genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  323  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101150000--101150049	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
101161770--101161922	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
101161771--101161953	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
101161777--101161991	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
101163711--101163916	40	5.2	40	80	5	177	26	22	25	25	2.00
101163712--101163916	80	2.6	77	80	7	223	25	22	25	25	2.00
101171686--101171892	40	5.2	40	81	5	213	26	22	25	25	2.00
101171687--101171892	80	2.6	77	83	5	241	25	22	25	25	2.00
101174041--101174295	47	5.5	46	78	9	203	36	17	23	23	1.95
101174041--101174310	95	2.9	92	73	9	213	35	17	23	22	1.95
101174041--101174312	142	1.9	140	80	5	307	35	17	23	23	1.95
101174269--101174482	54	4.0	54	79	4	198	35	16	23	24	1.95
101174283--101174471	55	3.5	53	79	5	182	34	17	23	23	1.96
101177027--101177059	15	2.1	16	94	5	59	30	12	6	51	1.63
101179679--101179751	36	2.0	36	100	0	146	47	8	21	21	1.76
101180261--101180308	15	3.1	14	77	13	51	29	6	10	54	1.59
101180622--101180816	54	3.6	55	76	7	166	38	16	22	22	1.93
101180622--101180835	53	4.0	53	76	6	171	39	15	22	22	1.91
101182884--101182983	26	3.8	26	81	6	105	32	8	19	41	1.80
101187334--101187374	18	2.3	19	79	12	50	46	9	19	24	1.80
101187726--101187823	27	3.7	27	83	6	119	42	17	14	25	1.87
101187827--101187942	27	4.3	26	87	4	133	18	18	18	43	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101192854--101193071	40	5.5	40	91	2	325	23	23	27	24	2.00
101200570--101200750	24	7.6	24	93	2	294	35	25	18	20	1.95
101211930--101212003	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
101211987--101212062	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
101213884--101213988	47	2.2	47	93	0	174	28	31	6	33	1.83
101221186--101221290	42	2.5	42	79	13	133	23	26	24	24	2.00
101234361--101234530	46	3.7	46	76	13	186	29	28	20	21	1.98
101234366--101234536	93	1.8	93	91	0	279	29	28	21	21	1.98
101237333--101237375	16	2.7	16	88	0	59	51	16	23	9	1.73
101237587--101237689	28	3.7	27	76	12	93	29	10	30	30	1.91
101237607--101237691	29	3.0	29	76	10	95	29	12	29	28	1.94
101239678--101239865	49	3.8	49	80	2	232	26	19	26	28	1.99
101239673--101239860	100	1.9	100	94	0	331	25	20	26	28	1.99
101242945--101243095	75	2.0	75	98	0	293	31	15	36	17	1.91
101250849--101250980	29	4.5	29	95	1	237	24	24	15	36	1.93
101250849--101250980	59	2.3	59	95	1	239	24	24	15	36	1.93
101255430--101255518	33	2.7	33	80	0	97	41	15	23	19	1.89
101257871--101257916	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
101266910--101267178	39	6.9	40	91	5	453	25	30	24	20	1.98
101266910--101267178	77	3.4	79	93	4	449	25	30	24	20	1.98
101269248--101269352	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
101274377--101274549	49	3.5	49	92	1	274	29	27	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101277893--101278484	40	14.8	40	94	0	950	27	23	20	28	1.99
101280367--101280490	37	3.3	37	93	3	205	26	32	19	21	1.97
101280559--101280819	49	5.6	49	90	9	445	29	27	9	32	1.88
101280559--101281079	98	5.6	96	88	9	803	30	27	8	33	1.87
101280687--101280847	38	4.0	38	78	18	157	31	27	8	32	1.86
101280789--101280848	18	3.3	18	73	17	70	36	26	0	36	1.57
101280787--101280858	36	2.0	36	100	0	144	36	27	0	36	1.57
101280650--101280904	85	3.0	84	94	2	429	31	27	7	33	1.84
101280823--101281079	49	5.2	49	95	0	460	30	27	8	33	1.86
101293710--101293750	15	2.8	15	82	13	50	17	9	4	68	1.35
101303089--101303242	47	3.3	47	87	3	213	33	8	29	27	1.86
101304450--101304482	17	2.0	17	88	5	50	81	0	3	15	0.80
101305664--101305918	55	4.8	53	80	11	222	21	25	16	36	1.94
101305711--101305911	108	1.8	110	86	4	291	22	25	16	34	1.95
101308558--101308735	46	3.8	46	75	10	182	29	28	20	21	1.98
101308609--101308752	46	3.1	45	72	11	130	30	29	19	20	1.97
101310436--101310506	22	3.2	22	71	11	72	30	2	21	45	1.66
101310444--101310508	23	2.9	22	68	19	53	30	4	20	44	1.71
101310436--101310532	45	2.2	45	86	3	133	30	7	19	42	1.78
101315832--101315887	26	2.2	26	96	0	103	28	8	23	39	1.85
101320394--101320477	28	3.0	28	87	0	123	26	16	32	25	1.96
101322091--101322133	8	5.4	8	77	0	50	41	25	23	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101322087--101322139	16	3.3	16	86	0	79	50	20	20	7	1.72
101322087--101322161	32	2.3	32	88	0	105	54	20	17	8	1.67
101322087--101322155	16	4.3	16	84	0	66	55	20	17	7	1.65
101322376--101322485	29	3.9	29	80	7	118	28	16	28	27	1.97
101328356--101328425	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
101328356--101328437	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
101331732--101331771	20	2.0	20	100	0	80	25	10	15	50	1.74
101333936--101333993	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
101333963--101334010	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
101333972--101334025	17	2.9	19	89	10	94	35	14	11	38	1.82
101334144--101334182	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
101334375--101334574	45	4.5	45	80	3	224	26	28	13	33	1.93
101334375--101334558	89	2.1	90	84	3	237	27	28	12	32	1.93
101334588--101334882	156	1.9	156	83	1	385	25	23	18	32	1.97
101334588--101334852	78	3.4	78	88	2	397	25	23	18	33	1.96
101334929--101335179	120	2.1	120	96	0	466	29	22	18	29	1.98
101338847--101338915	28	2.4	28	88	7	95	31	23	13	31	1.92
101338844--101338915	29	2.5	29	86	6	103	30	25	13	30	1.94
101340326--101340486	30	5.5	30	89	6	231	27	25	13	32	1.94
101340326--101340486	58	2.8	57	88	4	216	27	25	13	32	1.94
101348267--101348391	28	4.6	27	89	8	182	28	26	14	31	1.95
101348267--101348391	53	2.3	56	91	5	202	28	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101348296--101348420	28	4.5	28	88	6	114	29	27	14	28	1.95
101350684--101350931	40	6.2	40	86	4	315	25	27	22	24	2.00
101353955--101354118	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
101353955--101354152	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
101361530--101361693	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
101361530--101361727	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
101363659--101363715	24	2.5	21	75	16	51	42	3	19	35	1.68
101367510--101367534	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
101370549--101370658	27	4.2	26	83	6	123	38	20	22	19	1.94
101371300--101371710	27	15.3	27	84	3	456	25	18	20	35	1.96
101371611--101371848	54	4.4	54	83	3	273	29	10	20	38	1.87
101371611--101371848	81	2.9	80	84	2	305	29	10	20	38	1.87
101371638--101371891	81	3.1	81	85	1	321	30	9	21	38	1.84
101371638--101371891	27	9.4	27	83	0	283	30	9	21	38	1.84
101371776--101371926	81	1.9	81	80	5	180	30	7	23	38	1.82
101371901--101371955	27	2.0	27	96	0	101	38	7	23	30	1.82
101371968--101372054	27	3.2	27	81	3	86	29	5	21	42	1.76
101374019--101374067	20	2.5	20	86	6	73	44	10	0	44	1.37
101374331--101374382	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
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101385154--101385290	38	3.6	38	88	3	179	21	20	24	33	1.97
101386653--101386893	24	10.1	24	96	1	405	35	25	18	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101386659--101386893	71	3.3	71	96	0	425	35	25	18	20	1.95
101386659--101386893	95	2.5	95	95	1	427	35	25	18	20	1.95
101394661--101394903	24	10.1	24	97	0	423	36	25	18	20	1.95
101398532--101398710	48	3.8	46	81	3	180	24	25	21	29	1.99
101398449--101398718	48	5.7	47	74	8	169	25	27	18	27	1.98
101401212--101401263	24	2.2	24	85	0	68	34	5	7	51	1.54
101414806--101415157	47	7.3	49	91	3	504	34	7	29	28	1.85
101414806--101415157	98	3.6	96	90	3	519	34	7	29	28	1.85
101416583--101416673	40	2.3	40	94	0	164	28	16	25	29	1.97
101416583--101416734	40	3.8	40	81	6	128	26	19	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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