genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.328.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  328  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102839657--102839804	45	3.4	44	82	4	156	34	21	14	29	1.93
102842694--102842864	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
102847556--102847585	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
102848983--102849170	40	4.7	39	89	3	191	25	27	22	25	2.00
102848954--102849170	80	2.7	80	82	3	249	26	26	21	25	1.99
102851821--102851987	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
102861935--102862003	27	2.6	27	93	4	113	44	26	10	18	1.81
102869931--102870138	40	5.2	40	83	2	240	26	26	21	25	1.99
102875961--102876059	49	2.0	49	98	0	189	37	22	9	31	1.85
102876438--102876522	26	3.4	24	76	13	66	41	21	23	14	1.89
102878436--102878553	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
102878404--102878567	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
102882882--102883011	47	2.8	47	86	0	170	24	15	26	33	1.95
102883211--102883289	40	2.0	40	100	0	158	31	0	25	43	1.55
102883948--102884108	79	2.0	79	87	0	232	22	23	25	27	2.00
102884532--102884643	56	2.0	56	98	0	215	31	8	20	39	1.83
102886842--102886870	15	1.9	15	100	0	58	24	20	34	20	1.97
102886852--102886929	29	2.7	29	86	7	106	25	16	33	24	1.96
102892160--102892201	22	1.9	22	90	0	66	40	2	4	52	1.35
102892161--102892203	10	4.1	10	82	11	50	37	2	4	55	1.33
102892340--102892384	22	2.0	22	83	8	56	42	4	0	53	1.21
102892399--102892439	20	2.0	20	100	0	82	51	0	4	43	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102892395--102892434	11	3.9	11	78	15	50	47	0	2	50	1.14
102900751--102900962	106	2.0	106	98	0	406	27	18	29	24	1.98
102902702--102902810	54	2.0	54	85	3	148	33	22	15	29	1.95
102902702--102902810	27	4.0	27	70	13	80	33	22	15	29	1.95
102902794--102902845	27	1.9	27	96	0	95	32	19	19	28	1.96
102902802--102902879	27	2.9	26	84	3	84	34	20	20	24	1.96
102903016--102903100	27	3.2	27	81	1	100	21	22	21	35	1.96
102903917--102904137	96	2.3	96	81	6	243	25	16	29	28	1.97
102903917--102904104	48	3.9	48	86	2	216	25	16	29	28	1.97
102907842--102907874	15	2.2	15	100	0	66	6	12	24	57	1.57
102910658--102911054	218	1.9	206	88	7	589	16	5	21	56	1.59
102911316--102911341	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
102911818--102911887	36	1.9	36	100	0	140	45	5	15	32	1.70
102912244--102912510	48	5.5	48	84	4	315	25	17	29	26	1.97
102912246--102912510	144	1.8	144	84	4	363	25	17	30	26	1.97
102915038--102915116	6	12.8	6	72	15	63	50	15	16	17	1.78
102915040--102915116	31	2.5	31	86	0	109	50	15	15	18	1.78
102915333--102915383	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
102915620--102915949	27	12.2	27	85	1	392	41	7	20	30	1.80
102915620--102915949	81	4.1	81	90	0	471	41	7	20	30	1.80
102915970--102916095	27	4.7	27	77	10	89	29	9	21	39	1.85
102915946--102916095	54	2.8	54	79	5	169	28	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102929372--102929499	40	3.2	40	89	2	193	31	21	21	25	1.98
102929372--102929503	42	3.2	42	88	4	205	31	21	21	25	1.98
102936092--102936125	17	2.0	17	100	0	68	29	0	17	52	1.45
102936820--102936914	50	1.9	50	86	0	136	35	12	22	29	1.91
102937454--102937506	27	2.0	27	100	0	106	30	18	32	18	1.96
102941291--102941367	33	2.3	33	78	10	86	15	22	16	45	1.85
102942260--102942297	20	1.9	20	100	0	76	34	2	10	52	1.50
102944443--102944703	46	5.7	46	90	0	389	40	13	22	23	1.89
102950259--102950326	34	2.0	34	100	0	136	23	20	11	44	1.84
102951718--102952005	27	10.7	27	74	8	212	40	19	13	26	1.89
102951710--102952003	81	3.7	81	81	5	332	40	19	13	26	1.89
102951708--102952005	54	5.6	54	75	7	277	40	19	13	26	1.89
102951994--102952243	27	9.3	27	82	6	301	21	15	20	43	1.88
102951996--102952243	134	1.9	134	88	3	383	20	15	20	43	1.88
102951996--102952224	107	2.1	107	84	5	302	21	15	19	43	1.87
102958905--102958997	24	3.9	24	92	0	141	37	4	36	21	1.73
102960626--102960700	33	2.2	35	81	9	93	30	17	24	28	1.97
102960622--102960712	32	2.8	31	74	15	85	26	18	26	28	1.98
102962258--102962299	21	2.0	21	95	0	75	23	16	28	30	1.96
102966897--102967028	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
102974780--102974911	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
102977478--102977575	24	4.0	24	89	1	142	37	5	36	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102980088--102980466	27	14.0	27	84	0	416	39	18	15	26	1.90
102980086--102980466	81	4.7	81	86	0	476	39	18	14	26	1.90
102980456--102980732	27	10.3	27	86	1	369	18	16	22	42	1.88
102980456--102980732	107	2.6	108	86	2	380	18	16	22	42	1.88
102982072--102982130	30	2.0	30	89	0	91	28	23	25	22	1.99
102983480--102983524	19	2.2	20	80	11	56	44	0	20	35	1.51
102983844--102983887	15	2.9	15	89	3	70	31	2	20	45	1.64
102985681--102985750	36	1.9	36	88	0	104	15	44	15	24	1.86
102985871--102985931	5	12.4	5	86	10	90	22	0	0	77	0.78
102986756--102986800	24	1.9	23	82	13	56	8	8	8	73	1.26
102989581--102989812	49	4.7	49	86	3	338	28	27	18	25	1.98
102989581--102989812	100	2.3	98	88	2	347	28	27	18	25	1.98
102990459--102990518	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
102994052--102994235	40	4.6	40	93	2	309	26	27	22	23	2.00
102994052--102994235	79	2.3	80	93	2	309	26	27	22	23	2.00
102998181--102998285	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
103002947--103002979	17	1.9	17	93	0	57	54	0	6	39	1.25
103004294--103004402	24	4.5	24	83	4	121	20	13	33	33	1.92
103009451--103009482	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
103009451--103009481	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
103010249--103010324	23	3.0	24	74	18	82	28	18	14	38	1.90
103012514--103012645	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103016362--103016493	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
103024295--103024455	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
103028565--103028696	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
103032890--103033154	45	5.9	45	88	3	342	26	27	21	23	1.99
103032859--103033154	45	6.7	46	85	6	323	26	27	21	24	1.99
103037432--103038274	329	2.6	329	96	0	1515	41	10	12	35	1.76
103038247--103038302	28	2.0	28	100	0	112	39	10	7	42	1.67
103040389--103040416	4	7.0	4	100	0	56	75	25	0	0	0.81
103042005--103042273	31	8.7	31	90	4	377	27	17	27	26	1.98
103042222--103042317	29	3.3	29	92	0	147	33	11	29	26	1.91
103042294--103042398	32	3.2	32	84	9	97	29	12	21	36	1.90
103042310--103042468	32	4.9	32	87	3	167	33	10	22	33	1.88
103045213--103045308	17	5.3	17	70	14	75	31	3	14	51	1.58
103045225--103045316	17	5.0	18	70	15	80	31	4	15	48	1.64
103045203--103045353	37	4.1	37	92	0	241	31	6	14	47	1.70
103045353--103045426	9	8.5	8	77	14	60	28	10	20	40	1.86
103045356--103045407	25	2.0	26	88	3	79	28	11	23	36	1.90
103056082--103056208	42	3.0	42	80	6	157	31	14	24	29	1.95
103064697--103064911	40	5.4	41	83	2	134	25	23	26	23	2.00
103064688--103064938	80	3.2	78	81	5	272	25	23	26	24	2.00
103064688--103064911	120	1.9	120	83	7	294	25	23	27	23	2.00
103066339--103066377	16	2.4	16	86	0	51	56	23	12	7	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103068571--103068624	26	2.1	26	86	6	74	40	20	24	14	1.90
103070689--103070913	40	5.6	40	83	3	265	23	26	24	25	2.00
103070689--103070913	120	1.9	121	83	6	296	23	26	24	25	2.00
103089167--103089200	17	1.9	18	88	5	52	38	17	11	32	1.86
103092622--103092646	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
103093361--103093680	47	6.8	46	76	11	249	26	19	30	23	1.98
103093361--103093680	94	3.4	93	80	9	321	26	19	30	23	1.98
103093548--103093677	49	2.7	49	84	5	158	28	18	29	23	1.98
103099358--103099430	28	2.6	28	77	0	74	39	8	23	28	1.83
103099503--103099700	39	5.1	39	89	6	260	16	22	31	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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