genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23575330--23575410	37	2.2	37	88	0	117	24	32	20	22	1.98
23575569--23575694	48	2.6	48	88	0	180	29	25	8	36	1.86
23580476--23581064	294	2.0	294	97	0	1115	28	24	19	26	1.98
23590132--23590178	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
23590225--23590318	25	3.8	24	83	9	102	27	24	24	23	2.00
23590225--23590306	24	3.4	24	89	5	112	29	23	24	23	1.99
23590225--23590318	49	1.9	49	82	8	120	27	24	24	23	2.00
23590515--23590577	30	2.1	31	90	3	101	38	14	23	23	1.92
23592689--23592733	14	3.4	14	79	17	51	57	22	20	0	1.40
23593624--23593671	18	2.7	18	84	12	64	27	4	2	66	1.21
23593615--23593670	17	3.4	16	82	9	60	28	3	1	66	1.19
23593642--23593698	27	2.2	26	87	3	78	22	3	3	70	1.18
23598181--23598370	76	2.4	78	93	4	339	22	32	21	23	1.98
23598181--23598370	39	4.9	39	90	3	303	22	32	21	23	1.98
23604505--23604691	37	4.9	39	91	5	301	21	32	21	24	1.98
23604505--23604695	76	2.5	75	92	5	314	21	32	21	24	1.98
23608882--23608919	13	2.9	13	92	0	67	7	47	23	21	1.77
23620141--23620181	19	2.2	19	86	0	55	24	36	19	19	1.95
23620179--23620387	46	4.5	46	77	8	194	23	29	17	28	1.97
23620217--23620389	94	1.9	92	86	4	249	23	29	18	28	1.98
23627923--23628021	42	2.3	42	89	1	153	23	13	28	35	1.92
23627908--23628021	43	2.7	43	84	1	158	22	14	28	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23627962--23628075	43	2.7	43	80	1	122	24	15	27	32	1.96
23630449--23630512	15	4.3	14	82	11	74	14	9	15	60	1.57
23630449--23630512	30	2.1	30	91	0	101	14	9	15	60	1.57
23633617--23633698	43	1.9	43	87	0	119	25	19	28	26	1.99
23634766--23634803	19	2.0	19	89	0	58	15	21	18	44	1.86
23640134--23640219	33	2.9	28	77	10	82	29	26	20	23	1.99
23640233--23640315	31	2.7	31	90	3	125	27	26	18	27	1.98
23640522--23640605	25	3.4	24	84	9	98	25	21	23	29	1.99
23640535--23640604	25	2.8	25	93	0	113	24	21	27	27	1.99
23641414--23641491	27	2.9	27	79	11	88	20	19	21	38	1.94
23641532--23641691	27	5.9	26	74	11	99	31	9	19	40	1.83
23641620--23641803	27	6.9	27	81	5	205	29	9	21	39	1.85
23641619--23641812	53	3.7	51	81	8	201	29	10	22	38	1.87
23641619--23641812	80	2.4	80	80	9	218	29	10	22	38	1.87
23641802--23641977	27	6.5	27	79	5	167	39	6	23	30	1.81
23641802--23641977	54	3.3	54	82	4	187	39	6	23	30	1.81
23641802--23641988	81	2.3	81	84	5	227	39	6	22	31	1.81
23641845--23641999	27	5.7	27	82	2	168	39	8	21	30	1.83
23641845--23642019	81	2.2	81	83	4	219	39	8	20	31	1.83
23644213--23644268	29	2.0	29	85	3	78	26	26	21	25	1.99
23644282--23644364	31	2.7	31	90	3	125	28	26	15	28	1.96
23644557--23644628	25	3.0	24	78	13	67	27	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23644584--23644653	25	2.8	26	86	6	99	25	20	25	28	1.99
23644571--23644653	25	3.4	24	83	8	87	25	20	22	31	1.98
23645570--23645622	27	2.0	27	84	0	70	37	15	15	32	1.88
23645668--23645853	27	6.9	27	82	3	214	30	9	21	38	1.85
23645852--23646027	27	6.5	27	79	5	167	40	6	23	29	1.80
23645852--23646049	54	3.7	54	81	5	195	39	7	23	29	1.82
23645852--23646049	81	2.4	81	84	5	231	39	7	23	29	1.82
23645923--23646049	27	4.7	27	85	0	164	40	8	21	29	1.83
23645895--23646069	81	2.2	81	84	4	219	40	8	20	30	1.82
23648716--23648861	37	3.9	37	88	3	222	26	29	19	25	1.98
23648721--23648872	74	2.1	74	94	0	268	25	28	18	26	1.98
23649008--23649247	48	5.0	48	90	3	365	31	27	5	35	1.80
23649008--23649247	98	2.5	96	89	2	374	31	27	5	35	1.80
23653593--23653748	41	3.6	44	77	13	130	27	28	16	26	1.97
23653629--23653764	45	3.1	44	75	12	120	31	27	14	26	1.95
23656363--23656569	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
23664102--23664277	24	7.6	24	88	8	258	20	18	25	35	1.95
23664129--23664277	65	2.2	65	88	8	208	20	17	25	36	1.94
23664217--23664251	17	2.1	17	94	0	61	20	20	25	34	1.96
23664193--23664275	41	2.0	41	90	0	130	19	18	25	37	1.94
23664169--23664299	65	2.0	65	85	2	174	22	17	24	35	1.95
23672696--23672871	24	7.6	24	88	8	258	20	18	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23672723--23672871	65	2.2	65	88	8	208	20	17	25	36	1.94
23672811--23672845	17	2.1	17	94	0	61	20	20	25	34	1.96
23672787--23672869	41	2.0	41	90	0	130	19	18	25	37	1.94
23672763--23672893	65	2.0	65	85	2	174	22	17	24	35	1.95
23681223--23681407	40	4.7	40	88	6	218	25	21	27	25	2.00
23681275--23681430	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
23698649--23698752	29	3.6	28	77	10	95	27	25	18	27	1.98
23700683--23700828	40	3.7	40	82	9	156	24	21	28	26	1.99
23702412--23702708	40	7.5	40	88	1	375	23	23	28	24	2.00
23703837--23703861	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
23710680--23710950	40	6.8	40	89	2	350	21	23	28	25	1.99
23710680--23710950	80	3.4	80	89	0	391	21	23	28	25	1.99
23710680--23710962	120	2.4	119	88	4	408	21	24	28	25	1.99
23729726--23729763	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
23732054--23732392	81	4.2	79	80	6	313	38	20	9	31	1.85
23732061--23732320	27	9.6	27	85	0	331	39	20	9	31	1.84
23732061--23732427	27	13.6	27	77	7	246	38	20	9	31	1.85
23732411--23732474	27	2.4	27	84	5	85	39	17	18	25	1.92
23732548--23732586	19	2.1	19	100	0	78	30	0	23	46	1.53
23732823--23732852	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23733064--23733113	19	2.6	19	87	0	73	20	26	12	42	1.86
23733099--23733136	6	6.3	6	100	0	76	15	18	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23733099--23733145	18	2.6	18	90	6	60	17	19	17	46	1.84
23733102--23733165	18	3.6	18	79	10	51	21	15	14	48	1.80
23735105--23735230	27	4.7	28	80	4	118	40	22	7	29	1.82
23735105--23735231	53	2.4	54	78	7	134	40	22	7	29	1.82
23735213--23735286	27	2.7	26	75	4	76	36	24	8	31	1.84
23735267--23735329	27	2.3	27	86	0	90	36	19	19	25	1.94
23735850--23735929	31	2.6	31	82	6	90	21	17	13	47	1.82
23735903--23735959	6	9.5	6	81	7	71	19	15	15	49	1.80
23737890--23738205	27	11.7	27	81	3	314	39	20	8	30	1.83
23737943--23738259	27	11.8	26	72	12	90	38	21	9	31	1.84
23737890--23738257	81	4.6	81	76	9	223	38	21	8	31	1.84
23738239--23738301	27	2.3	27	83	0	90	34	17	20	26	1.95
23738851--23738930	31	2.6	31	81	0	88	20	16	13	50	1.78
23738873--23738973	37	2.7	37	84	0	139	19	16	13	49	1.79
23738911--23739009	6	16.3	6	79	10	103	19	15	15	50	1.78
23738851--23739009	12	13.0	12	72	13	110	20	15	13	50	1.78
23740965--23741091	27	4.7	28	80	2	109	40	22	8	28	1.84
23741074--23741148	27	2.8	26	75	4	78	36	24	9	30	1.87
23741759--23741805	6	7.8	6	90	9	78	17	17	17	48	1.81
23741759--23741814	18	3.1	18	89	5	60	19	16	16	48	1.82
23743752--23744063	27	11.6	27	83	3	355	39	20	8	30	1.84
23743752--23744063	107	2.9	106	85	6	380	39	20	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23743805--23744120	27	11.8	26	76	10	129	37	21	9	31	1.85
23743744--23744080	134	2.5	132	83	5	340	38	20	9	31	1.84
23743752--23744118	80	4.6	80	79	8	230	38	20	8	31	1.84
23744100--23744162	27	2.3	27	83	0	90	34	17	20	26	1.95
23744497--23744558	31	2.0	32	84	9	83	22	24	20	32	1.98
23744407--23744548	71	2.0	71	87	0	203	22	26	20	30	1.98
23744720--23744819	37	2.7	37	84	3	121	21	17	13	49	1.79
23744758--23744831	6	12.2	6	85	8	105	17	17	14	50	1.79
23746773--23746885	27	4.2	26	74	14	79	40	17	6	35	1.75
23746819--23747066	81	3.1	80	82	8	254	39	18	8	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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