genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  280  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87599064--87599217	78	2.0	80	84	5	206	26	28	19	25	1.99
87603210--87603302	40	2.3	40	84	0	123	30	27	12	29	1.93
87605261--87605327	32	2.1	32	100	0	134	53	2	14	28	1.56
87620312--87620462	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
87620348--87620478	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
87628315--87628465	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
87628351--87628481	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
87636043--87636111	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
87637736--87637773	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
87642335--87642477	48	3.0	48	98	0	277	34	6	27	31	1.82
87642457--87642503	11	4.7	11	73	24	50	38	0	21	40	1.53
87642450--87642505	28	2.0	28	100	0	112	39	0	21	39	1.54
87642402--87642553	76	2.0	76	100	0	304	36	3	25	34	1.74
87642457--87642507	17	3.4	17	65	30	51	37	0	21	41	1.54
87642478--87642689	48	4.4	48	95	0	370	35	6	26	31	1.81
87642355--87642601	124	2.0	124	98	0	476	36	5	25	33	1.78
87642335--87642649	172	1.8	172	97	0	594	35	6	26	32	1.81
87642830--87642969	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
87645203--87645579	48	7.9	48	96	0	673	35	6	27	30	1.83
87645720--87645859	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
87646879--87647011	43	3.1	42	76	9	128	23	17	27	31	1.97
87646880--87647003	41	2.9	43	77	7	119	24	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87653655--87654018	48	7.6	48	75	7	283	27	17	29	25	1.97
87653655--87654024	96	3.9	96	81	3	413	28	16	28	25	1.97
87653655--87654017	144	2.5	143	78	7	335	27	16	29	25	1.97
87661273--87661733	48	9.6	48	77	7	393	27	19	29	23	1.98
87661260--87661733	144	3.3	140	84	5	565	27	19	29	24	1.98
87665235--87665265	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
87665805--87665901	41	2.3	43	77	14	101	25	15	26	31	1.96
87670458--87670964	48	10.8	48	88	6	770	35	6	26	31	1.82
87670603--87670684	37	2.2	37	100	0	164	35	7	25	31	1.84
87670998--87671131	37	3.6	37	96	0	250	26	17	31	24	1.97
87676719--87676812	40	2.3	41	81	1	109	28	15	24	30	1.96
87706098--87706228	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
87706098--87706228	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
87714116--87714197	25	3.3	25	77	6	85	32	18	20	28	1.96
87721495--87721544	24	2.1	24	100	0	100	20	16	16	48	1.82
87726861--87726963	37	2.8	37	84	0	134	23	30	19	27	1.98
87727104--87727340	48	4.9	48	95	0	411	31	27	6	35	1.82
87727310--87727644	47	7.1	47	91	0	501	26	28	11	34	1.91
87732808--87732856	23	2.1	23	82	14	57	20	8	4	67	1.34
87735650--87735681	14	2.3	14	94	0	55	43	21	6	28	1.77
87738993--87739040	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
87739088--87739143	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87739077--87739143	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
87739193--87739335	24	6.0	24	89	4	209	30	21	20	27	1.98
87739193--87739335	47	3.0	48	87	5	209	30	21	20	27	1.98
87740952--87741003	2	26.0	2	96	0	95	0	48	0	51	1.00
87745648--87745686	21	1.9	21	89	5	62	30	0	23	46	1.53
87751091--87751274	40	4.6	40	93	2	300	25	28	23	22	2.00
87756237--87756392	40	3.9	40	85	6	217	24	28	23	24	2.00
87759453--87759491	19	2.1	18	85	4	51	35	28	20	15	1.93
87760608--87760702	27	3.5	27	84	2	120	25	9	25	40	1.85
87760997--87761087	29	3.2	28	87	3	121	27	31	15	25	1.95
87763717--87763853	37	3.7	37	95	0	229	24	32	18	24	1.97
87763997--87764382	48	8.0	48	91	0	628	32	26	6	34	1.82
87771391--87771501	55	2.0	55	94	0	195	32	27	9	30	1.89
87790032--87790201	42	4.0	44	71	9	129	25	15	26	32	1.95
87797734--87797903	43	4.0	44	74	11	147	26	17	25	30	1.97
87800184--87800346	40	4.1	40	83	3	213	28	27	21	22	1.99
87803457--87803509	26	2.0	26	85	7	72	37	22	11	28	1.89
87810162--87810312	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
87810163--87810312	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
87810161--87810328	40	4.2	40	74	7	139	26	23	26	22	2.00
87810161--87810328	80	2.1	80	81	6	198	26	23	26	22	2.00
87817103--87817253	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87817140--87817269	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
87821345--87821495	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
87821346--87821495	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
87821344--87821511	40	4.2	40	74	7	139	26	23	26	22	2.00
87821344--87821511	80	2.1	80	81	6	198	26	23	26	22	2.00
87823789--87823897	43	2.6	42	82	7	139	32	29	16	22	1.96
87828011--87828081	37	1.9	37	100	0	142	22	33	22	21	1.97
87828009--87828095	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
87828164--87828476	49	6.4	49	94	1	540	30	27	7	33	1.86
87831888--87832273	40	9.6	40	90	0	502	27	25	19	28	1.98
87833937--87834037	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
87840604--87840640	18	2.1	18	94	0	65	67	27	0	5	1.12
87853711--87853853	43	3.3	43	86	1	198	34	24	13	27	1.93
87861374--87861472	43	2.3	42	83	8	119	34	23	16	26	1.95
87861376--87861496	43	2.8	44	81	5	113	33	21	15	28	1.94
87868769--87868860	29	3.2	29	92	6	145	32	11	22	32	1.91
87873960--87874029	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87884393--87884462	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
87884393--87884474	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
87887097--87887166	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87895023--87895092	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
87900741--87900840	28	3.5	29	94	5	170	29	12	27	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87905613--87905726	40	2.9	39	86	3	147	27	20	25	27	1.99
87906470--87906575	41	2.6	41	76	10	101	28	23	23	24	2.00
87909370--87909606	49	4.9	49	95	2	433	31	8	29	30	1.87
87909368--87909606	96	2.5	96	96	1	442	31	8	29	30	1.87
87909702--87909821	37	3.2	37	95	0	213	25	17	33	24	1.96
87916392--87916417	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
87917904--87918014	29	3.9	28	77	4	96	29	12	27	29	1.93
87919440--87919613	45	3.8	45	81	6	206	21	21	28	28	1.99
87922506--87922584	30	2.6	31	80	11	92	11	17	15	55	1.68
87922515--87922594	15	5.4	15	77	7	83	10	17	13	58	1.62
87924733--87924906	45	3.8	44	78	9	188	22	20	28	28	1.98
87936682--87936706	7	3.6	7	100	0	50	0	12	44	44	1.41
87938200--87938314	29	4.0	28	75	4	95	30	12	27	29	1.93
87950527--87950678	40	3.8	40	92	0	232	26	27	21	23	1.99
87959329--87959431	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
87971002--87971074	29	2.5	29	82	4	85	27	34	16	21	1.95
87973400--87973539	40	3.5	40	87	1	183	26	26	22	24	2.00
87975770--87975830	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
87986615--87986641	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
87988728--87988935	40	5.2	40	83	4	260	23	20	27	28	1.99
87988724--87988935	80	2.7	79	86	5	293	24	20	27	28	1.99
87990887--87990938	27	1.9	27	88	0	77	34	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87990939--87990980	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
87998081--87998148	25	2.7	24	80	13	57	35	1	1	61	1.14
87999843--87999918	37	2.1	37	100	0	152	42	5	11	40	1.64
88000969--88001008	18	2.2	18	90	0	62	52	2	0	45	1.14
88002777--88002943	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
88002777--88002943	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
88003765--88003810	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
88010776--88010942	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
88010776--88010942	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
88011766--88011811	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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