genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.352.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  352  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109871971--109872041	18	3.8	19	81	5	65	35	16	22	25	1.95
109871987--109872045	19	3.2	19	85	4	84	30	18	25	25	1.98
109872379--109872551	81	2.1	81	89	2	258	38	20	12	27	1.89
109872379--109872531	27	5.7	27	92	1	245	37	21	13	26	1.91
109872666--109872699	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
109876831--109876912	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
109878509--109878637	27	4.8	28	79	12	144	20	23	20	34	1.96
109878506--109878611	54	2.0	54	96	0	194	19	23	22	33	1.97
109878507--109878631	54	2.3	54	90	0	187	19	24	21	35	1.96
109880154--109880224	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
109880154--109880247	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
109881643--109881754	27	4.2	26	84	7	125	14	25	24	36	1.93
109881643--109881754	54	2.1	54	84	3	145	14	25	24	36	1.93
109888664--109888954	24	12.1	24	97	0	510	36	25	18	20	1.95
109896724--109897014	24	12.1	24	97	0	510	36	25	18	20	1.95
109899329--109899399	24	3.0	24	93	0	115	36	1	38	23	1.64
109899329--109899422	48	1.9	48	81	10	111	36	4	37	22	1.74
109900815--109900926	27	4.1	27	83	7	129	14	24	23	38	1.92
109900815--109900926	54	2.1	54	89	3	172	14	24	23	38	1.92
109905932--109905984	26	2.2	24	83	12	65	39	3	22	33	1.72
109905939--109905994	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
109907526--109907868	41	8.3	41	88	2	474	37	24	18	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109914407--109914748	41	8.3	41	91	3	510	37	24	19	18	1.94
109916045--109916122	26	3.0	26	92	0	138	17	10	30	41	1.83
109917761--109917909	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
109917802--109917909	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
109925878--109926026	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
109925919--109926026	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
109931881--109932047	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
109931897--109932047	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
109939122--109939176	27	2.0	27	100	0	110	21	21	25	30	1.98
109943329--109943591	39	6.6	39	86	4	325	26	28	20	23	1.99
109946072--109946189	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
109946040--109946203	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
109952830--109953050	80	2.8	80	91	4	342	25	22	27	24	2.00
109952830--109953017	40	4.7	40	92	3	317	24	22	27	25	2.00
109955609--109955638	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
109956450--109956485	16	2.3	16	90	4	56	8	0	30	61	1.26
109956481--109956514	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
109956481--109956517	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
109957162--109957735	79	7.0	83	71	15	286	36	18	16	27	1.93
109957330--109957391	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
109957535--109957874	72	4.6	71	82	6	365	32	19	17	29	1.95
109957902--109958356	73	5.9	74	70	17	251	30	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109957729--109958356	166	3.9	163	88	6	876	31	21	17	28	1.96
109957163--109958356	316	3.7	307	76	16	877	33	20	17	28	1.95
109958068--109958356	73	3.9	73	88	4	443	30	24	17	28	1.97
109958325--109958430	54	1.9	54	87	9	153	37	18	15	28	1.91
109958284--109958749	140	3.6	131	87	6	557	37	21	15	25	1.93
109958421--109958761	126	2.8	124	88	3	483	39	21	14	24	1.90
109958640--109958814	71	2.5	70	85	3	219	34	22	14	28	1.93
109968575--109968618	17	2.5	17	85	3	61	6	2	25	65	1.28
109968609--109968643	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
109973094--109973229	41	3.3	41	85	1	184	25	29	12	33	1.92
109973106--109973171	20	3.2	20	66	19	55	21	31	12	34	1.90
109978647--109978714	34	2.0	34	100	0	136	29	5	17	47	1.71
109981284--109981316	11	3.3	10	88	12	50	57	0	9	33	1.30
109983440--109983578	27	5.2	26	84	6	161	37	22	23	16	1.94
109985574--109985757	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
109985614--109985802	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
109987832--109987882	25	2.1	24	92	3	84	23	37	3	35	1.74
109987832--109987890	25	2.4	25	86	8	68	22	40	3	33	1.70
109994145--109994256	27	4.2	26	84	7	134	37	22	23	16	1.94
109994145--109994256	54	2.1	54	89	3	172	37	22	23	16	1.94
109995566--109995624	25	2.4	24	77	5	64	22	35	3	38	1.71
109998543--109998709	43	3.9	42	73	6	138	32	23	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109998548--109998709	86	1.9	84	86	6	227	32	22	16	27	1.96
110001503--110001550	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
110001594--110001651	20	3.0	20	94	2	100	36	10	20	32	1.87
110001598--110001651	11	5.3	11	70	17	53	37	11	20	31	1.88
110001702--110001843	24	6.0	24	89	5	209	28	21	22	27	1.99
110001702--110001843	47	3.0	47	90	6	207	28	21	22	27	1.99
110002033--110002096	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
110009593--110009640	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
110009684--110009742	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
110009688--110009742	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
110009792--110009932	23	6.0	24	87	7	200	28	21	22	27	1.99
110010123--110010186	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
110014149--110014202	26	2.1	26	100	0	108	37	20	3	38	1.70
110016053--110016236	40	4.6	39	75	6	138	26	24	27	21	1.99
110016093--110016281	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
110016755--110016921	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
110024761--110024927	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
110026784--110027043	39	6.6	40	85	7	345	24	21	28	26	1.99
110029887--110030074	40	4.7	40	88	3	290	25	27	22	25	2.00
110029854--110030074	80	2.8	79	89	4	313	24	26	22	26	2.00
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110041628--110041753	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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