genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  285  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89168391--89168585	81	2.4	81	79	5	207	29	6	21	43	1.76
89168377--89168612	54	4.4	53	74	7	165	29	7	21	41	1.80
89170859--89170912	22	2.5	22	79	11	65	33	20	24	22	1.97
89171061--89171182	41	3.0	41	93	0	208	27	29	22	21	1.99
89171478--89171762	27	10.6	27	76	11	135	30	8	18	42	1.80
89171524--89171762	53	4.5	53	73	7	146	30	8	19	41	1.81
89171478--89171789	80	3.9	79	74	9	224	30	8	19	42	1.80
89171515--89171789	27	10.3	27	77	8	188	29	8	19	42	1.81
89171787--89171839	26	2.0	26	92	7	90	35	11	18	33	1.87
89176131--89176177	21	2.2	21	100	0	94	53	12	12	21	1.72
89178784--89178878	48	2.0	48	87	4	138	29	26	16	27	1.97
89179369--89179412	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
89179504--89179532	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
89180497--89180603	57	2.0	54	85	9	146	4	29	0	65	1.13
89183989--89184155	40	4.2	40	78	7	171	25	23	27	23	2.00
89183989--89184140	79	1.9	80	85	6	211	25	23	28	23	2.00
89185508--89185675	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
89191781--89191888	29	3.8	28	73	9	101	37	13	24	24	1.92
89191789--89192033	58	4.2	57	80	7	278	38	12	25	23	1.90
89191818--89192046	29	7.9	29	73	7	187	38	13	25	22	1.91
89191876--89192045	87	2.0	87	83	2	216	38	12	26	22	1.89
89198286--89198410	44	2.7	47	84	9	150	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89200306--89200408	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
89210938--89211144	40	5.2	39	83	4	227	25	26	22	25	2.00
89216766--89216949	40	4.6	40	83	5	196	25	26	22	25	2.00
89218357--89218426	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
89218434--89218540	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
89225589--89225658	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
89225666--89225772	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
89235123--89235307	40	4.7	40	85	6	218	25	27	22	25	2.00
89251206--89251233	14	2.0	14	100	0	56	35	28	14	21	1.92
89255284--89255316	14	2.5	13	90	9	57	15	15	9	60	1.58
89267213--89267672	96	4.8	94	91	4	695	31	8	30	29	1.87
89267213--89267672	47	9.6	49	90	5	706	31	8	30	29	1.87
89271821--89271923	29	3.6	28	76	5	98	30	33	15	21	1.94
89273556--89273650	40	2.4	40	75	1	102	27	21	26	25	1.99
89275546--89275696	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89275583--89275712	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89283554--89283704	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89283591--89283720	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89291388--89291536	40	3.8	40	77	12	148	26	23	27	22	1.99
89291389--89291536	78	1.9	77	84	6	201	26	23	27	22	1.99
89300485--89300652	40	4.2	40	77	6	180	25	20	27	26	1.99
89307445--89307477	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89310387--89310446	6	10.7	6	89	3	74	80	1	1	16	0.89
89310388--89310448	5	11.2	5	89	8	77	78	1	1	18	0.91
89310388--89310448	11	5.5	11	88	9	81	78	1	1	18	0.91
89312958--89313182	49	4.5	49	86	3	281	29	28	17	24	1.97
89312951--89313189	99	2.4	100	83	3	295	28	28	18	23	1.98
89316468--89316697	50	4.6	50	79	7	225	26	17	26	30	1.98
89316472--89316655	101	1.8	101	84	2	253	26	17	25	30	1.97
89323923--89324145	50	4.5	50	75	6	157	29	19	23	28	1.98
89328393--89328425	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
89335828--89335998	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
89335820--89336000	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
89338370--89338448	15	5.4	15	75	10	74	58	13	17	10	1.63
89338381--89338457	15	5.2	15	72	12	61	55	15	16	11	1.68
89341388--89341559	46	3.8	45	78	15	203	28	29	22	20	1.98
89341396--89341563	90	1.8	91	92	6	286	27	29	22	20	1.98
89349236--89349428	40	4.8	40	85	0	224	26	23	25	24	2.00
89353983--89354011	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
89354942--89355094	77	2.0	77	93	0	261	40	8	16	34	1.79
89360219--89360373	45	3.5	45	78	6	138	34	29	14	21	1.93
89363098--89363375	135	2.1	134	90	4	445	41	11	18	29	1.85
89381018--89381062	16	2.8	16	93	0	72	53	22	20	4	1.63
89381018--89381068	8	6.4	8	80	8	59	52	21	19	5	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89381018--89381068	24	2.1	24	88	0	75	52	21	19	5	1.66
89382376--89382405	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
89390562--89390672	58	1.9	57	87	1	159	26	15	30	27	1.96
89390549--89390661	29	4.0	29	85	6	142	26	15	30	28	1.96
89391540--89391592	3	16.7	3	88	11	79	32	1	1	64	1.15
89397745--89397835	28	3.2	28	87	7	130	23	28	16	31	1.96
89400979--89401140	40	4.1	40	94	0	279	25	30	22	21	1.99
89405285--89405389	46	2.3	46	80	3	140	26	17	29	26	1.97
89407501--89407525	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
89410881--89410920	21	1.9	21	89	0	62	45	22	7	25	1.78
89413331--89413376	23	2.0	23	95	0	83	28	13	23	34	1.92
89422763--89422812	2	25.5	2	91	4	84	48	0	0	52	1.00
89424492--89424661	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
89432585--89432754	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
89435763--89435823	15	4.1	15	77	8	70	26	14	26	32	1.95
89435826--89435889	23	2.7	24	90	2	103	39	14	18	28	1.90
89435922--89436004	24	3.5	24	77	6	87	37	9	19	33	1.84
89435826--89436023	95	2.1	94	78	7	204	37	13	18	30	1.89
89437044--89437075	11	2.8	12	90	9	50	0	53	0	46	1.00
89437504--89437537	16	2.1	16	88	0	50	26	2	5	64	1.30
89437762--89437826	3	21.7	3	85	6	87	33	1	3	61	1.21
89438380--89438424	2	22.0	2	86	13	65	46	0	4	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89443408--89443567	18	8.9	18	75	19	104	36	11	15	37	1.83
89443415--89443567	35	4.3	35	94	2	261	36	11	14	37	1.83
89449753--89449946	43	4.6	41	71	14	135	32	23	22	21	1.98
89449745--89449950	87	2.4	85	86	7	276	33	23	21	21	1.97
89450079--89450774	208	3.4	207	91	1	1081	30	17	22	30	1.96
89451115--89451258	18	7.9	18	86	4	193	38	10	15	36	1.82
89451115--89451258	35	4.0	35	90	4	216	38	10	15	36	1.82
89454622--89454744	40	3.1	40	80	6	135	25	28	21	24	1.99
89462912--89462967	27	2.1	27	96	0	103	46	3	7	42	1.48
89463426--89463508	9	9.0	9	74	13	71	45	3	1	49	1.27
89468730--89468898	48	3.6	46	81	6	178	27	18	28	24	1.98
89471484--89471622	40	3.5	40	83	6	151	22	27	25	25	2.00
89471491--89471671	79	2.3	80	80	7	199	23	26	24	25	2.00
89471496--89471675	40	4.5	40	74	8	143	22	26	25	25	2.00
89479194--89479362	48	3.6	46	77	6	169	27	17	28	26	1.98
89483282--89483396	43	2.7	43	80	1	133	32	25	17	25	1.97
89489645--89489728	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
89489597--89489821	49	4.5	49	88	2	306	25	17	27	29	1.98
89489595--89489829	99	2.4	100	86	2	321	25	18	27	28	1.98
89492872--89493012	71	2.0	71	98	0	273	31	9	24	34	1.87
89504988--89505133	31	4.7	31	92	0	213	30	24	14	30	1.95
89505158--89505248	42	2.2	42	91	0	146	32	19	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89505399--89505465	25	2.7	25	92	0	107	22	22	28	26	1.99
89506297--89506348	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
89506370--89506852	27	17.8	27	76	4	157	32	8	20	37	1.84
89506480--89506633	54	2.8	54	85	4	195	29	7	22	41	1.80
89506481--89506647	81	2.0	81	81	5	194	29	8	22	39	1.83
89519495--89519558	33	2.0	32	81	9	76	28	20	23	28	1.99
89524805--89524941	29	4.8	29	82	4	161	26	31	12	29	1.93
89525155--89525216	24	2.6	24	80	16	67	12	20	16	50	1.78
89525165--89525215	16	3.2	16	85	0	66	13	23	15	47	1.82
89529316--89529488	93	1.9	93	90	0	274	27	28	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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