genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  181  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55825953--55826189	51	4.6	51	79	4	165	25	15	25	32	1.95
55829363--55829545	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
55829402--55829590	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
55831056--55831086	15	2.1	15	93	0	53	22	22	19	35	1.96
55835031--55835069	21	1.9	20	89	5	60	20	33	35	10	1.86
55836536--55836636	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
55836624--55836754	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
55844463--55844563	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
55844551--55844681	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
55847310--55847438	47	2.7	47	82	7	143	24	28	19	27	1.99
55847453--55847622	46	3.7	45	75	7	155	24	28	17	28	1.97
55851774--55851901	44	2.9	44	83	8	145	32	30	17	19	1.95
55853910--55854007	26	3.8	26	87	1	144	28	23	21	26	1.99
55853910--55854007	52	1.9	51	93	2	169	28	23	21	26	1.99
55854057--55854123	20	3.3	20	89	4	100	31	20	10	37	1.87
55854143--55854192	25	2.0	25	88	0	73	28	14	22	36	1.92
55858423--55858620	24	8.2	24	95	0	360	36	24	18	20	1.95
55858423--55858699	48	5.6	48	90	8	446	36	24	18	20	1.95
55858429--55858699	72	3.6	72	87	9	425	35	25	18	21	1.95
55858587--55858653	34	2.0	34	96	0	125	32	23	19	23	1.97
55858563--55858678	58	2.0	58	100	0	232	34	24	18	22	1.96
55858539--55858699	82	2.0	82	96	0	295	34	24	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55858621--55858699	24	3.3	24	96	0	149	35	25	17	21	1.95
55862831--55862900	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55862831--55862912	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
55870755--55870824	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55870755--55870836	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
55876440--55876537	26	3.8	26	91	1	153	29	23	20	26	1.99
55876440--55876537	52	1.9	51	93	2	169	29	23	20	26	1.99
55876524--55876677	77	2.0	77	100	0	308	29	29	9	31	1.88
55876664--55876730	20	3.3	20	85	4	82	29	22	13	34	1.92
55881261--55881368	27	4.0	28	81	3	105	36	19	23	21	1.95
55882591--55882630	19	2.0	20	85	4	55	72	0	25	2	0.97
55889125--55889238	27	4.2	28	90	7	175	35	19	25	20	1.96
55889125--55889238	55	2.1	53	87	9	169	35	19	25	20	1.96
55892513--55892550	20	1.9	20	94	0	67	21	18	28	31	1.97
55896451--55896554	42	2.5	42	98	0	199	30	13	32	23	1.93
55896563--55896632	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55904435--55904541	42	2.5	42	96	0	196	29	13	33	23	1.92
55904550--55904619	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
55918677--55918859	40	4.6	40	79	6	176	24	24	27	24	2.00
55918677--55918861	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
55922279--55922322	22	2.0	22	86	8	63	2	15	20	61	1.45
55923436--55923483	25	1.9	25	86	0	69	33	20	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55923509--55923585	20	4.0	20	83	6	88	38	9	20	31	1.84
55923635--55923744	26	4.3	26	89	6	156	30	18	22	29	1.97
55931792--55931976	40	4.6	40	82	3	237	23	27	23	24	2.00
55931756--55931976	121	1.8	118	85	4	309	24	26	23	25	2.00
55934802--55934849	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
55934877--55934955	20	4.2	19	81	12	83	37	8	18	34	1.82
55935000--55935072	25	3.0	24	84	11	87	28	23	21	26	1.99
55945691--55945755	28	2.3	28	86	0	94	35	9	24	30	1.87
55945830--55945984	39	4.0	39	84	5	197	20	21	27	30	1.98
55945830--55945984	78	2.0	78	87	5	224	20	21	27	30	1.98
55945969--55946161	39	4.9	39	91	2	280	20	22	29	28	1.98
55945911--55946155	117	2.1	117	78	8	257	21	22	28	28	1.99
55953026--55953143	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55952994--55953157	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55959158--55959275	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55959126--55959289	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55962536--55962684	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55962577--55962684	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55970546--55970694	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55970587--55970694	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55974698--55974774	31	2.5	31	95	0	145	19	33	29	16	1.94
55979702--55979808	39	2.7	39	83	2	142	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55979708--55979846	40	3.5	40	86	2	174	23	20	30	25	1.99
55979708--55979872	79	2.1	79	80	6	183	24	20	28	26	1.99
55988139--55988255	49	2.4	48	76	10	114	29	19	24	26	1.99
55992111--55992296	40	4.7	40	86	5	166	25	22	26	25	2.00
55992111--55992296	80	2.3	82	82	10	233	25	22	26	25	2.00
55992111--55992319	80	2.6	80	78	13	227	26	22	25	25	2.00
56000035--56000218	40	4.6	39	84	7	194	26	22	26	25	2.00
56006139--56006327	40	4.7	40	86	3	220	23	28	22	25	2.00
56006174--56006325	81	1.9	81	87	2	225	25	28	21	24	1.99
56013962--56014189	40	5.7	40	88	2	217	24	26	22	26	2.00
56014002--56014189	80	2.3	80	89	1	297	25	27	22	24	2.00
56018447--56018554	48	2.2	48	91	0	171	34	25	5	34	1.80
56023234--56023324	45	2.0	45	86	0	128	27	13	23	36	1.92
56033362--56033495	51	2.9	43	79	8	106	23	17	29	29	1.97
56036849--56036971	51	2.4	51	77	12	128	29	14	27	28	1.95
56040143--56040448	45	7.0	45	80	4	274	26	17	25	30	1.97
56040296--56040376	41	2.0	41	90	0	126	28	19	19	32	1.97
56042712--56042885	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
56042720--56042890	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
56045236--56045324	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
56045236--56045315	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
56045247--56045324	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56048264--56048437	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
56048272--56048442	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
56054376--56054558	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
56054415--56054603	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56061580--56061763	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
56061620--56061808	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56063747--56063835	30	3.0	30	76	11	85	56	15	16	11	1.67
56063747--56063826	15	5.4	15	75	7	74	57	13	17	11	1.65
56063758--56063835	15	5.2	15	72	9	61	55	15	16	12	1.70
56066789--56066959	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
56066781--56066956	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
56074888--56075146	45	6.0	45	81	8	245	24	16	25	32	1.96
56087084--56087157	25	3.0	25	80	7	71	28	14	27	29	1.95
56088974--56089011	19	2.1	19	85	5	51	5	13	0	81	0.85
56101043--56101443	196	2.0	196	88	0	606	29	26	27	16	1.97
56101719--56101782	15	4.4	14	74	21	60	1	29	1	67	1.09
56101719--56101766	25	1.9	25	87	8	71	2	27	2	68	1.11
56101741--56101782	19	2.2	19	91	8	68	0	30	2	66	1.04
56103601--56103651	6	8.5	6	93	0	84	15	3	0	80	0.86
56103600--56103666	12	5.8	11	86	11	64	16	5	0	77	0.95
56105866--56105935	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
56105866--56105947	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56113942--56114011	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
56113942--56114023	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
56116323--56116348	9	2.9	9	100	0	52	23	0	34	42	1.54
56121462--56121711	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
56128724--56128973	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
56129921--56129946	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
56133612--56133733	59	2.1	59	98	0	235	41	17	10	30	1.83
56134031--56134061	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
56140241--56140351	27	4.1	27	82	5	127	36	21	22	19	1.96
56140245--56140349	55	1.9	54	84	5	140	36	20	22	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438