genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  297  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92979004--92979163	86	1.9	87	81	6	200	16	23	18	40	1.91
92978938--92979149	108	1.9	110	79	5	234	17	23	17	40	1.91
92982288--92982470	39	4.6	39	86	0	231	23	30	21	24	1.99
92987164--92987325	71	2.3	72	84	3	220	35	19	25	19	1.95
92993072--92993242	39	4.4	39	85	0	225	22	30	22	24	1.99
92995377--92995411	17	2.1	17	89	10	54	17	0	2	80	0.84
92996028--92996058	13	2.4	13	94	0	53	22	48	22	6	1.73
92996222--92996267	21	2.2	21	96	0	83	23	47	10	17	1.79
92996560--92996602	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
92996777--92997021	92	2.7	92	87	0	346	24	23	20	31	1.98
93005944--93006089	31	4.7	31	92	0	240	22	25	17	34	1.96
93006311--93006380	25	2.8	26	89	6	108	25	22	24	27	2.00
93006511--93006558	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
93008522--93008552	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
93008262--93009852	796	2.0	794	97	0	3040	37	21	11	28	1.89
93012102--93012201	43	2.3	43	75	19	100	30	29	16	25	1.96
93015640--93015824	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
93015633--93015824	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
93022948--93023176	24	9.6	24	97	0	372	35	25	17	20	1.95
93030718--93030948	24	9.6	24	98	0	372	35	25	18	20	1.95
93033447--93033519	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
93041459--93041559	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93045637--93045694	28	2.1	28	96	0	107	24	17	22	36	1.95
93047213--93047456	40	6.1	40	90	2	350	26	27	23	22	1.99
93049096--93049194	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
93062141--93062312	93	1.8	93	96	0	317	27	30	20	20	1.98
93062133--93062308	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
93064697--93064746	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
93064708--93064755	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
93066284--93066465	40	4.5	40	88	0	238	26	23	26	24	2.00
93066280--93066510	80	2.9	80	83	0	255	26	23	26	22	2.00
93066280--93066510	40	5.8	40	83	4	214	26	23	26	22	2.00
93081090--93081134	11	4.4	11	78	13	51	35	13	17	33	1.89
93081084--93081134	9	5.1	10	77	13	52	35	11	17	35	1.87
93081184--93081279	26	3.8	26	86	5	110	28	22	21	27	1.99
93081499--93081582	31	2.7	31	88	1	125	32	16	26	25	1.96
93084324--93084574	40	6.4	39	84	5	283	25	27	22	25	2.00
93084314--93084574	79	3.3	80	82	7	293	24	27	22	25	2.00
93084351--93084575	119	1.9	119	86	1	326	24	27	23	24	2.00
93086807--93086847	20	2.0	21	86	13	59	56	7	4	31	1.48
93092088--93092268	41	4.4	40	79	5	175	38	22	18	21	1.94
93092089--93092276	82	2.3	82	82	9	231	38	21	18	21	1.93
93093917--93093970	27	2.0	27	100	0	108	29	11	18	40	1.85
93108339--93108367	12	2.3	13	94	5	51	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93118398--93118447	23	2.2	23	100	0	100	32	8	20	40	1.81
93120072--93120115	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
93120232--93120322	42	2.1	43	89	2	139	29	26	14	29	1.95
93124650--93124719	27	2.6	27	93	2	113	28	28	14	28	1.95
93126551--93126713	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
93134084--93134246	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
93142722--93142791	27	2.6	27	93	2	113	28	28	14	28	1.95
93145608--93145762	39	3.9	40	87	0	206	21	19	32	26	1.97
93145608--93145762	79	2.0	79	84	2	204	21	19	32	26	1.97
93150111--93150198	28	3.2	28	79	9	92	37	21	25	15	1.93
93151431--93151485	18	3.1	18	76	5	58	65	0	30	3	1.10
93156673--93156726	27	2.0	28	82	7	67	29	16	20	33	1.95
93156858--93156899	18	2.3	18	80	8	50	28	42	19	9	1.82
93160469--93160600	56	2.4	56	90	0	201	35	23	11	29	1.90
93166342--93166404	15	4.2	15	79	0	81	14	17	14	53	1.72
93169884--93169921	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
93171541--93171606	28	2.4	28	92	2	107	43	25	9	21	1.81
93173875--93174082	40	5.2	40	82	2	202	25	22	25	25	2.00
93173877--93174082	80	2.6	80	82	3	227	25	22	26	25	2.00
93181243--93181435	39	4.9	39	88	0	233	24	31	20	23	1.98
93181273--93181435	39	4.2	39	91	0	245	25	31	19	23	1.98
93193981--93194036	28	2.0	28	96	0	103	50	19	14	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93194233--93194279	23	2.0	23	100	0	94	40	8	25	25	1.84
93201296--93201407	27	4.1	27	81	10	122	16	24	21	37	1.94
93201296--93201407	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
93206831--93206934	29	3.6	29	76	5	86	24	17	33	25	1.96
93214606--93214736	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
93214606--93214794	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
93222965--93223041	38	2.0	38	100	0	118	54	7	5	32	1.51
93226639--93226682	23	1.9	23	81	9	54	61	9	2	27	1.38
93226878--93226948	36	2.0	36	91	0	115	29	16	23	29	1.97
93226820--93227186	37	10.2	36	72	10	250	31	14	18	34	1.92
93226824--93227186	73	5.1	73	73	7	287	31	14	19	34	1.92
93231788--93231821	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
93232155--93232189	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
93232180--93232212	5	6.8	5	96	3	59	42	0	0	57	0.98
93235724--93235754	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
93235721--93235760	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
93235993--93236193	108	1.8	110	87	2	298	23	23	16	35	1.95
93235993--93236200	55	3.8	53	78	8	197	23	24	16	36	1.94
93243058--93243252	54	3.6	53	82	5	214	22	25	17	34	1.95
93250747--93250798	28	1.9	26	88	7	77	55	3	17	23	1.58
93251548--93251708	50	3.2	51	71	10	143	28	9	20	40	1.84
93254844--93254894	25	2.0	25	100	0	102	21	15	7	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93257990--93258180	40	4.8	40	88	2	251	23	29	24	23	1.99
93261165--93261380	46	4.6	46	82	11	251	27	19	30	21	1.98
93261162--93261380	94	2.3	94	85	9	279	27	20	30	21	1.98
93262444--93262490	22	2.2	21	81	7	51	55	19	4	21	1.60
93263496--93263557	29	2.2	29	85	2	81	29	29	16	25	1.96
93263792--93263842	24	2.1	24	82	7	59	9	19	15	54	1.68
93271105--93271204	29	3.5	29	79	6	114	27	29	16	28	1.97
93271741--93271779	13	3.0	13	88	0	60	17	25	38	17	1.92
93278494--93278684	40	4.8	40	80	7	194	24	23	28	23	2.00
93278494--93278677	79	2.3	82	83	8	229	24	23	27	23	2.00
93281919--93282067	40	3.7	40	80	8	115	22	25	24	28	1.99
93281968--93282157	40	4.8	40	83	3	213	24	26	23	25	2.00
93281967--93282154	78	2.4	81	80	7	213	23	27	22	26	2.00
93288463--93288491	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
93293881--93293911	14	2.2	14	94	0	53	3	9	0	87	0.66
93293879--93293916	20	1.9	20	88	0	58	5	10	0	84	0.77
93296807--93296835	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
93306584--93306613	14	2.1	14	93	0	51	56	20	0	23	1.42
93308055--93308149	34	2.8	34	93	3	156	32	26	20	21	1.97
93308516--93308612	28	3.5	28	90	4	144	20	8	24	46	1.78
93309246--93309318	27	2.7	27	84	0	101	30	9	21	38	1.86
93309302--93309372	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93312703--93312727	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
93313444--93313761	47	6.7	46	73	12	191	25	20	30	23	1.98
93333517--93333708	40	4.8	40	77	6	176	25	22	27	25	2.00
93333517--93333708	79	2.4	81	80	6	196	25	22	27	25	2.00
93338643--93338793	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
93338603--93338793	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
93346617--93346807	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
93346657--93346807	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
93350678--93350869	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
93350678--93350869	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438