genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.389.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  389  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121274187--121274288	33	3.1	32	77	5	96	51	14	14	18	1.76
121276222--121276255	17	2.1	15	89	10	50	67	2	0	29	1.05
121280000--121280257	55	4.9	54	80	9	237	34	18	25	20	1.96
121280008--121280208	108	1.8	110	88	4	309	33	19	25	21	1.97
121280447--121280477	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
121283608--121283720	42	2.5	44	81	8	131	36	24	14	24	1.93
121284270--121284309	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
121291006--121291175	45	3.9	44	73	14	147	24	18	28	28	1.98
121291016--121291143	41	3.0	41	80	13	134	23	18	28	29	1.98
121291344--121291382	19	2.0	20	90	5	62	51	0	15	33	1.44
121293371--121293423	27	2.0	27	100	0	106	26	28	15	30	1.96
121298099--121298140	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
121299738--121299797	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
121304389--121304581	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
121304419--121304581	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
121312375--121312559	39	4.7	40	88	0	205	23	31	21	23	1.98
121312405--121312567	39	4.2	39	91	0	254	24	32	19	23	1.98
121314053--121314121	34	2.1	34	91	5	115	28	28	8	33	1.87
121327933--121328118	40	4.7	40	97	0	354	26	23	29	20	1.99
121327933--121328182	120	2.1	120	87	1	358	26	23	28	21	1.99
121329557--121329596	10	4.0	10	87	12	64	30	27	2	40	1.70
121329791--121329917	45	2.9	45	86	8	156	23	29	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121330282--121330322	16	2.6	16	92	0	73	26	26	34	12	1.92
121330247--121330359	59	1.9	59	92	0	190	26	31	27	14	1.94
121330304--121330417	43	2.7	43	88	0	174	29	29	25	14	1.95
121330410--121330493	38	2.2	38	89	0	123	32	23	20	23	1.98
121339568--121339602	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
121344941--121345004	31	2.1	31	93	0	110	21	21	17	39	1.93
121345196--121345291	24	4.0	24	90	4	140	26	21	22	29	1.99
121345342--121345401	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
121345444--121345491	25	1.9	25	86	0	69	25	16	27	31	1.97
121352796--121352959	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
121352796--121352993	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
121360373--121360536	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
121360373--121360570	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
121363349--121363412	31	2.1	31	93	0	110	21	21	17	39	1.93
121363604--121363723	24	5.0	24	92	3	188	25	21	23	29	1.99
121363774--121363833	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
121363876--121363923	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
121367813--121367941	64	2.0	63	90	1	204	32	17	15	34	1.91
121368162--121368532	88	4.2	88	83	1	442	30	20	26	22	1.98
121368325--121368468	44	3.3	43	70	13	132	31	22	25	20	1.98
121369679--121369725	22	2.2	21	85	11	60	17	12	6	63	1.48
121370682--121370712	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121373411--121373530	42	2.9	41	75	12	118	28	19	27	25	1.98
121373417--121373573	85	1.8	85	82	8	203	28	20	26	25	1.99
121376467--121376506	19	2.1	19	85	0	53	45	10	7	37	1.66
121385602--121385643	19	2.2	20	95	4	77	23	21	9	45	1.81
121386541--121386587	24	2.0	23	91	4	76	70	2	21	6	1.20
121386555--121386593	17	2.2	18	86	4	53	74	0	15	10	1.07
121389725--121389755	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
121389890--121389921	17	1.9	16	93	6	55	53	3	0	43	1.16
121389872--121389975	44	2.3	43	77	4	109	50	1	10	37	1.48
121404875--121404977	42	2.4	42	82	7	120	25	24	22	28	1.99
121405440--121405535	48	2.0	48	97	0	183	29	26	18	26	1.98
121413403--121413538	26	5.2	26	97	0	236	35	5	22	36	1.79
121415126--121415238	27	4.2	27	81	3	111	16	23	22	38	1.93
121415124--121415238	54	2.1	54	83	3	151	16	22	22	38	1.93
121416382--121416467	44	2.0	44	100	0	172	37	13	23	25	1.92
121426893--121427076	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
121447735--121447791	28	2.0	28	96	0	105	19	8	26	45	1.79
121449416--121449453	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
121452577--121452618	20	2.2	19	83	12	50	59	4	19	16	1.54
121459478--121459763	40	7.2	40	90	0	448	27	26	21	24	1.99
121461468--121461531	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
121461637--121461726	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121461647--121461737	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
121461637--121461751	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
121462809--121462842	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
121469327--121469390	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
121469496--121469585	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
121469506--121469596	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
121469496--121469610	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
121470039--121470079	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
121474077--121474281	35	5.9	35	77	6	191	29	9	20	40	1.84
121475172--121475218	23	2.0	23	100	0	94	29	21	8	40	1.83
121490069--121490137	31	2.5	26	75	22	77	26	7	18	47	1.74
121490083--121490145	31	2.0	31	96	0	117	25	6	22	46	1.75
121490461--121490666	35	5.9	35	73	13	165	29	8	20	40	1.83
121491419--121491464	19	2.4	19	92	0	74	23	26	41	8	1.83
121491712--121491749	18	2.1	18	100	0	76	31	5	15	47	1.68
121493654--121493734	29	2.8	29	88	0	117	30	25	14	28	1.95
121504324--121504397	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
121504381--121504456	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
121504324--121504456	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
121512189--121512262	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
121512246--121512320	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
121512189--121512320	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121515434--121515658	49	4.5	49	83	3	288	30	26	17	26	1.97
121518355--121518395	16	2.6	17	85	11	52	58	0	0	41	0.98
121521315--121521370	22	2.5	22	85	0	85	23	23	35	17	1.95
121528079--121528118	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
121528593--121528648	24	2.3	24	78	3	58	16	25	23	35	1.94
121528604--121528651	24	2.0	24	83	0	60	16	20	25	37	1.93
121537261--121537445	40	4.6	40	82	2	228	26	23	25	24	2.00
121551670--121551733	34	1.9	33	83	3	83	31	23	23	21	1.99
121554772--121554822	20	2.5	20	100	0	102	15	33	33	17	1.92
121562269--121562316	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
121562359--121562419	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
121562469--121562611	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
121562469--121562611	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
121562469--121562612	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
121562803--121562866	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
121567334--121567381	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
121567424--121567484	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
121567534--121567676	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
121567534--121567676	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
121567534--121567677	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
121567868--121567931	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
121576636--121576666	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121580952--121581069	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
121580920--121581154	71	3.3	71	98	0	452	34	17	28	19	1.95
121603824--121603917	43	2.2	43	82	3	109	32	26	13	26	1.94
121610005--121610178	46	3.7	46	81	4	188	28	20	29	22	1.98
121613971--121614040	25	2.8	25	88	0	104	24	21	27	27	1.99
121614245--121614406	27	6.0	27	79	5	175	23	21	19	35	1.96
121614249--121614406	54	2.9	54	92	0	255	23	22	18	35	1.96
121614277--121614441	81	2.0	81	80	4	181	25	19	17	37	1.93
121614396--121614602	27	7.7	27	77	8	147	29	9	20	39	1.85
121614426--121614602	54	3.3	54	84	3	214	28	9	20	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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