genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62301467--62301748	128	2.2	129	80	1	305	26	17	26	29	1.97
62301449--62301754	86	3.6	86	80	1	310	26	16	27	29	1.97
62302939--62302972	12	2.8	12	100	0	68	55	8	0	35	1.31
62304337--62304447	27	4.1	27	79	5	109	38	19	22	18	1.93
62305820--62305925	24	4.4	24	87	7	135	16	37	6	38	1.75
62306584--62306648	18	3.6	18	87	8	105	46	12	20	21	1.83
62306972--62307165	27	7.2	27	83	4	214	37	19	13	29	1.90
62306970--62307165	54	3.6	54	81	2	241	37	19	13	29	1.90
62306968--62307165	81	2.4	81	86	1	281	37	19	13	29	1.90
62310717--62310904	40	4.7	40	75	5	164	28	22	25	23	1.99
62310719--62310904	80	2.3	80	82	3	205	28	22	25	23	1.99
62310837--62310940	40	2.6	40	84	0	127	25	24	27	22	1.99
62314156--62314211	23	2.4	23	77	11	60	58	10	8	21	1.58
62316181--62316284	29	3.6	28	73	12	86	29	25	13	30	1.94
62316176--62316263	28	3.1	28	69	15	72	28	27	13	30	1.94
62316176--62316287	57	2.0	57	85	0	152	29	25	13	31	1.94
62316396--62316534	53	2.6	53	90	1	215	27	23	13	35	1.92
62316396--62316554	53	3.0	53	85	2	212	27	21	13	38	1.90
62319137--62319265	50	2.6	50	85	8	174	25	32	17	24	1.97
62319085--62319265	49	3.7	49	81	7	183	24	32	18	24	1.97
62319139--62319352	46	4.5	47	78	12	163	26	31	16	25	1.96
62321261--62321289	13	2.1	14	93	6	51	48	20	0	31	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62322010--62322064	16	3.4	17	85	5	62	36	5	25	32	1.79
62322230--62322368	58	2.4	58	81	4	156	50	2	2	44	1.28
62329660--62329877	40	5.5	40	88	2	307	25	27	22	24	2.00
62337194--62337368	46	3.8	46	79	13	216	21	21	29	28	1.98
62337191--62337360	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
62339446--62339494	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62340314--62340480	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62347436--62347484	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62348303--62348469	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62350322--62350506	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
62350315--62350506	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
62355076--62355251	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
62355072--62355243	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
62358198--62358266	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
62358189--62358276	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
62360662--62360834	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
62368607--62368665	3	20.3	3	75	19	54	64	0	5	30	1.15
62368707--62368846	16	9.1	15	67	18	67	57	0	8	32	1.34
62368705--62368747	14	2.8	16	77	22	56	65	2	4	27	1.25
62371375--62371590	47	4.7	45	77	10	190	27	18	30	23	1.98
62371691--62371756	31	2.1	31	91	0	105	28	4	25	40	1.75
62376204--62376261	29	2.0	30	89	3	91	29	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62376586--62376805	46	4.7	46	76	12	184	26	20	29	24	1.99
62376584--62376846	94	2.8	93	81	7	277	27	19	28	24	1.98
62376630--62376850	47	4.7	47	80	9	204	28	19	28	23	1.98
62376589--62376846	140	1.8	140	82	9	330	27	19	28	24	1.98
62383428--62383643	94	2.3	92	82	8	244	26	20	30	23	1.98
62383432--62383643	46	4.6	46	76	6	180	26	20	29	22	1.99
62387998--62388270	39	7.1	39	92	2	444	21	25	29	23	1.99
62392543--62392669	47	2.8	43	77	12	130	26	20	30	22	1.98
62392543--62392712	91	1.8	93	83	6	229	27	20	29	22	1.98
62392861--62392926	31	2.1	31	97	0	123	27	6	27	39	1.80
62394592--62394759	40	4.2	40	77	1	149	22	26	23	26	2.00
62394608--62394757	80	1.9	80	83	5	196	21	26	24	27	1.99
62399515--62399566	25	2.1	25	96	0	95	32	13	17	36	1.89
62401855--62402013	29	5.5	28	80	6	140	24	16	35	23	1.95
62409729--62409889	29	5.6	28	80	6	144	24	16	34	24	1.95
62419883--62419970	43	2.1	42	86	2	122	30	31	18	19	1.95
62425190--62425309	48	2.5	48	78	2	116	26	16	27	29	1.97
62425319--62425489	90	1.9	90	80	4	202	29	18	26	25	1.98
62427186--62427211	10	2.6	10	100	0	52	0	38	0	61	0.96
62429785--62429826	22	1.9	22	85	0	57	66	4	0	28	1.12
62430767--62430857	29	3.2	29	83	6	98	28	31	15	24	1.95
62431079--62431109	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62434656--62434746	29	3.2	29	86	6	116	27	32	15	24	1.95
62434968--62434999	16	2.0	16	100	0	64	12	25	18	43	1.85
62438559--62438623	29	2.3	29	89	2	96	29	33	15	21	1.94
62438551--62438624	28	2.6	28	84	2	103	29	32	14	22	1.94
62440954--62441143	39	4.8	39	92	0	299	24	22	30	22	1.99
62442968--62443007	5	8.0	5	88	0	62	77	17	2	2	0.99
62444118--62444402	90	3.2	90	80	7	301	36	15	21	26	1.93
62445916--62446019	39	2.6	40	89	8	160	24	28	25	22	1.99
62447689--62448034	171	2.0	174	89	1	527	37	10	12	39	1.78
62448146--62448347	39	5.2	39	90	0	305	24	32	19	23	1.98
62448146--62448347	78	2.6	78	93	0	341	24	32	19	23	1.98
62456147--62456346	39	5.2	39	89	1	303	23	31	20	24	1.98
62456147--62456346	78	2.6	78	93	0	339	23	31	20	24	1.98
62459549--62459593	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
62459546--62459603	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
62459559--62459616	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
62467818--62468019	39	5.2	39	88	0	296	23	31	20	24	1.98
62467818--62468019	78	2.6	78	92	0	332	23	31	20	24	1.98
62471231--62471275	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
62471228--62471285	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
62471241--62471298	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
62478915--62478987	27	2.6	28	81	12	71	9	16	1	72	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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62517724--62517890	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62523665--62523832	47	3.6	46	80	8	198	23	26	20	29	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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