genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.351.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  351  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109507419--109507489	20	3.5	20	92	0	115	35	9	21	33	1.86
109507535--109507698	23	7.0	24	90	4	246	28	23	21	26	1.99
109507537--109507698	47	3.4	47	93	1	263	27	23	22	26	1.99
109507536--109507710	24	7.4	24	90	3	234	29	22	22	25	1.99
109515556--109515588	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
109521633--109521762	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
109530132--109530337	79	2.6	80	80	6	220	25	22	26	25	2.00
109530131--109530337	40	5.2	40	81	4	197	25	22	26	25	2.00
109540970--109541177	40	5.2	39	82	3	209	25	22	26	25	2.00
109550417--109550584	40	4.2	39	87	4	212	26	27	21	24	1.99
109550417--109550584	80	2.1	80	86	6	234	26	27	21	24	1.99
109550541--109550766	124	1.8	125	84	0	310	33	24	10	31	1.90
109558030--109558194	40	4.1	39	82	10	192	26	26	21	25	2.00
109558043--109558194	80	1.9	80	89	2	234	24	26	23	25	2.00
109561110--109561166	18	3.1	18	73	12	53	33	0	43	22	1.54
109569754--109569787	18	1.9	18	88	5	52	50	5	8	35	1.58
109574624--109574693	9	6.9	11	70	18	62	35	12	20	31	1.90
109574624--109574706	20	4.2	20	92	0	130	38	13	18	30	1.88
109574760--109574877	23	5.0	24	88	9	163	27	20	22	28	1.99
109577042--109577113	28	2.5	28	86	10	94	26	27	15	30	1.96
109585049--109585119	27	2.5	28	88	8	101	26	28	14	30	1.95
109586505--109586537	16	2.0	17	88	5	50	6	12	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109587718--109587838	47	2.6	47	94	0	206	24	23	14	38	1.92
109593243--109593285	20	2.2	20	82	0	50	34	2	13	48	1.56
109595531--109595631	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
109603439--109603539	28	3.5	28	84	4	112	29	13	27	28	1.95
109605672--109605781	54	2.0	54	98	0	211	48	15	8	28	1.73
109607034--109607105	26	2.8	26	85	2	101	27	20	11	40	1.87
109607255--109607288	6	5.7	6	89	0	50	14	26	0	58	1.36
109608242--109608284	21	2.0	21	100	0	86	25	13	23	37	1.92
109611690--109611741	25	2.1	25	92	0	86	19	11	40	28	1.86
109618640--109618789	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
109618664--109618847	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
109622848--109623006	42	3.7	43	83	7	209	29	23	15	30	1.96
109629315--109629468	42	3.6	42	81	5	168	27	23	16	32	1.96
109631752--109631821	26	2.7	26	76	8	79	32	17	8	41	1.79
109632698--109632730	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
109633798--109633862	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
109633968--109634057	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
109633978--109634068	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
109633968--109634082	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
109639643--109639882	69	3.5	68	76	2	194	37	22	17	22	1.94
109641420--109641783	69	5.3	69	84	1	444	35	21	20	21	1.96
109644418--109644557	46	3.2	46	60	12	112	44	7	15	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109644348--109644606	86	3.0	86	97	0	473	45	8	14	31	1.74
109644533--109644575	21	2.0	22	81	4	52	53	2	18	25	1.56
109653924--109653971	24	2.0	24	100	0	96	25	12	8	54	1.65
109655895--109655949	22	2.5	21	77	8	65	41	0	14	43	1.45
109656028--109656060	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
109656876--109656905	4	7.8	4	92	7	53	26	0	0	73	0.84
109657327--109657351	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
109657356--109657394	11	3.5	11	92	0	51	12	2	33	51	1.54
109657938--109658218	44	6.4	44	66	11	137	20	22	19	37	1.95
109660995--109661073	41	1.9	41	100	0	158	27	30	20	21	1.98
109668761--109668795	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
109669056--109669110	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
109669187--109669222	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
109670083--109670132	23	2.2	23	82	7	57	46	2	20	32	1.62
109670508--109670532	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
109672683--109672713	16	1.9	16	93	0	53	58	3	3	35	1.31
109676219--109676310	28	3.3	28	84	0	121	23	15	33	27	1.95
109676219--109676327	28	3.9	28	81	1	119	27	14	33	24	1.95
109676627--109676913	27	10.7	27	82	1	317	39	21	9	29	1.85
109676868--109676937	27	2.6	27	88	0	95	41	20	12	25	1.88
109681165--109681233	34	2.0	34	88	0	102	37	8	17	36	1.81
109682516--109682679	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109682516--109682713	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
109690030--109690216	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
109690053--109690216	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
109690053--109690250	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
109693304--109693665	47	7.7	47	73	17	240	22	29	21	27	1.99
109693304--109693663	141	2.6	140	79	11	400	22	29	20	27	1.99
109693303--109693663	94	3.9	95	81	10	406	22	29	20	27	1.99
109701932--109701992	26	2.3	26	88	0	86	14	19	27	37	1.91
109709944--109709984	19	2.2	19	100	0	82	48	21	4	24	1.69
109709950--109709993	19	2.3	19	84	7	54	50	25	6	18	1.71
109711359--109711421	31	2.0	31	100	0	126	30	22	9	38	1.86
109719954--109719978	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
109726583--109726640	29	2.0	29	82	0	71	67	6	5	20	1.34
109727553--109727587	13	2.7	13	95	0	61	25	37	14	22	1.92
109737622--109737775	40	3.8	40	79	6	143	30	21	24	23	1.99
109745077--109745260	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
109754768--109754963	39	5.0	39	87	3	268	26	19	30	23	1.98
109754770--109754963	78	2.5	79	90	3	302	25	20	30	23	1.98
109757425--109757484	27	2.3	26	82	2	66	35	18	25	21	1.96
109770745--109770847	29	3.6	29	90	2	154	29	16	27	27	1.97
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109810958--109811076	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
109811268--109811331	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
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109819054--109819196	47	3.0	46	88	7	207	29	21	22	26	1.99
109819386--109819449	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
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109835356--109835536	27	6.9	27	78	7	176	24	21	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109835526--109835978	27	16.8	27	84	3	491	30	8	21	39	1.84
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109841614--109841846	76	3.0	76	91	5	342	23	20	31	24	1.98
109845570--109845661	27	3.4	27	80	3	105	23	17	19	39	1.92
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109853248--109853551	41	7.3	41	88	4	441	19	19	24	37	1.94
109853248--109853551	84	3.6	84	92	2	481	19	19	24	37	1.94
109853248--109853551	125	2.4	123	87	5	441	19	19	24	37	1.94
109867575--109867688	54	2.1	54	84	9	144	28	14	14	41	1.86
109867589--109867780	27	7.1	27	80	2	158	30	9	19	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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