genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  115  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33452659--33452696	17	2.2	17	100	0	76	50	10	10	28	1.70
33453046--33453176	49	2.6	50	84	4	176	26	30	16	25	1.97
33455515--33455740	46	4.9	45	95	1	353	23	23	13	39	1.90
33456429--33456516	44	2.0	44	93	0	149	29	26	14	29	1.95
33460754--33460974	47	4.7	46	77	9	182	29	18	28	23	1.97
33460751--33460974	93	2.4	93	75	8	224	29	17	28	24	1.97
33467029--33467078	23	2.2	23	100	0	100	36	8	20	36	1.82
33467828--33467877	25	2.1	25	82	14	61	40	4	10	46	1.56
33468036--33468144	43	2.6	42	88	2	173	29	16	25	28	1.97
33469869--33469998	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
33469869--33470032	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
33474186--33474220	10	3.7	10	85	14	56	51	0	22	25	1.48
33474186--33474220	18	1.9	18	100	0	70	51	0	22	25	1.48
33479424--33479468	23	2.0	23	82	8	56	26	0	22	51	1.49
33479592--33479799	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
33479594--33479799	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
33485493--33485641	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
33485534--33485641	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
33493612--33493754	40	3.6	39	81	7	139	24	28	23	23	1.99
33493647--33493793	40	3.8	38	80	3	143	23	27	23	26	2.00
33500728--33500855	40	3.2	39	79	6	132	25	25	23	25	2.00
33506063--33506190	51	2.7	46	87	9	172	21	16	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33514468--33514567	18	5.8	18	70	10	66	19	26	39	16	1.91
33515834--33515917	43	1.9	44	87	2	125	16	22	26	34	1.95
33517795--33517875	41	2.0	41	82	0	99	28	18	19	33	1.96
33517850--33517976	34	3.8	33	86	3	173	32	21	24	22	1.98
33517850--33517976	67	1.9	67	86	0	182	32	21	24	22	1.98
33525057--33525171	34	3.4	34	86	0	167	31	23	26	18	1.97
33527850--33527915	11	5.9	10	72	20	51	57	0	19	22	1.41
33527850--33527915	6	11.8	5	77	16	51	57	0	19	22	1.41
33527849--33527882	17	2.0	17	88	11	52	55	0	17	26	1.42
33528581--33528620	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
33530772--33530883	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
33530772--33530883	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
33532299--33532369	24	3.0	24	93	0	115	26	38	1	33	1.65
33532769--33532804	19	1.9	19	88	5	56	30	25	19	25	1.98
33537963--33538044	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
33553207--33553239	8	4.1	8	92	0	57	27	15	33	24	1.95
33554419--33554495	39	2.0	39	92	0	127	51	18	7	22	1.71
33556344--33556384	22	1.9	21	85	5	55	68	9	19	2	1.29
33557496--33557522	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
33558946--33559011	33	2.0	33	100	0	132	48	9	15	27	1.74
33559269--33559478	46	4.5	48	80	12	174	23	29	18	28	1.98
33559264--33559474	93	2.3	93	77	10	207	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33565560--33565620	30	2.0	30	96	0	113	39	14	6	39	1.72
33566919--33567092	47	3.7	47	75	14	171	24	29	16	28	1.97
33566919--33567091	94	1.8	94	82	8	226	24	30	16	28	1.96
33568886--33568949	31	2.1	31	90	0	101	34	14	14	37	1.86
33569852--33569884	12	2.6	13	85	9	50	45	0	0	54	0.99
33575180--33575242	27	2.3	27	78	8	65	46	3	0	50	1.17
33581129--33581171	23	1.9	23	85	4	61	67	4	0	27	1.10
33581444--33581490	10	4.6	10	78	10	51	65	2	2	29	1.15
33587990--33588050	30	2.0	30	83	0	77	39	4	22	32	1.76
33588889--33588971	42	2.0	42	95	0	148	33	12	26	27	1.92
33588933--33589099	55	3.1	55	79	5	180	35	15	26	22	1.94
33591941--33592058	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33591909--33592214	71	4.3	71	99	0	603	35	17	27	19	1.94
33599583--33599780	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
33599649--33599766	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33599617--33599780	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33626743--33626776	13	2.6	13	100	0	68	44	23	5	26	1.76
33626931--33626958	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33630747--33630799	21	2.5	21	84	0	70	33	9	13	43	1.76
33631491--33631557	32	2.1	33	83	8	84	59	1	0	38	1.06
33634681--33634901	40	5.7	40	86	9	305	24	22	27	25	2.00
33644917--33645138	40	5.6	39	83	9	265	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33654460--33654489	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
33656523--33656556	17	2.1	17	88	5	52	8	0	17	73	1.08
33658656--33658703	24	2.0	24	100	0	96	37	16	16	29	1.91
33660011--33660051	21	2.0	21	85	9	57	34	4	17	43	1.70
33661851--33661915	22	3.0	22	95	0	112	20	33	32	13	1.91
33662643--33662692	25	2.0	25	96	0	91	22	20	26	32	1.98
33663403--33663453	25	2.0	25	92	0	84	25	29	5	39	1.79
33665509--33665547	20	2.0	20	94	0	69	38	7	2	51	1.44
33678259--33678343	24	3.5	24	93	0	152	37	24	16	21	1.93
33689215--33689295	42	1.9	42	100	0	162	43	16	9	30	1.80
33694476--33694513	19	2.1	19	85	5	51	26	13	5	55	1.59
33707233--33707307	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
33707291--33707364	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
33715104--33715178	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
33715162--33715235	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
33719934--33720022	34	2.6	34	77	10	90	20	24	24	30	1.99
33723585--33723799	40	5.4	40	85	2	254	26	26	21	25	1.99
33727212--33727395	49	3.8	49	79	2	201	30	19	26	23	1.98
33728724--33728764	21	2.0	21	90	0	64	12	29	24	34	1.91
33738169--33738206	19	2.0	20	84	5	51	47	5	10	36	1.61
33738642--33738763	46	2.7	44	83	10	140	29	18	27	23	1.98
33742614--33742726	37	3.1	37	89	0	172	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33742889--33743168	47	6.0	47	92	0	434	26	28	12	32	1.93
33742925--33743000	23	3.2	25	63	24	63	22	34	14	28	1.93
33745096--33745165	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
33745096--33745177	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
33747546--33747573	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
33750995--33751453	47	9.8	47	90	0	679	32	9	29	27	1.89
33754073--33754106	16	2.0	17	88	11	52	47	5	5	41	1.52
33755073--33755098	12	2.2	12	100	0	52	50	34	0	15	1.45
33768235--33768335	28	3.5	29	87	6	125	28	26	13	30	1.94
33772830--33772930	28	3.5	29	87	6	125	28	26	13	30	1.94
33777422--33777522	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
33792911--33793042	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
33800565--33800714	40	3.8	40	80	5	155	22	27	24	26	1.99
33808521--33808687	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
33812128--33812154	7	3.9	7	100	0	54	14	11	0	74	1.08
33813814--33813884	26	2.7	26	79	10	65	21	26	16	35	1.95
33813873--33813928	25	2.3	24	81	9	69	23	23	19	33	1.97
33813970--33814024	25	2.3	24	87	6	76	18	32	20	29	1.96
33813979--33814026	25	1.9	25	95	0	87	18	29	20	31	1.97
33818418--33818507	34	2.6	35	82	8	114	27	24	27	20	1.99
33831089--33831239	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
33831126--33831255	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33839105--33839255	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
33839107--33839255	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
33839105--33839271	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
33841032--33841164	55	2.4	54	77	1	140	36	19	23	20	1.95
33841982--33842015	16	2.1	16	100	0	68	32	11	17	38	1.86
33848499--33848700	53	3.8	53	78	2	208	37	18	22	20	1.94
33849969--33850030	27	2.3	27	88	0	88	30	12	14	41	1.83
33853873--33854011	48	2.9	48	84	3	174	31	15	23	30	1.95
33853975--33854051	38	2.0	38	84	0	100	31	15	25	27	1.96
33857298--33857334	16	2.2	17	90	4	58	45	8	32	13	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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