genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  222  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68612080--68612161	42	2.0	42	85	0	110	25	25	31	17	1.97
68612397--68612818	146	2.9	147	89	1	632	26	11	20	42	1.86
68617402--68617568	35	4.6	35	83	7	192	32	25	11	31	1.91
68617398--68617568	75	2.4	74	82	7	208	32	24	11	31	1.91
68620169--68620271	29	3.6	27	81	5	98	30	32	16	21	1.95
68626259--68626352	45	2.1	45	95	0	170	19	21	34	25	1.96
68626693--68626979	27	10.7	26	81	9	269	41	20	8	29	1.81
68626693--68626979	54	5.3	54	81	8	323	41	20	8	29	1.81
68626704--68626979	81	3.4	81	86	3	360	41	21	7	29	1.81
68627377--68627451	27	2.8	27	78	10	73	25	14	16	44	1.85
68630958--68631113	27	5.8	27	85	2	156	24	17	17	40	1.91
68630955--68631106	54	2.8	54	87	4	173	25	18	16	40	1.91
68630958--68631113	81	1.9	80	85	6	217	24	17	17	40	1.91
68630987--68631121	27	5.0	27	85	6	168	22	19	19	39	1.93
68635469--68635532	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
68635725--68635890	24	7.0	24	87	4	230	26	21	23	28	1.99
68635725--68635890	71	2.3	71	90	3	253	26	21	23	28	1.99
68635725--68635890	47	3.5	48	87	4	230	26	21	23	28	1.99
68635949--68636005	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
68635945--68636007	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
68637252--68637345	27	3.5	26	87	7	118	22	24	19	34	1.97
68637394--68637626	27	8.6	27	76	9	154	31	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68637605--68637869	27	9.8	27	83	4	293	41	7	21	29	1.81
68637576--68637826	81	3.1	79	84	3	252	39	7	20	31	1.81
68637605--68637869	54	4.9	54	87	0	334	41	7	21	29	1.81
68637606--68637869	81	3.3	81	87	3	343	41	7	21	29	1.80
68637875--68637964	27	3.3	26	81	6	99	32	8	17	41	1.81
68637578--68637923	81	4.3	80	80	5	234	38	8	21	32	1.82
68640819--68640922	52	2.0	52	98	0	199	23	18	28	29	1.97
68642887--68643052	43	3.9	43	77	2	156	27	14	24	33	1.94
68653058--68653137	27	3.0	27	80	10	92	33	16	21	28	1.95
68653147--68653211	27	2.4	27	78	0	67	40	16	23	20	1.92
68659860--68659890	6	5.2	6	96	0	53	19	0	0	80	0.71
68661755--68661856	22	4.5	23	79	9	95	24	20	17	37	1.94
68662010--68662067	20	3.0	20	87	7	66	39	3	20	36	1.70
68662022--68662067	20	2.3	20	96	0	83	36	2	21	39	1.66
68662056--68662129	20	3.7	19	83	7	76	36	10	14	37	1.82
68662048--68662137	40	2.2	39	79	13	94	38	8	16	35	1.80
68665984--68666028	20	2.3	19	81	11	54	46	6	0	46	1.29
68665983--68666036	21	2.6	21	80	11	58	50	5	1	42	1.36
68670041--68670069	15	2.0	15	93	6	51	75	0	24	0	0.80
68671076--68671100	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
68672349--68672400	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
68673044--68673071	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68674080--68674167	21	4.1	21	84	7	106	14	23	27	34	1.94
68674098--68674179	21	3.8	21	88	3	110	14	24	26	34	1.94
68675061--68675123	22	2.9	22	76	9	65	20	25	15	38	1.92
68677045--68677069	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
68678321--68678372	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
68680119--68680179	11	5.2	11	72	14	50	75	4	18	1	1.06
68680848--68680894	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
68681052--68681187	40	3.5	39	77	10	152	26	18	25	30	1.98
68691053--68691100	18	2.6	19	83	3	62	50	22	2	25	1.60
68693354--68693415	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
68693462--68693726	27	9.8	27	80	4	203	40	9	19	30	1.83
68693462--68693744	54	5.2	54	79	3	246	39	9	18	32	1.82
68693462--68693683	81	2.7	80	86	2	300	41	8	19	30	1.81
68693370--68693767	27	14.7	27	80	4	146	36	9	19	34	1.84
68693462--68693726	81	3.3	80	83	7	295	40	9	19	30	1.83
68693678--68693782	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
68700435--68700480	24	1.9	24	95	0	83	50	13	10	26	1.74
68701309--68701345	2	18.5	2	88	0	56	0	48	5	45	1.25
68701660--68701713	27	2.0	27	100	0	108	25	14	18	40	1.89
68713482--68713651	61	2.9	61	76	13	174	52	2	3	41	1.31
68713519--68713642	55	2.2	57	81	5	164	53	2	2	41	1.27
68716830--68716858	14	2.1	14	100	0	58	37	0	34	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68721543--68721601	20	3.0	20	69	11	52	49	3	1	45	1.28
68723007--68723057	25	2.0	25	100	0	102	25	7	7	58	1.53
68725428--68725492	21	3.2	21	72	12	73	41	21	24	12	1.87
68725410--68725510	39	2.6	39	95	0	175	39	23	23	12	1.90
68728818--68728968	31	4.8	31	81	6	178	26	25	17	29	1.98
68728818--68728968	64	2.4	62	85	4	196	26	25	17	29	1.98
68728944--68729072	50	2.5	51	88	2	188	24	21	17	36	1.94
68730325--68730425	39	2.6	39	91	0	157	39	23	23	12	1.90
68730344--68730407	21	3.2	21	73	13	71	42	21	23	12	1.87
68733223--68733352	40	3.2	40	79	4	147	23	26	24	24	2.00
68733249--68733386	40	3.5	40	77	4	127	20	26	25	28	1.99
68739533--68739660	46	2.8	46	92	0	202	31	29	20	18	1.96
68739540--68739679	46	3.0	46	75	12	126	30	30	20	19	1.97
68746990--68747499	57	9.0	57	82	1	567	26	21	16	34	1.95
68747085--68747228	29	5.0	28	72	18	93	27	22	15	34	1.94
68746990--68747477	28	17.2	28	66	14	196	26	22	15	35	1.94
68747619--68747721	53	1.9	53	92	3	172	26	24	15	33	1.95
68749265--68749325	20	3.3	18	74	17	54	40	3	6	49	1.45
68761061--68761156	21	4.0	24	79	20	103	30	27	13	29	1.94
68761090--68761164	29	2.8	28	90	9	113	29	29	14	26	1.95
68762447--68762494	25	2.0	23	84	8	60	8	16	0	75	1.04
68770583--68770792	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68778716--68778925	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
68780770--68780797	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
68783753--68783841	3	30.0	3	81	10	103	62	3	3	30	1.27
68785538--68786187	94	7.2	87	71	11	352	28	20	17	33	1.96
68785632--68786187	45	12.5	43	70	14	243	28	21	17	32	1.96
68785518--68785842	178	1.8	178	86	4	476	28	19	19	33	1.96
68785637--68786022	135	2.9	135	84	3	517	28	20	18	32	1.97
68785811--68786154	179	1.9	179	90	2	548	27	20	19	31	1.97
68785632--68786061	44	9.8	42	71	13	224	28	20	18	32	1.96
68786173--68787118	68	13.9	68	89	1	1362	27	23	23	25	2.00
68794586--68794722	63	2.1	65	94	2	242	65	3	9	21	1.37
68794613--68794718	33	3.3	33	65	21	89	65	3	8	22	1.37
68794857--68794942	3	29.0	3	82	13	99	63	2	3	30	1.23
68794944--68794972	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
68796958--68797004	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
68797396--68797434	17	2.3	17	86	0	51	41	2	2	53	1.28
68797998--68798037	15	2.8	14	81	7	53	50	27	2	20	1.61
68798160--68798216	14	3.8	15	74	6	53	15	0	31	52	1.43
68798176--68798256	37	2.1	39	90	4	130	18	0	30	50	1.47
68798243--68798282	16	2.4	16	87	8	53	20	2	30	47	1.63
68798277--68798390	41	2.8	39	84	9	138	18	22	22	35	1.95
68798378--68798404	12	2.2	12	100	0	54	48	29	14	7	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68804401--68804675	28	9.8	28	76	2	221	36	24	15	24	1.94
68804797--68804944	53	2.8	53	78	0	152	31	24	10	34	1.88
68807608--68807658	25	2.1	24	88	3	75	15	21	21	41	1.90
68808758--68808936	59	3.0	59	99	0	349	15	20	31	32	1.94
68810551--68810604	18	2.9	18	77	2	54	70	5	1	22	1.18
68811562--68811690	54	2.4	54	82	7	147	37	3	3	55	1.37
68812040--68812080	19	2.2	19	95	0	73	36	19	19	24	1.95
68819741--68819787	23	2.0	23	100	0	94	12	12	21	53	1.72
68819938--68819963	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
68820705--68820793	42	2.1	43	87	6	128	30	25	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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