genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  104  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29740553--29740733	40	4.6	39	82	9	215	24	22	28	24	2.00
29740583--29740766	79	2.3	77	79	10	201	26	22	26	24	2.00
29748135--29748182	23	2.1	23	100	0	96	25	12	25	37	1.91
29751393--29751520	43	3.0	43	75	6	127	32	25	17	25	1.97
29752095--29752174	13	6.1	13	82	2	88	30	8	25	36	1.86
29754754--29754891	60	2.3	60	93	0	231	33	25	16	24	1.96
29756932--29757059	46	2.8	46	91	1	195	28	28	22	20	1.98
29759435--29759523	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
29759435--29759517	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
29759446--29759523	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
29760182--29760229	23	2.1	23	96	0	87	29	25	0	45	1.53
29762443--29762614	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
29762436--29762610	46	3.8	46	81	10	214	28	30	21	19	1.98
29771652--29771784	50	2.6	51	83	1	160	24	17	27	30	1.97
29778702--29778847	40	3.7	40	80	9	172	27	27	20	24	1.99
29785442--29785626	40	4.6	41	93	2	297	26	27	22	23	1.99
29788297--29788434	28	5.0	28	84	2	174	36	20	22	21	1.95
29792011--29792084	38	1.9	38	94	0	130	35	13	29	21	1.92
29795483--29795529	16	3.1	15	82	11	53	46	6	0	46	1.28
29796234--29796313	40	2.0	40	95	0	142	25	32	2	40	1.69
29796379--29796442	25	2.5	25	80	14	69	32	3	3	60	1.28
29801253--29801375	43	2.9	42	80	1	138	31	29	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29805415--29805463	22	2.2	23	82	17	68	53	20	0	26	1.46
29807095--29807132	16	2.3	17	95	4	69	71	0	23	5	1.07
29809310--29809519	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
29821093--29821302	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
29833323--29833347	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29835702--29836125	27	15.7	27	84	5	482	28	21	8	41	1.83
29835702--29836126	54	7.9	54	85	2	534	28	21	8	40	1.83
29835702--29836124	81	5.2	81	84	5	534	28	21	8	40	1.83
29837445--29837501	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
29837443--29837513	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
29837454--29837508	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
29837558--29837723	24	7.1	23	93	4	271	28	22	20	28	1.98
29837557--29837745	24	8.0	23	90	5	265	28	22	21	28	1.99
29837556--29837723	47	3.6	47	91	4	277	28	22	20	28	1.98
29837558--29837744	93	2.0	95	91	4	308	27	22	21	28	1.99
29840837--29841257	27	15.6	27	84	3	526	27	21	9	41	1.84
29842579--29842635	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
29842577--29842647	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
29842588--29842642	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
29842694--29842860	23	7.1	23	93	2	262	29	22	19	28	1.98
29842693--29842882	24	8.0	23	90	4	256	29	22	20	27	1.98
29842694--29842881	47	4.0	46	88	5	252	28	22	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29847289--29847434	35	4.2	35	91	0	238	30	11	25	32	1.91
29847289--29847450	70	2.3	70	92	0	279	30	11	25	33	1.90
29850309--29850664	180	2.0	180	88	3	538	30	19	8	40	1.83
29852739--29852947	53	3.9	53	79	4	213	21	22	18	37	1.94
29852926--29853047	47	2.6	47	96	0	217	25	25	13	35	1.93
29853185--29853269	44	1.9	44	85	4	118	24	24	14	36	1.93
29854689--29855390	50	13.9	50	76	3	629	30	26	17	25	1.97
29854700--29855389	101	6.8	100	76	3	578	30	26	17	25	1.97
29854692--29855390	151	4.6	151	88	1	1031	30	26	17	25	1.97
29855388--29855470	42	2.0	42	97	0	157	38	20	12	28	1.88
29861692--29861814	35	3.5	35	87	0	183	30	9	26	34	1.88
29863463--29863548	37	2.3	37	93	0	145	26	32	18	22	1.97
29864974--29865126	39	3.9	39	89	0	216	22	30	22	24	1.99
29872985--29873127	39	3.7	39	95	1	252	23	32	20	23	1.98
29874830--29874962	48	2.8	48	91	0	212	30	27	6	35	1.81
29879024--29879129	42	2.5	42	86	6	135	33	23	14	29	1.94
29886527--29886724	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
29886593--29886710	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
29886561--29886724	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
29888249--29888432	40	4.6	40	77	6	140	22	24	29	23	1.99
29890178--29890323	50	2.9	50	91	0	229	29	15	24	30	1.96
29890181--29890341	50	3.2	50	89	1	225	29	16	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29890181--29890364	50	3.7	50	89	1	199	28	16	22	32	1.96
29893599--29893718	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
29895484--29895628	40	3.6	40	88	0	200	33	22	19	24	1.97
29905215--29905353	28	5.1	28	75	20	91	64	0	2	32	1.14
29905215--29905277	32	1.9	33	87	9	94	61	0	3	34	1.12
29905242--29905353	26	4.3	26	79	14	126	64	0	2	32	1.14
29905242--29905352	14	8.4	14	74	16	94	63	0	2	32	1.14
29905284--29905327	19	2.3	18	81	11	52	63	2	2	31	1.19
29905215--29905352	54	2.5	54	74	17	131	63	0	2	32	1.14
29905396--29905431	16	2.3	16	90	4	56	63	0	0	36	0.94
29905387--29905440	24	2.2	25	86	3	74	66	0	0	33	0.92
29906953--29907710	44	17.2	44	85	1	768	28	25	13	32	1.94
29919678--29919807	7	19.9	7	69	23	54	63	0	3	33	1.16
29919669--29919734	29	2.3	28	78	19	73	63	0	3	33	1.10
29919669--29919731	32	1.9	33	87	9	94	61	0	3	34	1.12
29919695--29919809	12	9.1	12	74	14	97	65	0	2	31	1.12
29919696--29919809	26	4.5	26	80	14	130	64	0	2	31	1.13
29919696--29919809	14	8.9	14	70	19	88	64	0	2	31	1.13
29919848--29919883	16	2.3	16	90	4	56	63	0	0	36	0.94
29919839--29919892	24	2.2	25	86	3	74	66	0	0	33	0.92
29921364--29921517	29	5.5	29	73	13	106	22	25	11	40	1.87
29934653--29934825	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29934856--29934939	28	3.2	28	68	25	83	26	15	28	29	1.96
29936515--29936604	26	3.5	26	93	0	144	31	6	24	37	1.81
29938224--29938336	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
29938222--29938336	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
29951509--29951541	15	2.1	16	88	5	50	33	0	12	54	1.37
29964845--29964924	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
29964896--29965070	43	4.1	42	88	3	246	13	23	32	30	1.93
29964896--29965070	85	2.1	84	88	3	253	13	23	32	30	1.93
29968532--29968809	48	5.9	48	79	10	313	28	25	20	25	1.99
29970703--29970909	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
29978439--29978645	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
29981959--29982131	46	3.7	46	79	10	199	22	21	26	29	1.99
29981956--29982126	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
29985611--29985738	39	3.3	39	82	1	168	32	20	25	21	1.98
29991133--29991300	40	4.2	40	76	3	149	25	28	20	25	1.99
29996708--29996802	39	2.4	39	80	0	118	31	21	25	22	1.98
29997890--29997957	26	2.6	26	85	0	82	23	27	25	23	2.00
30004891--30005011	43	2.8	43	84	2	136	24	17	27	30	1.97
30012696--30012862	43	3.9	42	78	9	160	28	14	26	31	1.95
30012694--30012858	86	1.9	84	80	6	188	27	14	26	31	1.95
30022165--30022228	33	1.9	33	100	0	128	43	29	10	15	1.81
30028073--30028130	30	1.9	30	85	0	80	32	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30042979--30043117	42	3.3	42	79	0	143	30	28	13	27	1.94
30042998--30043133	42	3.2	42	79	4	123	30	25	13	30	1.94
30043105--30043870	257	3.0	257	97	1	1451	36	24	10	27	1.89
30043822--30043915	45	2.0	46	93	6	163	47	21	5	25	1.71
30043573--30044161	294	2.0	291	92	6	983	38	24	9	27	1.87
30053624--30053806	67	2.8	64	79	8	210	28	16	30	23	1.97
30055106--30055792	342	2.0	342	97	2	1299	30	14	22	32	1.94
30058343--30058514	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
30058367--30058550	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
30073460--30073549	23	3.9	22	76	15	83	24	23	17	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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