genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.416.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  416  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129138989--129139045	23	2.4	22	82	11	60	71	3	3	21	1.15
129139137--129139205	32	2.2	32	91	0	111	47	18	5	27	1.71
129140425--129140466	19	2.2	19	87	8	59	71	2	0	26	0.98
129146419--129146590	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
129146412--129146587	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
129151011--129151061	23	2.2	23	86	6	68	41	1	1	54	1.22
129151023--129151073	23	2.3	23	83	6	70	37	0	1	60	1.08
129154614--129154923	46	6.7	46	91	0	431	21	24	14	39	1.91
129156081--129156397	46	6.9	46	89	0	400	22	23	13	40	1.90
129157558--129157874	46	6.9	46	88	0	391	22	23	13	39	1.90
129159035--129159354	46	7.0	46	87	0	388	22	23	15	39	1.91
129160522--129160783	46	5.7	46	87	0	326	21	24	14	40	1.90
129160510--129160783	92	3.0	92	87	0	377	21	23	14	40	1.91
129161573--129161892	46	7.0	46	90	0	406	20	23	15	39	1.91
129166013--129166240	46	5.0	46	88	0	303	20	23	14	40	1.90
129167393--129167755	46	7.9	46	91	0	483	22	23	15	39	1.91
129168916--129169231	46	7.0	46	89	2	406	21	24	15	39	1.91
129171377--129171413	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
129183883--129184031	78	1.9	80	81	8	182	22	22	24	30	1.99
129183884--129184031	38	3.8	38	80	5	127	22	22	24	29	1.99
129190653--129190875	111	2.0	111	91	0	356	26	16	26	30	1.96
129193582--129193696	25	4.6	25	82	3	126	33	23	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129193606--129193735	25	5.3	24	79	9	111	30	23	27	18	1.97
129194446--129194484	18	2.2	18	95	0	69	82	10	0	7	0.86
129207295--129207445	53	2.8	53	78	9	144	41	19	25	13	1.88
129209285--129209455	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
129209277--129209457	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
129211831--129211919	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
129211831--129211910	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
129211842--129211919	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
129214858--129215029	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
129214850--129215025	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
129217570--129217604	14	2.5	15	86	13	56	51	5	0	42	1.25
129219645--129219930	136	2.1	137	97	0	538	31	23	19	25	1.98
129221714--129221794	26	3.1	26	96	0	144	35	25	6	32	1.81
129223863--129223944	3	27.0	3	75	11	69	25	3	1	69	1.12
129223855--129223945	26	3.8	25	80	17	97	24	4	2	69	1.18
129233467--129233583	43	2.8	43	77	12	125	24	17	25	32	1.96
129237865--129238195	174	1.9	175	83	7	433	42	11	5	40	1.64
129239221--129239270	23	2.1	24	85	10	68	68	2	6	24	1.23
129240875--129240985	45	2.5	45	85	2	143	35	21	12	30	1.91
129240872--129241858	44	21.5	44	72	10	319	30	20	16	33	1.94
129241084--129241271	96	1.9	96	87	5	272	31	15	14	38	1.88
129241083--129241273	52	3.8	51	73	12	173	31	15	14	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129241092--129241315	96	2.3	96	81	7	260	31	17	16	35	1.92
129241242--129241858	44	13.6	44	75	9	442	29	20	16	32	1.95
129241242--129241858	89	6.8	89	76	8	519	29	20	16	32	1.95
129241288--129241541	139	1.8	139	83	5	343	30	22	16	30	1.96
129241243--129241585	183	1.9	183	83	1	445	30	21	17	31	1.96
129244713--129244806	40	2.3	40	98	0	179	34	26	18	21	1.96
129256882--129256981	44	2.2	45	85	1	130	28	23	19	30	1.98
129257034--129257159	44	2.8	44	77	3	128	23	21	19	35	1.96
129256910--129257964	178	5.9	178	88	0	1477	25	26	18	29	1.98
129257591--129257693	44	2.3	44	83	5	127	26	28	18	27	1.98
129258904--129258989	18	4.7	18	82	1	100	40	13	9	36	1.77
129258904--129258992	36	2.4	37	83	1	126	39	14	10	35	1.80
129259117--129259223	47	2.3	47	88	3	153	42	22	17	16	1.88
129259211--129259238	6	4.7	6	100	0	56	53	17	14	14	1.73
129259264--129259288	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
129259408--129259445	16	2.4	16	84	16	53	36	7	0	55	1.29
129259413--129259461	20	2.4	21	76	10	66	32	6	0	61	1.21
129261019--129261081	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
129261199--129261254	5	11.0	5	92	7	87	57	0	0	42	0.99
129263249--129263336	44	2.0	44	100	0	176	31	22	11	34	1.90
129265868--129265987	25	4.8	25	91	0	195	26	22	25	25	2.00
129266192--129266432	27	9.0	27	84	6	285	25	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129266194--129266436	81	3.0	81	87	3	323	25	20	17	36	1.94
129266421--129266547	27	4.7	27	78	2	112	31	8	20	39	1.83
129266424--129266524	27	3.7	27	82	2	114	32	8	18	39	1.82
129266421--129266547	55	2.4	54	81	2	139	31	8	20	39	1.83
129266540--129266668	27	4.8	27	91	0	204	38	7	23	30	1.83
129266531--129266711	81	2.2	81	80	1	202	34	7	24	33	1.83
129266650--129266712	27	2.3	26	76	7	63	30	7	23	38	1.84
129268599--129268684	18	4.7	18	72	1	64	38	12	10	38	1.78
129268599--129268687	36	2.4	37	77	1	99	37	13	11	38	1.81
129268812--129268915	47	2.2	47	82	3	129	44	20	16	19	1.87
129269104--129269141	16	2.4	16	84	16	53	36	7	0	55	1.29
129269109--129269157	20	2.4	21	76	10	66	32	6	0	61	1.21
129270712--129270774	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
129272936--129272975	21	2.0	20	90	5	62	15	10	0	75	1.05
129278136--129278162	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
129278257--129278294	14	2.6	16	84	16	55	57	2	7	31	1.41
129280084--129280127	20	2.2	20	95	0	79	25	15	45	13	1.83
129280847--129280885	13	2.8	13	84	7	51	79	5	2	12	1.00
129283224--129283258	17	2.1	17	100	0	70	11	22	11	54	1.68
129284810--129284900	3	30.7	3	70	14	55	70	2	3	24	1.14
129287198--129287224	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
129291426--129291450	13	1.9	13	100	0	50	16	36	0	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129291580--129291608	15	1.9	15	100	0	58	13	0	6	79	0.93
129293375--129293516	24	5.8	24	70	12	92	22	25	19	33	1.97
129293944--129294003	27	2.2	28	96	3	113	26	13	10	50	1.73
129295930--129295973	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
129295997--129296033	16	2.3	16	85	0	56	54	0	2	43	1.14
129298227--129298298	33	2.2	33	83	11	87	51	18	5	25	1.67
129298675--129298852	89	2.0	89	100	0	356	21	19	19	40	1.92
129300297--129300770	44	10.2	44	67	14	154	28	19	25	27	1.98
129300324--129300964	89	6.9	89	70	12	238	29	18	24	27	1.98
129300360--129300824	143	3.3	143	88	2	670	29	19	24	27	1.98
129300648--129301060	45	8.9	45	71	9	269	30	18	23	26	1.98
129300648--129301060	185	2.2	185	89	2	648	30	18	23	26	1.98
129300883--129301098	97	2.2	97	85	2	283	30	16	23	29	1.96
129302656--129302690	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
129302782--129302846	28	2.4	28	89	7	98	16	3	9	70	1.26
129302971--129303000	14	2.1	14	100	0	60	33	6	13	46	1.69
129304024--129304062	14	2.8	14	92	0	60	30	20	10	38	1.86
129304528--129304642	51	2.3	50	92	3	185	37	9	12	40	1.75
129305040--129305069	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
129307324--129307418	25	3.8	25	81	4	102	30	22	25	22	1.99
129308831--129308888	3	18.7	3	78	7	62	67	1	5	25	1.21
129308943--129308988	4	11.5	4	85	0	56	67	4	4	23	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129309829--129309858	15	2.1	14	93	6	51	23	0	0	76	0.78
129314069--129314132	25	2.6	25	82	5	85	15	39	15	29	1.89
129315931--129316029	26	3.9	26	76	8	98	22	26	19	32	1.97
129316527--129316556	15	2.0	15	100	0	60	33	0	20	46	1.51
129319022--129319139	56	2.1	58	88	4	177	31	18	8	41	1.80
129324018--129324085	25	2.7	25	81	0	82	30	19	27	22	1.97
129324130--129324197	25	2.7	25	80	11	77	30	22	25	22	1.99
129332794--129332834	19	2.2	19	86	4	57	9	9	19	60	1.55
129335308--129335338	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
129335765--129335795	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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