genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  173  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53159128--53159170	19	2.3	19	100	0	86	51	16	4	27	1.64
53161997--53162264	48	5.6	48	87	3	378	25	18	27	29	1.98
53163099--53163128	15	1.9	16	93	6	53	36	13	6	43	1.70
53165564--53165612	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53166435--53166601	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
53173568--53173616	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53174435--53174585	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
53178533--53178570	18	2.1	18	100	0	76	18	21	5	55	1.62
53180270--53180332	22	2.9	22	95	0	117	20	33	30	15	1.94
53185081--53185247	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	25	2.00
53185097--53185204	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
53193083--53193212	40	3.2	40	80	2	154	24	27	23	23	2.00
53193099--53193250	40	3.8	40	79	5	146	22	26	24	26	2.00
53193428--53193645	40	5.5	40	88	2	280	23	22	27	25	2.00
53201511--53201766	40	6.5	39	89	3	313	22	23	28	25	1.99
53201511--53201766	79	3.2	79	89	2	354	22	23	28	25	1.99
53205529--53205672	48	3.0	47	86	6	191	28	24	20	26	1.99
53208445--53208497	26	2.0	26	100	0	106	26	26	22	24	2.00
53215210--53215269	29	2.1	29	93	0	102	38	16	8	36	1.79
53218415--53218582	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
53218431--53218580	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
53222028--53222392	187	2.0	187	92	1	606	23	16	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53228707--53228735	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
53236959--53237125	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53236959--53237125	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53237950--53237995	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53244966--53245132	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53244966--53245132	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53245957--53246002	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53248380--53248408	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
53250300--53250430	48	2.7	47	79	6	129	31	25	17	25	1.97
53250926--53250973	20	2.5	19	80	10	53	29	29	0	41	1.56
53257466--53257506	21	1.9	22	95	5	75	41	21	9	26	1.84
53259183--53259328	73	2.0	73	93	0	247	39	16	8	34	1.80
53269809--53269837	14	2.1	14	100	0	58	13	6	13	65	1.45
53272644--53272719	29	2.7	29	83	4	102	26	18	32	22	1.97
53278554--53278800	40	6.2	40	88	2	338	23	21	27	27	1.99
53278554--53278800	79	3.1	80	88	2	347	23	21	27	27	1.99
53278557--53278800	119	2.1	119	88	3	366	23	20	27	27	1.99
53281106--53281207	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
53284044--53284119	40	1.9	40	91	0	125	27	10	15	46	1.79
53298126--53298161	19	1.9	18	88	5	54	22	0	2	75	0.94
53301119--53301181	19	3.4	17	77	14	54	4	6	11	77	1.10
53301120--53301184	6	10.7	6	77	8	60	4	6	10	78	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53306420--53306628	49	4.3	49	93	1	332	31	8	31	29	1.86
53308726--53308995	40	6.8	40	95	1	472	25	20	28	25	1.99
53308726--53308977	79	3.2	79	98	0	477	25	19	27	27	1.99
53308726--53309011	119	2.4	120	92	1	477	25	20	28	26	1.99
53309188--53309368	40	4.5	40	78	9	154	26	24	25	23	2.00
53312057--53312608	49	11.3	49	96	0	973	31	8	30	29	1.87
53314822--53314907	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
53317608--53317693	45	1.9	45	90	2	138	23	12	26	37	1.91
53324315--53324347	10	3.3	10	95	0	57	21	6	0	72	1.05
53325430--53325462	14	2.4	14	94	0	57	33	21	9	36	1.85
53326167--53326201	18	1.9	18	88	0	52	28	11	31	28	1.92
53334970--53335004	17	2.1	17	89	5	54	54	2	2	40	1.30
53336190--53336396	53	3.8	54	77	4	202	19	22	18	39	1.93
53336909--53336948	17	2.4	17	95	0	71	20	17	12	50	1.78
53342761--53342963	53	3.8	54	75	4	185	20	22	18	37	1.94
53344460--53344487	10	2.8	10	100	0	56	78	0	10	10	0.96
53345770--53345953	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53345810--53345998	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53353886--53354069	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53353926--53354114	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53360945--53360987	23	1.9	23	85	4	61	39	16	4	39	1.69
53373811--53373886	35	2.2	35	95	0	134	32	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53373819--53373891	35	2.1	35	100	0	146	27	24	13	34	1.93
53377240--53377416	49	3.6	49	80	3	180	29	22	26	22	1.99
53380881--53380933	29	1.9	28	81	11	65	41	9	28	20	1.83
53382520--53382694	40	4.4	40	79	3	174	26	25	21	26	2.00
53382511--53382694	80	2.3	81	81	7	207	26	25	21	27	2.00
53384823--53385085	48	5.6	48	81	4	288	25	18	28	26	1.98
53384862--53385085	95	2.3	96	86	0	306	25	18	28	27	1.98
53389629--53389852	48	4.6	48	84	0	277	25	19	28	26	1.99
53389629--53389894	96	2.8	95	77	2	298	25	19	27	27	1.99
53396369--53396486	46	2.5	46	82	5	130	30	18	27	22	1.98
53396506--53396677	49	3.5	49	76	3	152	25	19	30	25	1.98
53401009--53401144	57	2.4	57	93	0	236	35	18	19	27	1.95
53401009--53401171	57	2.8	57	88	2	193	34	19	19	26	1.95
53403273--53403340	34	2.0	34	100	0	136	29	14	8	47	1.75
53407974--53408020	23	2.0	23	95	0	85	21	31	17	29	1.96
53411962--53412019	29	2.0	29	100	0	116	31	10	17	41	1.83
53414474--53414854	48	7.7	47	78	11	273	25	32	17	24	1.97
53414477--53414854	96	3.8	96	80	10	418	25	32	17	25	1.97
53414601--53414722	62	2.0	62	95	0	217	26	32	18	22	1.97
53414510--53414818	158	2.0	158	90	0	492	26	31	17	24	1.97
53414477--53414853	206	1.8	205	87	3	560	25	31	17	25	1.97
53414665--53414861	48	4.1	48	91	0	304	26	34	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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53419211--53419290	31	2.6	31	90	2	117	32	17	23	26	1.97
53426647--53426721	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
53426705--53426778	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
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53442207--53442363	39	4.1	39	94	0	280	26	21	24	26	1.99
53442210--53442408	78	2.6	78	84	4	206	26	20	24	28	1.99
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53444174--53444281	31	3.3	31	77	14	117	49	13	17	19	1.80
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53447362--53447467	43	2.5	43	88	0	140	46	10	21	21	1.81
53447361--53447489	37	3.5	37	75	12	120	47	10	20	21	1.80
53447410--53447489	31	2.6	31	83	0	106	47	12	18	21	1.81
53448303--53448393	27	3.4	27	87	0	128	23	20	21	34	1.97
53448388--53448445	27	2.1	27	84	6	73	32	8	18	39	1.82
53448396--53448504	27	4.0	27	90	4	132	26	7	22	43	1.80
53450175--53450247	29	2.5	29	95	0	128	26	30	16	27	1.97
53458154--53458381	40	5.7	40	90	3	352	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53462253--53462292	14	2.9	14	92	0	71	35	5	17	42	1.71
53471426--53471460	18	1.9	18	88	11	54	11	8	5	74	1.22
53471471--53471518	15	3.3	14	83	16	62	77	2	12	8	1.08
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53479021--53479192	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53479013--53479188	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53481070--53481107	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
53483094--53483122	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
53485437--53485525	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
53485437--53485516	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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