genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  166  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50850195--50850354	29	5.5	29	90	0	221	24	31	15	29	1.95
50850166--50850346	87	2.1	86	79	4	193	24	33	14	26	1.95
50853295--50853356	24	2.4	26	80	15	67	29	0	3	67	1.06
50854411--50854445	12	2.7	13	91	8	54	2	28	0	68	1.04
50854435--50854482	17	2.9	16	82	17	55	6	18	0	75	1.01
50855834--50855872	13	3.0	13	88	0	60	12	28	30	28	1.93
50855834--50855878	13	3.3	13	84	6	54	15	28	28	26	1.96
50863715--50863951	49	4.8	50	80	2	271	27	19	24	29	1.98
50868956--50869088	49	2.7	49	77	2	140	27	20	24	27	1.99
50870456--50870622	40	4.2	40	79	8	171	24	27	22	25	2.00
50884469--50884595	55	2.3	55	79	0	137	29	25	29	14	1.95
50891831--50891872	20	2.2	19	86	4	57	30	7	11	50	1.66
50901059--50901241	40	4.6	40	80	6	194	25	27	21	24	1.99
50901085--50901237	79	1.9	80	82	6	195	26	28	20	24	1.99
50905825--50905992	40	4.2	40	78	6	189	25	21	27	26	1.99
50910595--50910711	41	3.1	41	59	29	96	32	17	28	21	1.96
50910563--50910726	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	19	1.94
50914941--50915142	39	5.1	39	81	9	223	25	27	22	24	2.00
50917967--50918018	21	2.5	21	74	20	56	28	3	23	44	1.71
50918501--50918631	40	3.3	40	89	0	190	22	15	25	37	1.93
50919751--50919829	33	2.4	33	80	0	95	29	25	15	30	1.96
50920189--50920381	27	7.4	27	75	10	177	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50921541--50921586	12	3.6	13	77	14	51	23	45	0	30	1.53
50924609--50924639	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
50936705--50936779	29	2.6	29	83	6	91	26	28	17	28	1.98
50942157--50942333	40	4.4	40	84	4	225	24	22	27	25	2.00
50942561--50942602	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
50946755--50946964	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
50952299--50952500	40	5.1	39	84	5	226	24	21	28	25	1.99
50954494--50954602	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
50954494--50954602	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
50961224--50961298	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
50969100--50969174	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
50972349--50972374	13	2.0	13	100	0	52	7	30	38	23	1.83
50981384--50981743	49	7.3	49	95	0	621	29	8	32	29	1.87
50981847--50981968	37	3.3	37	96	0	217	25	18	33	22	1.97
50989463--50989591	40	3.2	40	78	2	143	24	17	23	34	1.95
50989579--50989638	28	2.1	28	84	0	75	23	13	33	30	1.93
51007843--51007869	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
51023509--51023606	49	2.0	49	95	0	178	40	20	17	21	1.91
51023651--51023705	20	2.8	20	88	0	83	40	23	18	18	1.91
51025634--51025667	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
51026845--51026917	24	3.0	24	89	0	110	20	10	28	39	1.86
51028280--51028446	40	4.2	40	80	8	162	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51028296--51028446	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
51036041--51036170	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
51036057--51036208	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
51036057--51036208	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
51038596--51038818	39	5.7	39	89	1	284	20	24	27	27	1.99
51038594--51038818	79	2.9	78	83	2	270	20	24	27	28	1.99
51038596--51038818	118	1.9	118	88	0	338	20	24	27	27	1.99
51040374--51040411	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51042039--51042107	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
51048378--51048415	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51050043--51050111	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
51053662--51053746	43	2.0	43	84	9	111	23	16	30	29	1.96
51064074--51064172	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
51071635--51071733	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
51076862--51077060	45	4.4	45	87	1	247	24	14	25	36	1.92
51079130--51079227	27	3.6	27	80	12	87	43	22	7	26	1.79
51079307--51079396	27	3.3	26	70	14	67	37	20	18	23	1.94
51080210--51080293	25	3.4	24	82	8	98	28	23	22	25	1.99
51080247--51080307	25	2.5	24	84	10	70	26	22	22	27	1.99
51080428--51080519	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
51080543--51080621	31	2.5	31	97	0	149	27	17	26	27	1.98
51082236--51082367	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51090108--51090181	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
51090165--51090240	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
51090108--51090240	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
51095624--51095686	31	2.1	31	93	3	110	23	22	14	39	1.91
51095876--51096016	24	6.0	24	88	7	191	26	22	21	28	1.99
51095876--51096015	45	3.0	48	86	9	189	27	22	22	27	1.99
51096066--51096119	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
51096066--51096124	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
51096167--51096214	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
51101649--51101751	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
51113934--51114020	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
51114089--51114400	49	6.4	49	94	0	507	30	29	7	32	1.85
51117108--51117226	39	3.1	39	97	0	220	26	26	28	19	1.99
51120171--51120261	44	2.1	44	95	0	164	20	12	25	41	1.87
51124102--51124210	22	4.9	22	81	3	119	25	23	16	33	1.96
51124104--51124224	45	2.7	45	77	8	113	25	23	18	32	1.97
51131713--51131786	22	3.4	22	84	3	96	29	20	17	32	1.95
51131775--51131830	24	2.3	24	90	0	94	37	21	25	16	1.93
51133982--51134039	9	6.0	9	73	15	53	34	8	20	36	1.84
51133983--51134051	20	3.5	20	93	0	120	34	10	21	33	1.87
51133992--51134046	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
51134096--51134239	24	6.0	24	90	4	202	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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51188323--51188444	25	4.8	26	87	2	169	27	23	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51188323--51188444	51	2.4	52	93	4	205	27	23	22	26	2.00
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51191439--51191530	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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