genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  224  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69008734--69008805	26	2.8	26	89	8	112	27	25	22	25	2.00
69014931--69015161	39	5.9	40	83	4	240	25	27	22	24	2.00
69015504--69015532	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
69022839--69023072	39	6.0	40	83	5	239	25	26	23	24	2.00
69028260--69028439	39	4.6	40	90	2	269	23	22	26	27	1.99
69028260--69028439	79	2.3	80	91	4	287	23	22	26	27	1.99
69036432--69036651	40	5.6	40	92	3	358	23	22	26	28	1.99
69050461--69050574	43	2.7	42	81	6	131	25	19	23	31	1.98
69052121--69052190	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
69052395--69052457	27	2.3	27	88	2	90	23	20	19	36	1.95
69052437--69052727	54	5.4	54	85	2	361	30	9	20	39	1.84
69052440--69052700	27	9.7	27	84	0	308	29	8	20	40	1.83
69052467--69052984	27	19.2	27	83	4	231	35	9	21	33	1.85
69052467--69052727	81	3.2	81	82	3	310	29	8	20	40	1.83
69052718--69053138	54	8.0	54	83	9	514	42	10	20	27	1.84
69052693--69053142	81	5.7	82	77	11	415	41	10	20	28	1.84
69052720--69052998	27	10.3	27	90	1	407	41	9	21	28	1.84
69052957--69053039	42	2.0	42	90	0	130	44	10	15	28	1.80
69052937--69053067	69	1.9	69	88	0	199	41	10	17	29	1.83
69052876--69053120	123	2.0	123	90	1	384	42	10	19	28	1.83
69052910--69053093	96	1.9	96	92	2	307	41	10	19	28	1.85
69052999--69053139	27	5.2	27	90	2	212	43	11	19	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69052822--69053142	177	1.8	177	93	2	556	42	10	19	27	1.83
69054622--69054700	28	2.8	28	82	0	86	36	11	24	27	1.90
69056298--69056423	27	4.8	27	83	10	163	39	7	21	30	1.82
69056298--69056423	51	2.4	52	86	6	166	39	7	21	30	1.82
69056346--69056494	51	2.8	53	83	5	151	35	8	18	37	1.81
69056298--69056474	27	6.7	26	80	8	146	36	8	20	33	1.83
69056402--69056514	53	2.1	54	98	1	219	30	8	19	41	1.82
69058638--69058714	25	3.1	25	86	1	66	27	18	23	31	1.97
69058648--69058714	25	2.7	25	92	0	107	25	20	26	26	1.99
69058918--69058978	27	2.3	27	91	0	104	26	19	18	36	1.94
69058963--69059144	27	6.7	27	89	0	247	29	9	21	39	1.85
69058960--69059196	54	4.4	54	82	3	253	29	9	21	39	1.85
69058960--69059201	81	3.0	81	82	1	297	29	9	21	39	1.84
69058962--69059196	27	8.7	26	82	5	218	28	8	22	40	1.84
69059189--69059612	27	15.8	27	89	1	591	40	9	21	28	1.84
69061829--69061913	25	3.5	24	82	9	100	24	20	24	30	1.98
69061845--69061911	25	2.7	25	95	0	116	22	20	28	28	1.99
69062121--69062178	27	2.1	28	90	3	91	22	22	17	37	1.93
69062161--69062421	27	9.7	27	86	1	308	30	8	19	40	1.82
69062158--69062421	81	3.3	81	85	2	343	30	9	19	40	1.83
69062387--69062813	27	15.8	27	85	0	512	39	8	22	30	1.83
69062414--69062813	81	4.9	81	90	0	566	39	8	22	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69064967--69065101	70	1.9	70	90	0	216	30	12	22	34	1.92
69077775--69077801	13	2.1	13	100	0	54	11	44	14	29	1.80
69079529--69079749	49	4.4	49	84	2	253	25	17	27	28	1.98
69084667--69084744	38	2.1	38	90	4	122	24	20	23	32	1.98
69084667--69084786	38	3.0	38	80	8	116	26	20	22	30	1.98
69084641--69084794	43	3.7	42	75	12	129	25	20	24	29	1.99
69089619--69089806	40	4.7	39	77	7	166	24	23	28	23	1.99
69089667--69089832	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
69095849--69095950	44	2.4	42	81	3	105	25	18	25	30	1.98
69098392--69098536	40	3.6	40	88	3	211	24	27	22	24	2.00
69098355--69098531	80	2.2	80	85	5	225	24	27	22	25	2.00
69106708--69106885	40	4.5	40	93	2	297	24	28	23	24	2.00
69116168--69116335	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
69118022--69118199	40	4.5	40	88	2	252	25	29	21	22	1.99
69120736--69120765	15	1.9	16	93	6	53	53	0	16	30	1.44
69128940--69129130	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
69128980--69129130	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
69136965--69137155	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
69137005--69137155	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
69140092--69140149	29	2.0	30	86	3	82	43	0	36	20	1.52
69140277--69140309	9	3.7	9	84	15	50	42	24	9	24	1.83
69140881--69141020	66	2.1	63	82	8	172	22	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69146642--69146752	43	2.6	43	80	4	127	37	27	12	21	1.90
69157832--69157979	39	3.8	39	90	2	226	25	21	29	22	1.99
69157832--69157979	77	1.9	78	88	2	226	25	21	29	22	1.99
69165459--69165504	20	2.2	21	88	3	67	19	19	21	39	1.93
69165466--69165513	21	2.3	20	92	3	78	16	16	22	43	1.87
69165719--69165751	13	2.5	13	100	0	66	33	0	0	66	0.92
69167506--69167535	15	1.9	16	93	6	53	0	16	0	83	0.65
69171372--69171404	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
69174664--69174720	29	2.0	28	89	3	87	29	24	21	24	1.99
69179583--69179721	68	2.0	68	97	0	260	32	9	15	43	1.78
69181475--69181547	30	2.4	29	82	6	83	42	8	17	31	1.79
69182853--69182891	18	2.2	17	86	13	53	7	7	2	82	0.94
69183604--69183743	73	1.9	73	94	0	244	32	10	18	38	1.84
69188036--69188126	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
69188232--69188296	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
69195901--69195979	28	2.8	28	94	1	131	31	20	25	22	1.98
69196096--69196160	28	2.3	28	89	0	94	33	9	26	30	1.88
69198547--69198728	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
69198547--69198728	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
69205480--69205686	40	5.2	40	82	3	220	25	23	26	25	2.00
69205481--69205686	79	2.6	80	84	3	254	24	23	26	25	2.00
69212069--69212219	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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69217337--69217508	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
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69222397--69222664	48	5.6	48	78	7	206	26	19	27	26	1.99
69222588--69222753	89	1.9	90	82	3	210	28	19	24	27	1.98
69222591--69222794	89	2.3	90	79	3	205	29	18	25	26	1.98
69224821--69225229	50	8.4	50	78	8	330	28	19	28	22	1.98
69224821--69225229	95	4.2	95	78	7	407	28	19	28	22	1.98
69231656--69231693	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
69231922--69232087	46	3.6	45	77	12	167	29	28	19	22	1.98
69231923--69232093	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
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69237229--69237405	90	2.0	90	81	2	212	28	25	10	35	1.90
69237213--69237407	60	3.2	61	76	11	204	27	26	10	35	1.89
69237257--69237430	60	2.9	60	80	10	212	27	26	10	35	1.90
69241627--69241680	26	2.1	26	96	0	99	42	24	7	25	1.80
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69242876--69242911	16	2.2	16	90	0	54	22	30	16	30	1.96
69244877--69245118	30	8.1	30	70	5	121	25	25	13	35	1.92
69244877--69245126	60	4.2	59	75	6	225	25	25	12	36	1.91
69247117--69247166	25	2.0	26	92	4	84	16	10	10	64	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69247117--69247179	25	2.5	26	84	5	83	15	7	7	68	1.38
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69249629--69249688	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
69251993--69252200	40	5.2	39	80	5	195	25	25	23	25	2.00
69251993--69252199	80	2.6	80	83	3	247	25	26	23	24	2.00
69255058--69255975	459	2.0	459	90	1	1428	27	26	18	27	1.98
69260603--69260705	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
69266820--69266896	13	5.9	13	82	0	91	29	6	27	36	1.82
69266820--69266896	39	2.0	39	86	0	109	29	6	27	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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