genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  149  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44758901--44758935	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
44768801--44768859	15	4.0	15	77	2	66	57	18	13	10	1.64
44768802--44768858	30	1.9	29	89	3	87	56	19	14	10	1.67
44771287--44771456	93	1.8	93	89	2	270	29	27	20	23	1.99
44771278--44771449	46	3.7	46	74	14	156	30	27	18	23	1.98
44774168--44774218	17	3.2	16	83	13	52	13	13	0	72	1.12
44774183--44774218	8	4.5	8	90	10	56	11	13	0	75	1.06
44777876--44778136	49	5.4	49	91	1	391	30	28	8	32	1.86
44777848--44778128	96	2.9	96	87	2	391	30	29	8	32	1.87
44781973--44782195	40	5.6	40	95	1	378	26	29	21	23	1.99
44781991--44782208	119	1.8	119	93	2	375	28	29	19	22	1.98
44781973--44782195	79	2.8	80	92	2	378	26	29	21	23	1.99
44782124--44782312	40	4.7	40	81	5	150	27	28	20	23	1.99
44781990--44782309	119	2.7	118	83	5	335	27	29	19	23	1.98
44784291--44784502	49	4.4	49	90	2	329	30	28	8	32	1.87
44784293--44784494	96	2.1	96	94	0	350	30	29	8	31	1.88
44788363--44788440	40	2.0	38	92	5	129	28	26	19	25	1.99
44788370--44788453	39	2.1	40	84	6	109	30	27	19	22	1.98
44788429--44788557	40	3.2	40	80	5	145	27	28	20	24	1.99
44790420--44790506	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
44790577--44790789	49	4.4	49	92	1	347	31	27	7	32	1.86
44790575--44790789	97	2.2	98	93	2	360	31	27	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44796950--44797120	45	4.0	44	78	11	130	25	17	27	29	1.97
44797009--44797157	38	3.7	40	76	14	137	27	18	28	24	1.98
44803804--44803915	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
44803804--44803915	27	4.1	27	82	7	129	38	22	23	16	1.93
44805302--44805372	24	3.0	24	91	0	115	25	36	1	36	1.65
44806192--44806243	26	2.1	26	83	16	67	30	21	0	48	1.51
44806964--44807253	48	5.9	48	78	7	228	31	26	14	27	1.95
44807109--44807253	53	2.8	53	84	10	153	31	26	14	27	1.95
44819136--44819180	23	1.9	24	81	4	56	37	8	8	44	1.67
44828177--44828276	27	3.5	28	90	5	139	28	12	27	33	1.92
44828875--44830063	594	2.0	594	99	0	2333	34	12	20	32	1.90
44831204--44831237	17	1.9	18	88	5	52	61	11	5	20	1.50
44836562--44836610	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44837433--44837599	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
44844994--44845104	38	2.8	40	80	9	129	23	22	28	25	1.99
44844992--44845119	40	3.2	40	79	6	154	24	21	27	26	1.99
44850529--44850585	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
44850527--44850597	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
44850538--44850592	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
44850643--44850809	23	7.1	23	93	2	271	28	22	20	28	1.98
44850642--44850831	24	8.0	23	90	4	265	28	22	21	27	1.99
44850641--44850809	47	3.6	47	91	3	277	28	22	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44851024--44851108	31	2.7	30	84	10	102	32	17	25	23	1.97
44855611--44855639	14	2.0	15	93	6	51	20	13	27	37	1.91
44858154--44858197	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
44865330--44865478	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44865371--44865478	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44869035--44869219	40	4.6	40	95	1	318	22	22	28	26	1.99
44869031--44869251	80	2.8	79	88	4	311	25	21	26	26	2.00
44878592--44878640	19	2.6	19	90	0	80	46	16	20	16	1.83
44895022--44895057	11	3.4	11	88	7	56	33	0	16	50	1.46
44896500--44896563	31	2.1	30	82	2	74	12	26	35	25	1.91
44908702--44908754	27	2.0	26	85	3	70	16	26	20	35	1.94
44908798--44908857	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
44915296--44915342	19	2.4	19	82	10	51	17	25	2	55	1.53
44915947--44915977	8	3.9	8	95	0	53	41	25	25	6	1.79
44916207--44916302	29	3.3	29	82	1	113	25	11	31	32	1.91
44916323--44916385	19	3.3	19	66	16	58	9	3	44	42	1.52
44916314--44916391	38	2.1	38	100	0	156	10	5	42	42	1.61
44923734--44923882	60	2.5	63	80	9	168	28	23	20	28	1.99
44933566--44933758	40	4.8	40	85	1	217	23	23	27	25	2.00
44941526--44941678	40	3.8	40	82	2	164	22	22	27	27	1.99
44944578--44944603	12	2.2	12	100	0	52	57	11	7	23	1.59
44957353--44957513	40	4.1	40	77	9	168	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44962469--44962635	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
44970478--44970645	40	4.2	40	80	3	169	24	26	22	26	2.00
44970494--44970643	80	1.9	80	82	8	189	23	26	23	26	2.00
44976693--44976853	40	4.0	40	80	6	182	25	21	27	25	1.99
44980394--44980418	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
44984522--44984677	43	3.7	42	79	8	156	33	25	16	24	1.96
44989750--44989902	43	3.6	42	78	7	164	31	22	16	29	1.96
44991900--44992049	75	2.0	75	90	0	237	28	20	16	35	1.94
45020613--45020713	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
45020642--45020717	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
45028467--45028567	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
45028496--45028571	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
45035760--45035875	43	2.7	43	84	6	164	31	26	19	22	1.98
45041140--45041200	30	2.0	30	96	0	113	26	11	19	42	1.85
45042552--45042618	27	2.5	27	80	7	73	26	19	16	37	1.93
45046260--45046380	40	3.1	39	82	4	129	29	23	24	22	1.99
45046225--45046407	40	4.6	40	76	9	128	26	23	26	22	2.00
45054180--45054364	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
45054180--45054367	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
45060024--45060125	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
45067870--45067971	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
45072815--45072917	42	2.4	43	83	6	129	29	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45072779--45072935	43	3.7	43	74	13	153	26	17	24	31	1.97
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45076882--45076984	38	2.7	37	85	7	127	36	27	19	16	1.93
45078685--45078737	18	2.9	18	80	0	70	37	3	26	32	1.74
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45087087--45087150	27	2.4	28	84	5	78	37	18	17	26	1.93
45088688--45088783	36	2.7	36	93	3	160	17	15	11	55	1.69
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45120407--45120440	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
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45124390--45124593	53	3.8	53	78	3	210	36	18	25	20	1.95
45124387--45124583	108	1.8	109	87	1	297	37	19	24	18	1.94
45131692--45131798	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
45139812--45139880	30	2.4	30	90	7	108	27	28	14	28	1.95
45164203--45164244	21	2.0	21	95	0	75	30	28	11	28	1.92
45168435--45168487	26	2.0	26	96	0	97	41	11	20	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45177914--45177980	25	2.7	25	95	0	116	23	22	26	26	2.00
45178203--45178312	27	4.4	26	75	19	92	22	19	22	35	1.96
45178239--45178375	64	2.2	63	94	1	238	23	18	21	36	1.95
45178312--45178452	27	5.3	27	87	3	214	24	20	20	34	1.96
45178312--45178451	53	2.6	53	91	0	235	24	20	20	34	1.97
45178442--45178650	54	3.9	54	81	4	201	31	9	19	39	1.84
45178445--45178650	27	7.7	26	78	6	180	31	9	19	40	1.83
45178446--45178650	81	2.5	81	82	8	224	31	9	19	40	1.83
45178579--45178898	27	11.9	27	79	4	126	35	7	23	34	1.84
45178615--45178845	54	4.3	53	88	2	291	38	8	22	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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