genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  144  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43039106--43039341	50	4.7	50	78	5	181	25	16	27	31	1.96
43049467--43049642	40	4.4	40	82	5	196	25	22	27	25	2.00
43056160--43056226	20	3.3	20	95	0	125	34	10	20	34	1.87
43056171--43056226	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
43056162--43056218	9	5.9	9	73	15	51	33	7	22	36	1.81
43056160--43056240	40	2.0	40	88	4	119	34	11	19	34	1.87
43056274--43056357	26	3.4	25	83	8	109	28	20	21	29	1.98
43060634--43060883	49	5.1	49	95	0	448	34	8	26	30	1.87
43060634--43060883	97	2.6	98	96	0	457	34	8	26	30	1.87
43060952--43061038	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
43062013--43062057	22	2.0	22	100	0	90	22	13	22	42	1.88
43063063--43063090	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
43064307--43064443	50	2.7	50	85	3	168	25	18	26	29	1.98
43064307--43064474	51	3.3	50	80	4	167	26	16	26	30	1.97
43072785--43072825	18	2.3	18	83	8	57	17	26	36	19	1.94
43076485--43076745	54	4.9	54	85	3	321	21	23	18	36	1.95
43076724--43076845	47	2.6	47	89	2	174	25	22	12	39	1.89
43079238--43079404	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
43087172--43087338	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
43090304--43090439	53	2.5	53	83	4	166	22	25	17	33	1.96
43091443--43091532	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
43091443--43091549	54	2.0	54	83	7	137	37	20	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43091467--43091542	27	2.8	26	76	7	80	38	19	10	31	1.86
43091538--43091747	27	7.8	27	85	3	255	29	24	7	39	1.82
43091538--43091747	81	2.6	81	90	2	325	29	24	7	39	1.82
43091706--43091758	27	2.0	27	84	0	70	37	20	5	35	1.77
43091805--43091867	27	2.3	27	78	10	74	39	25	17	17	1.91
43093124--43093166	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
43093131--43093174	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
43093221--43093387	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
43093221--43093387	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
43093221--43093386	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
43093580--43093643	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
43096658--43096721	31	2.1	31	84	0	83	26	21	14	37	1.92
43096915--43097080	24	7.0	24	87	4	230	27	21	22	28	1.99
43096914--43097080	47	3.5	48	87	4	232	26	21	22	29	1.99
43096915--43097080	71	2.3	71	90	3	253	27	21	22	28	1.99
43097139--43097195	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
43097135--43097197	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
43097234--43097281	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
43098573--43098781	27	7.8	27	83	4	246	39	6	24	29	1.79
43098573--43098781	81	2.6	81	91	3	334	39	6	24	29	1.79
43098787--43098876	27	3.3	26	76	6	90	33	10	17	38	1.83
43098771--43098876	54	2.0	53	81	9	126	33	10	18	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43098777--43098885	27	4.0	27	73	13	82	33	10	18	37	1.84
43099873--43100106	54	4.3	54	85	3	317	24	23	14	37	1.93
43099891--43100098	109	1.9	108	92	2	346	24	23	16	36	1.94
43106298--43106620	46	6.9	46	73	12	216	24	30	17	26	1.97
43110962--43111175	92	2.3	91	82	10	234	26	18	29	25	1.98
43111052--43111175	50	2.5	50	79	8	146	23	19	31	25	1.98
43111524--43111592	36	1.9	36	94	5	122	21	10	24	43	1.83
43114980--43115023	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
43123115--43123248	40	3.3	40	88	0	187	15	17	24	41	1.89
43123118--43123267	60	2.5	60	84	2	194	15	19	24	41	1.89
43123118--43123248	20	6.6	20	87	0	163	15	17	25	41	1.88
43123327--43123382	26	2.2	26	83	0	67	23	25	17	33	1.96
43127068--43127164	20	4.9	20	79	2	90	13	25	22	38	1.91
43127068--43127165	40	2.5	40	83	6	112	14	25	22	37	1.92
43127153--43127217	26	2.4	27	82	10	80	15	23	23	38	1.92
43127167--43127248	26	3.2	26	85	0	101	19	20	23	36	1.95
43131124--43131193	27	2.6	27	93	2	122	31	25	12	30	1.93
43132939--43133109	39	4.3	40	88	3	215	24	21	28	25	1.99
43142320--43142389	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
43145951--43145976	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
43148014--43148053	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
43156692--43156721	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43157771--43157842	34	2.2	33	82	7	83	33	19	22	25	1.97
43160711--43160877	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
43160711--43160877	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
43164239--43164290	3	17.3	3	100	0	104	0	32	0	67	0.91
43171080--43171118	19	2.1	19	100	0	78	38	30	5	25	1.78
43172665--43172704	2	20.0	2	89	0	62	50	2	2	45	1.28
43173348--43173421	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
43176050--43176153	33	3.1	33	84	4	111	27	23	22	26	1.99
43176313--43176416	53	2.0	53	86	3	147	38	18	20	23	1.93
43176300--43176407	26	4.1	26	74	8	92	37	18	21	22	1.94
43176558--43176674	27	4.3	27	83	0	135	27	17	16	39	1.90
43176560--43176674	54	2.1	54	85	0	149	27	16	16	39	1.90
43180345--43180448	33	3.1	33	83	6	129	26	25	22	25	2.00
43180639--43180712	27	2.8	26	80	8	78	35	18	21	24	1.96
43180853--43180996	27	5.4	26	88	4	180	25	18	18	38	1.93
43191437--43191506	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
43199037--43199138	29	3.6	29	80	5	109	21	16	32	29	1.95
43207794--43207846	20	2.7	20	90	0	88	15	30	33	20	1.93
43213959--43213993	16	2.2	16	94	0	61	40	14	28	17	1.88
43221890--43222110	48	4.6	48	80	0	172	25	28	15	30	1.96
43221890--43222065	96	1.8	96	80	0	208	25	28	14	31	1.95
43229857--43229950	27	3.3	27	69	21	75	45	15	17	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43231284--43231334	26	2.0	26	100	0	102	23	23	19	33	1.97
43233270--43233388	27	4.4	27	88	0	166	23	19	21	36	1.95
43237311--43237440	50	2.6	49	89	3	181	29	28	17	24	1.97
43240373--43240443	29	2.5	28	80	11	81	29	29	16	23	1.97
43247433--43247619	40	4.7	40	80	4	171	28	22	25	22	1.99
43247433--43247586	80	1.9	80	85	0	209	27	22	26	23	1.99
43247472--43247654	80	2.3	80	78	2	181	27	24	26	20	1.99
43249746--43249864	27	4.4	27	89	0	166	25	21	19	34	1.96
43253202--43253247	16	2.9	16	83	0	56	52	19	17	10	1.74
43253463--43253577	29	4.0	29	83	6	137	27	15	28	27	1.96
43253476--43253586	57	1.9	58	87	1	161	27	16	29	27	1.97
43258659--43258818	29	5.5	30	88	8	231	27	25	13	33	1.93
43258659--43258818	59	2.8	57	90	4	232	27	25	13	33	1.93
43266574--43266675	28	3.5	30	82	6	120	27	26	14	31	1.95
43267304--43267352	21	2.3	21	96	0	89	32	30	10	26	1.89
43268755--43268779	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
43277475--43277592	45	2.6	45	91	2	182	24	27	16	31	1.97
43277473--43277790	92	3.4	92	77	12	240	24	29	18	27	1.98
43281618--43281677	5	12.0	5	100	0	120	40	0	0	60	0.97
43286063--43286130	33	2.1	33	100	0	136	45	2	5	45	1.42
43289099--43289273	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	20	1.97
43289106--43289277	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43293603--43293704	29	3.6	27	78	7	89	29	32	16	21	1.95
43293575--43293695	57	2.1	57	83	6	147	31	31	14	22	1.94
43301163--43301265	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
43306977--43307147	44	3.8	45	76	13	170	30	29	18	21	1.97
43306984--43307153	93	1.8	91	91	2	277	29	29	19	21	1.98
43323727--43323773	23	2.0	23	100	0	94	44	38	0	17	1.48
43331341--43331521	40	4.5	40	79	7	188	24	25	23	25	2.00
43331341--43331519	80	2.2	81	87	3	254	24	25	24	25	2.00
43334466--43334686	114	1.9	113	87	2	318	23	15	11	49	1.77
43336521--43336584	25	2.6	25	87	0	92	26	18	20	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438