genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  208  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64398620--64398786	40	4.2	40	77	5	151	23	27	23	25	2.00
64402563--64402605	18	2.4	18	84	0	59	41	23	9	25	1.84
64407618--64407669	26	2.0	26	92	0	86	34	7	23	34	1.83
64411982--64412191	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
64420117--64420326	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
64421973--64422015	21	2.0	21	95	0	77	58	25	4	11	1.52
64427878--64427914	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
64430162--64430221	26	2.3	26	91	2	95	40	11	20	28	1.87
64440786--64441028	24	10.1	24	97	0	423	20	18	25	36	1.95
64448796--64449038	24	10.1	24	97	0	423	20	18	25	36	1.95
64451776--64451947	47	3.7	45	76	11	129	27	19	29	23	1.98
64451831--64451947	46	2.5	47	79	10	134	26	17	32	23	1.97
64453469--64453711	24	10.1	24	97	0	423	20	18	25	36	1.95
64456448--64456619	47	3.7	45	76	11	129	27	19	29	23	1.98
64456503--64456619	46	2.5	47	79	10	134	26	17	32	23	1.97
64460052--64460089	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
64467398--64467435	20	1.9	20	88	0	58	52	13	2	31	1.54
64470351--64470572	46	4.8	46	74	8	173	28	21	28	22	1.99
64477123--64477216	38	2.5	38	87	3	136	18	17	26	38	1.92
64477672--64477701	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
64479489--64479600	39	2.9	39	87	0	161	49	19	3	27	1.65
64481278--64481341	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64481534--64481675	24	6.0	24	86	5	200	26	21	22	28	1.99
64481533--64481676	47	3.0	47	89	4	218	26	21	22	29	1.99
64481555--64481674	23	5.1	23	89	3	186	27	20	22	29	1.99
64481734--64481790	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
64481730--64481792	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
64481829--64481876	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
64483033--64483116	27	3.1	27	89	3	116	21	25	21	32	1.98
64483033--64483126	27	3.5	26	85	7	109	21	24	19	35	1.96
64483155--64483407	27	9.3	27	77	4	150	30	9	20	39	1.85
64483175--64483344	54	3.1	54	80	5	166	32	10	18	38	1.85
64483386--64483650	27	9.8	27	86	4	338	40	8	22	28	1.83
64483266--64483418	81	1.9	81	84	2	209	30	7	22	39	1.81
64483386--64483650	54	4.9	54	89	0	379	40	8	22	28	1.83
64483656--64483712	27	2.1	27	93	0	96	33	10	19	36	1.86
64483971--64484019	11	4.7	11	75	14	50	34	8	18	38	1.80
64483971--64484019	20	2.4	21	89	3	73	34	8	18	38	1.80
64484067--64484136	25	2.8	25	93	0	113	25	22	22	28	1.99
64484066--64484149	25	3.4	25	82	12	86	28	21	22	27	1.99
64484383--64484447	31	2.1	32	88	5	98	29	15	24	30	1.96
64491896--64491933	11	3.6	11	79	13	53	36	7	18	36	1.80
64491886--64491933	20	2.3	21	89	3	71	35	8	18	37	1.81
64491980--64492050	25	2.9	25	89	2	108	26	25	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64491980--64492077	25	4.0	24	79	13	85	28	23	21	26	1.99
64492297--64492361	31	2.1	32	88	5	98	29	13	26	30	1.94
64494817--64494999	9	21.0	9	71	13	91	48	17	2	31	1.59
64494826--64494999	52	3.2	52	79	15	197	48	17	2	31	1.59
64494816--64494968	61	2.5	60	94	2	263	49	17	1	31	1.58
64494818--64494995	61	3.1	59	78	17	185	49	16	2	31	1.58
64500537--64500604	26	2.5	28	86	11	106	30	26	14	27	1.95
64508340--64508409	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
64510710--64510738	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
64511180--64511241	21	3.0	21	80	0	79	32	11	48	8	1.68
64511571--64511663	43	2.2	43	80	3	107	38	25	13	21	1.91
64511648--64511765	43	2.7	44	86	3	168	32	20	22	24	1.98
64515648--64515739	33	2.8	33	94	0	166	39	19	5	35	1.75
64515634--64515752	33	3.6	33	87	2	141	41	18	5	35	1.72
64526434--64526636	47	4.3	47	91	0	325	28	30	9	32	1.89
64526434--64526636	94	2.2	94	98	0	388	28	30	9	32	1.89
64542951--64542992	21	2.0	21	85	0	57	28	23	14	33	1.94
64546138--64546212	22	3.5	22	66	20	59	38	30	9	21	1.85
64546130--64546215	42	2.0	42	88	0	127	39	30	8	22	1.83
64548906--64549488	49	11.9	49	89	5	860	34	9	27	28	1.88
64548905--64549488	96	6.0	95	89	6	875	34	9	27	28	1.88
64549314--64549427	57	2.0	57	96	0	210	32	10	29	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64549265--64549476	106	2.0	105	90	3	336	32	9	29	28	1.89
64548908--64549534	143	4.2	148	89	6	835	34	9	27	28	1.88
64549480--64549631	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
64549671--64549798	37	3.4	37	96	1	229	23	17	32	25	1.97
64552419--64552495	37	2.1	37	97	0	145	45	12	11	29	1.78
64555738--64555826	35	2.5	36	87	5	112	26	22	21	29	1.99
64555748--64555826	35	2.3	35	90	0	122	25	21	21	31	1.98
64567813--64567842	11	2.7	11	94	0	51	23	0	6	70	1.11
64577659--64577793	69	2.0	69	95	0	243	28	31	12	27	1.93
64580807--64580893	45	1.9	45	83	4	113	26	21	12	39	1.89
64588207--64588241	5	6.6	5	87	12	52	82	0	0	17	0.66
64588578--64588651	29	2.6	29	95	0	130	32	27	13	27	1.94
64591544--64591613	28	2.5	29	93	4	117	44	27	10	18	1.81
64596105--64596268	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
64596105--64596282	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
64598197--64599177	489	2.0	489	98	0	1881	29	22	17	30	1.97
64599399--64599442	5	9.6	5	80	14	51	84	0	0	15	0.63
64599404--64599442	13	3.1	13	89	10	55	84	0	0	15	0.62
64601119--64601290	46	3.8	45	77	4	157	36	18	18	26	1.94
64601036--64601281	92	2.7	92	78	2	233	34	18	19	27	1.96
64610878--64610929	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
64611639--64611667	11	2.7	11	94	5	51	27	31	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64613539--64613710	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
64613532--64613707	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
64614127--64614183	30	1.9	30	85	0	78	29	26	8	35	1.87
64615845--64615888	15	2.8	16	77	19	56	4	25	0	70	1.06
64617172--64617301	65	2.0	64	93	1	224	25	14	16	43	1.86
64620506--64620546	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
64636554--64636662	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
64636809--64637163	48	7.2	48	89	5	505	32	25	5	36	1.80
64636812--64637163	100	3.6	98	87	6	530	32	25	5	36	1.80
64636809--64637161	152	2.4	149	91	3	552	32	25	5	36	1.80
64638527--64638734	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
64638527--64638733	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
64646570--64646777	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
64646570--64646776	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
64648446--64648641	48	4.1	48	94	0	338	32	25	6	36	1.80
64662434--64662557	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
64666211--64666380	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
64673738--64673819	40	2.0	41	97	2	157	28	17	23	31	1.96
64674345--64674514	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
64682170--64682334	46	3.6	45	77	11	147	23	29	20	27	1.98
64682210--64682335	47	2.7	46	83	7	146	24	28	19	27	1.98
64690508--64690635	47	2.7	48	86	4	172	34	28	13	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64694121--64694333	40	5.3	40	89	0	282	28	22	25	23	2.00
64694117--64694359	80	3.0	80	84	1	218	27	23	26	22	2.00
64702230--64702408	40	4.4	40	88	0	223	26	22	26	24	2.00
64702271--64702434	80	2.0	80	79	0	175	26	23	26	23	2.00
64705616--64705769	42	3.7	41	79	6	166	29	24	14	31	1.94
64722195--64722350	42	3.7	42	85	1	213	28	24	15	32	1.95
64735101--64735159	26	2.2	27	87	3	84	23	23	13	38	1.91
64735101--64735172	27	2.7	26	84	2	72	25	25	12	37	1.91
64741261--64741603	40	8.6	39	83	3	393	26	19	26	27	1.99
64741261--64741603	79	4.3	78	79	6	361	26	19	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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