genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  322  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100814532--100814650	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
100814841--100814934	38	2.4	38	92	1	152	36	17	24	22	1.95
100816291--100816462	38	4.5	38	88	2	238	19	20	26	33	1.96
100821538--100821587	21	2.4	21	96	0	91	26	30	32	12	1.92
100822771--100822880	49	2.2	50	85	4	143	21	28	21	28	1.99
100822911--100823082	46	3.7	46	77	9	161	23	28	20	27	1.99
100825390--100825492	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
100833186--100833288	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
100841073--100841199	46	2.7	47	92	1	220	24	14	27	33	1.94
100849959--100850111	39	3.9	39	91	0	234	24	20	31	24	1.98
100849960--100850142	39	4.6	39	87	0	231	24	21	30	23	1.99
100853693--100853761	24	2.9	24	70	18	63	72	4	5	17	1.21
100854085--100854136	17	2.9	17	82	5	59	59	0	5	34	1.21
100854083--100854149	24	2.9	24	72	22	63	59	0	5	34	1.22
100854084--100854154	19	3.9	18	80	7	81	61	0	5	32	1.19
100855095--100855787	44	15.8	44	85	2	863	28	26	14	31	1.95
100858023--100858121	28	3.5	29	90	5	150	32	28	11	28	1.91
100861135--100861297	39	4.2	39	90	0	254	23	20	32	23	1.98
100870564--100870874	40	7.8	40	95	1	518	26	27	20	25	1.99
100872690--100872775	37	2.3	35	92	7	136	26	33	18	20	1.96
100872844--100873045	49	4.1	49	96	0	359	30	27	8	33	1.87
100880990--100881119	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100889039--100889168	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
100894095--100894173	37	2.1	37	83	4	97	22	31	25	20	1.98
100894103--100894177	37	2.0	37	87	5	107	22	32	21	24	1.98
100894293--100895009	47	15.3	47	92	0	1125	26	29	10	33	1.89
100894293--100895009	281	2.5	280	93	0	1209	26	29	10	33	1.89
100898979--100899008	14	2.1	14	93	0	51	40	10	10	40	1.72
100899715--100899862	40	3.7	39	79	6	138	26	23	24	25	2.00
100899715--100899862	80	1.9	79	84	4	199	26	23	24	25	2.00
100901389--100901590	40	5.1	40	95	1	316	26	25	20	27	1.99
100903703--100904561	47	18.3	47	93	0	1416	28	29	9	32	1.88
100903706--100903785	25	3.3	24	66	11	65	31	30	5	33	1.79
100908972--100909051	23	3.5	22	70	8	61	71	6	5	17	1.25
100908977--100909047	23	3.0	24	72	4	72	71	5	5	16	1.24
100909371--100909442	17	4.2	17	77	8	65	62	0	5	31	1.18
100909402--100909447	19	2.4	19	85	0	65	67	0	4	28	1.10
100911047--100911739	44	15.8	44	83	2	800	28	26	15	29	1.96
100921247--100921315	24	2.9	24	70	18	63	72	4	5	17	1.21
100921640--100921701	12	5.1	12	73	7	54	62	0	4	32	1.16
100921638--100921711	24	3.0	23	78	11	76	60	0	5	33	1.19
100921638--100921701	24	2.6	24	85	2	83	62	0	4	32	1.16
100921672--100921716	18	2.4	18	85	3	63	64	0	4	31	1.13
100923065--100923174	44	2.5	44	83	0	139	27	26	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100923102--100923248	74	2.0	74	86	0	204	26	26	14	32	1.94
100923065--100923645	132	4.6	119	81	6	412	28	25	14	31	1.95
100923176--100923645	44	10.7	44	83	2	559	28	25	13	31	1.94
100929052--100929152	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
100929051--100929152	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
100936907--100937037	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
100936906--100937037	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
100944897--100945041	40	3.7	39	83	0	155	23	27	22	26	1.99
100952866--100953011	40	3.7	40	82	0	148	23	27	21	27	1.99
100956608--100956637	7	4.4	7	91	8	53	70	0	0	30	0.88
100956608--100956651	20	2.3	19	88	4	61	68	0	2	29	1.02
100956608--100956666	19	3.1	19	82	7	66	66	0	3	30	1.08
100958215--100958934	44	16.4	44	86	2	989	27	26	15	30	1.96
100964301--100964389	40	2.2	40	84	5	110	25	22	25	25	2.00
100967600--100967779	38	4.6	40	79	9	176	24	24	27	23	2.00
100967600--100967779	78	2.3	79	83	8	217	24	24	27	23	2.00
100973301--100973482	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
100973301--100973482	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
100981398--100981605	40	5.2	39	84	6	231	24	22	27	25	2.00
100986956--100986986	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
100986929--100987015	17	5.1	17	78	5	95	62	0	4	33	1.16
100986929--100987015	19	4.9	19	77	13	73	62	0	4	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100986928--100987039	17	6.7	16	71	14	75	61	1	3	33	1.23
100996485--100996538	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
100996539--100996684	27	5.4	27	86	0	202	25	21	18	34	1.96
100999278--100999404	28	4.5	28	94	3	204	33	25	11	29	1.92
100999278--100999404	57	2.2	56	90	6	204	33	25	11	29	1.92
101006054--101006136	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
101007808--101007908	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
101007837--101007908	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
101015617--101015717	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
101015646--101015717	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
101017119--101017197	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
101017113--101017412	47	6.4	47	91	0	492	27	29	10	32	1.90
101017113--101017412	141	2.1	141	94	0	546	27	29	10	32	1.90
101022053--101022198	27	5.4	27	88	0	211	24	21	19	34	1.96
101025474--101025751	50	5.5	50	76	5	256	33	25	16	24	1.95
101029651--101030210	138	4.1	138	87	1	784	40	9	6	43	1.62
101032952--101033083	29	4.6	29	82	3	106	25	33	16	24	1.96
101036788--101036950	71	2.3	71	97	1	310	19	28	17	34	1.95
101036788--101036984	71	2.8	70	89	4	249	20	28	17	32	1.95
101044321--101044482	71	2.3	71	97	2	310	19	28	17	34	1.95
101044321--101044516	71	2.8	70	89	5	249	20	28	17	33	1.96
101046004--101046147	29	4.9	29	73	14	125	40	14	25	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101045975--101046296	89	3.6	88	80	4	333	40	14	23	21	1.90
101046180--101046253	30	2.5	29	80	6	87	44	9	22	22	1.82
101052784--101052908	29	4.3	29	81	1	153	27	32	14	26	1.95
101057279--101057325	24	2.0	24	95	0	85	34	36	12	17	1.87
101057336--101057413	29	2.8	28	88	7	113	26	32	16	24	1.96
101057370--101057446	29	2.6	30	84	8	88	29	31	15	23	1.95
101057338--101057446	58	1.9	57	84	5	148	28	31	15	24	1.96
101057668--101057707	16	2.5	16	87	0	53	15	22	17	45	1.85
101061034--101061182	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101061075--101061182	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101061154--101061231	40	1.9	41	84	2	104	23	24	20	32	1.98
101069081--101069229	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101069122--101069229	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101072292--101072458	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
101080289--101080455	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
101088748--101088883	68	2.0	68	98	0	263	30	4	19	45	1.70
101093746--101093919	45	3.9	45	77	1	170	39	13	25	21	1.90
101120266--101120334	35	2.0	35	100	0	138	23	17	17	42	1.89
101123536--101123622	43	2.0	43	80	12	99	26	29	20	22	1.99
101125091--101125160	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
101135316--101135402	3	28.3	3	72	21	65	33	1	0	65	1.00
101135316--101135402	10	7.9	11	75	16	83	33	1	0	65	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101135306--101135402	27	3.7	26	80	16	85	32	2	0	64	1.05
101135322--101135402	34	2.4	35	85	10	114	33	1	0	65	1.01
101135326--101135417	17	5.4	17	72	17	57	31	2	1	65	1.12
101135362--101135411	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
101147397--101148331	44	21.4	44	85	2	1202	29	14	28	27	1.95
101149794--101149849	27	2.1	27	87	6	80	32	1	0	66	1.03
101149940--101150040	10	9.3	11	71	16	77	33	1	0	64	1.05
101149964--101150040	3	25.0	3	73	19	61	32	1	0	66	1.00
101149964--101150040	27	3.0	26	82	16	81	32	1	0	66	1.00
101149942--101150037	34	2.8	33	84	10	104	33	2	0	64	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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