6	151	23	26	23	25	2.00
20004748--20004801	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
20006283--20006392	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
20007199--20007445	40	6.2	39	84	5	250	23	23	27	26	2.00
20007239--20007422	79	2.3	80	88	0	262	23	23	27	26	2.00
20007239--20007445	79	2.6	78	82	6	254	23	23	26	26	2.00
20008856--20008900	19	2.3	19	88	7	63	48	8	0	42	1.34
20009030--20009080	26	2.0	26	84	0	66	70	5	9	13	1.32
20012995--20013136	67	2.1	67	94	2	250	26	12	13	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20086336--20086376	21	2.0	21	85	0	55	34	19	2	43	1.64
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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