genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  124  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36568833--36569141	94	3.3	94	77	10	294	25	19	29	24	1.98
36568924--36569183	47	5.5	47	73	14	160	26	18	29	25	1.98
36569937--36570055	55	2.2	55	85	5	161	22	26	26	24	2.00
36572381--36572414	13	2.6	13	85	0	50	23	50	17	8	1.74
36575595--36575757	71	2.3	71	97	1	310	33	18	28	19	1.95
36580301--36580463	71	2.3	70	98	1	317	34	17	28	19	1.94
36587832--36587995	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
36590168--36590290	43	2.9	42	78	7	149	31	13	24	30	1.94
36599801--36599942	57	2.5	57	80	5	162	31	21	17	28	1.96
36605020--36605089	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
36605020--36605101	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
36606819--36606867	24	2.0	24	96	0	89	40	16	6	36	1.73
36615934--36615963	15	1.9	16	93	6	53	26	0	46	26	1.53
36622273--36622542	46	5.8	48	72	14	165	28	19	28	23	1.98
36624874--36625179	46	6.5	46	74	11	221	28	18	28	24	1.98
36626229--36626270	22	2.0	22	95	4	77	9	45	28	16	1.79
36630002--36630061	31	2.0	30	90	3	93	21	33	36	8	1.84
36630009--36630073	31	2.1	31	85	0	85	24	35	30	9	1.87
36633961--36634490	47	11.3	47	91	0	844	27	29	9	34	1.87
36637842--36637906	29	2.3	29	83	2	78	27	24	3	44	1.68
36639119--36639154	17	2.1	17	100	0	72	5	30	5	58	1.44
36644864--36644944	31	2.6	32	81	13	89	23	12	11	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36648448--36648505	29	2.1	27	83	6	71	37	0	5	56	1.21
36654666--36654856	58	3.2	59	93	2	312	36	14	24	25	1.93
36654696--36654856	88	1.8	87	97	1	304	37	14	24	24	1.92
36654696--36654856	29	5.5	29	97	1	304	37	14	24	24	1.92
36662266--36662397	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36662236--36662397	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
36662266--36662397	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36664131--36664162	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
36675252--36675383	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36675222--36675383	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
36675252--36675383	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
36679695--36679811	43	2.7	43	83	6	157	29	21	13	35	1.92
36686760--36686941	40	4.5	39	77	10	136	28	15	23	33	1.95
36686760--36686941	80	2.3	79	77	8	188	28	15	23	33	1.95
36689308--36689507	27	7.4	27	87	0	274	34	19	21	24	1.96
36690254--36690285	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
36691827--36692092	48	5.5	48	87	2	365	26	29	17	26	1.97
36693522--36693696	46	3.8	45	75	12	160	21	20	29	29	1.98
36693519--36693689	93	1.8	93	88	2	263	21	20	29	29	1.98
36696414--36696726	47	6.8	45	71	15	183	21	29	21	28	1.98
36696366--36696723	94	3.8	93	81	10	394	21	28	20	29	1.98
36696366--36696726	141	2.6	140	78	9	360	21	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36697243--36697310	33	2.1	33	100	0	136	25	17	17	39	1.91
36698941--36698987	4	11.0	4	82	13	58	55	0	21	23	1.44
36698937--36698987	13	3.9	13	94	0	93	56	0	19	23	1.42
36706086--36706144	24	2.5	24	88	0	91	30	20	16	32	1.95
36713395--36713689	148	2.0	148	93	1	511	39	16	23	20	1.92
36720726--36720777	19	2.7	19	78	0	59	46	11	21	21	1.82
36720899--36720958	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
36720955--36720982	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36721298--36721894	27	22.1	27	86	2	725	40	7	22	29	1.81
36721887--36722043	27	5.8	27	82	4	165	28	8	24	38	1.85
36721894--36722043	54	2.8	54	82	4	194	28	8	23	39	1.84
36721891--36722062	54	3.2	52	75	9	166	27	10	23	37	1.88
36722027--36722107	27	3.0	27	79	0	81	28	17	19	34	1.95
36721899--36722047	81	1.8	81	82	5	194	28	9	22	39	1.85
36734306--36734351	23	2.0	22	83	4	56	52	8	4	34	1.52
36742780--36742821	22	1.9	22	85	9	59	38	4	0	57	1.20
36746970--36747188	40	5.4	40	86	2	260	26	23	26	23	2.00
36746970--36747188	120	1.8	121	85	3	307	26	23	26	23	2.00
36747131--36747214	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
36746968--36747214	80	3.1	80	80	1	181	26	23	26	23	2.00
36755048--36755265	40	5.5	39	85	5	249	26	23	26	23	2.00
36755048--36755265	120	1.8	120	85	4	305	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36755208--36755291	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
36755046--36755291	80	3.1	80	81	2	190	26	23	26	23	2.00
36762218--36762251	17	1.9	18	94	5	61	52	5	5	35	1.50
36764486--36764533	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
36768162--36768243	41	2.0	41	97	0	155	42	0	15	41	1.47
36768179--36768244	21	3.2	21	71	4	71	42	0	13	43	1.44
36768572--36768629	24	2.5	23	80	5	71	18	25	13	41	1.88
36780479--36780506	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
36780504--36780577	4	18.5	4	91	0	121	47	22	2	27	1.65
36801017--36801068	26	2.0	27	85	11	72	42	9	9	38	1.70
36803896--36804006	42	2.6	43	77	7	111	28	24	19	27	1.99
36810538--36810662	27	4.6	27	85	0	178	36	19	20	24	1.95
36810537--36810662	54	2.3	54	90	0	198	36	19	19	24	1.95
36810666--36810717	27	1.9	27	84	0	68	25	17	19	38	1.93
36812992--36813061	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
36812992--36813073	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
36818713--36818751	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
36820695--36820732	19	2.0	19	89	0	58	34	23	10	31	1.89
36823144--36823195	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
36828190--36828233	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
36829227--36829472	45	5.5	45	84	0	305	34	26	14	23	1.94
36837507--36837674	45	3.7	44	83	1	183	35	26	16	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36837507--36837674	90	1.9	90	85	0	237	35	26	16	22	1.94
36838765--36838793	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
36842125--36842290	42	3.9	42	77	4	138	30	24	13	31	1.93
36848716--36848933	40	5.5	40	90	2	325	23	23	27	24	2.00
36851285--36851416	64	2.1	64	97	1	248	41	21	4	32	1.73
36855435--36855519	42	2.0	42	100	0	170	28	4	18	48	1.68
36859103--36859312	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
36861733--36861771	19	2.2	17	86	9	51	43	0	12	43	1.42
36866721--36866754	16	2.1	16	88	5	50	32	14	0	52	1.42
36866974--36867239	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
36867152--36867227	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
36869378--36869429	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
36871725--36871878	42	3.6	42	83	5	195	31	16	22	30	1.95
36871724--36871878	85	1.8	84	84	6	215	30	16	22	30	1.96
36871719--36871897	85	2.1	84	78	9	202	29	15	23	31	1.95
36873727--36874043	47	6.7	48	73	15	236	27	19	29	23	1.98
36873775--36874044	96	2.8	95	82	9	302	27	19	29	24	1.98
36873775--36873997	92	2.3	92	85	6	277	26	18	30	24	1.98
36880170--36880233	33	2.0	32	87	3	92	35	18	23	21	1.95
36882884--36882943	27	2.3	26	82	2	66	33	21	23	21	1.97
36884287--36884622	181	1.9	182	94	0	593	35	30	10	23	1.89
36886028--36886103	37	2.1	37	94	0	134	25	10	22	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36888970--36889003	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
36889448--36889609	42	3.8	42	82	4	193	30	14	24	30	1.95
36889448--36889609	85	1.9	84	85	6	220	30	14	24	30	1.95
36896119--36896155	14	2.6	14	91	0	56	64	0	2	32	1.07
36896740--36896790	25	2.1	24	85	10	68	49	0	11	39	1.40
36899573--36899630	28	2.1	28	100	0	116	27	20	10	41	1.85
36910260--36910419	81	1.9	83	91	5	261	53	9	13	24	1.69
36910697--36910739	16	2.6	17	85	7	54	44	0	2	53	1.13
36910697--36910736	17	2.5	16	84	11	55	42	0	2	55	1.13
36911148--36911229	42	1.9	42	82	7	103	52	2	8	36	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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