genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25123452--25123495	23	1.9	24	81	9	56	38	22	0	38	1.55
25124066--25124197	48	2.8	47	83	2	174	35	27	15	21	1.94
25125341--25125365	13	1.9	13	100	0	50	40	28	0	32	1.57
25132728--25132767	21	1.9	21	89	0	62	25	2	20	52	1.59
25141873--25142103	48	4.8	48	74	10	161	26	18	28	26	1.98
25141932--25142105	95	1.8	96	82	8	230	27	18	27	25	1.98
25149081--25149412	48	6.9	48	80	2	362	26	19	29	24	1.99
25151366--25151505	43	3.3	42	75	9	142	27	23	18	30	1.98
25152915--25153078	86	1.9	86	87	3	242	36	15	7	40	1.76
25154532--25154559	13	2.2	13	100	0	56	39	7	25	28	1.82
25159366--25159710	29	11.8	29	71	9	225	35	13	27	23	1.92
25159366--25159551	59	3.2	59	88	0	284	36	11	27	24	1.91
25159383--25159710	147	2.2	147	85	2	435	35	13	27	23	1.93
25159451--25159642	88	2.2	88	85	4	244	36	11	27	24	1.90
25159530--25159697	59	2.9	59	81	2	187	37	14	25	22	1.92
25164441--25164591	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
25164478--25164607	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
25164440--25164607	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
25171657--25171807	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
25171694--25171823	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
25171656--25171823	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
25174844--25175107	29	9.0	29	69	10	180	36	12	26	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25174874--25175076	59	3.5	59	87	3	302	36	11	27	24	1.90
25181005--25181167	39	4.2	39	89	0	245	22	19	32	25	1.97
25182706--25182894	93	2.0	93	100	0	378	30	10	11	47	1.74
25184616--25184662	23	2.0	23	91	0	76	46	2	10	40	1.50
25194748--25194815	34	2.0	34	82	5	84	29	23	27	19	1.98
25197461--25197787	109	3.0	109	98	0	618	37	9	17	35	1.82
25204196--25204234	18	2.1	18	90	4	60	30	17	0	51	1.46
25204738--25204902	12	12.8	13	74	18	116	58	19	0	21	1.43
25204730--25204904	37	4.8	36	74	20	134	58	20	0	21	1.43
25204738--25204911	5	35.6	5	71	23	108	58	19	0	21	1.43
25204743--25204902	70	2.3	68	81	14	170	58	19	0	21	1.43
25204729--25204911	46	3.8	48	75	15	148	57	19	0	21	1.44
25206453--25206513	13	4.7	13	81	0	77	37	27	8	26	1.85
25210015--25210165	43	3.5	42	86	2	194	33	22	15	28	1.94
25211596--25211665	19	3.6	18	72	22	61	55	21	1	21	1.51
25211559--25211663	5	21.6	5	69	24	50	57	19	1	21	1.51
25211558--25211663	40	2.9	37	86	8	137	57	18	1	21	1.50
25211631--25211675	23	2.0	23	86	8	65	60	20	2	17	1.47
25211803--25211868	30	2.3	29	79	7	80	62	7	7	22	1.48
25216146--25216232	37	2.4	37	84	3	104	41	4	3	50	1.40
25216146--25216234	12	7.2	12	68	14	56	41	4	3	50	1.39
25225802--25226365	305	1.8	306	87	2	830	35	9	18	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25227343--25227476	46	2.9	48	79	12	170	20	20	30	28	1.98
25229296--25229354	30	2.0	30	89	0	91	37	8	25	28	1.85
25234768--25234948	40	4.6	40	76	13	169	27	28	19	24	1.99
25234796--25234948	40	3.9	40	82	10	172	26	28	19	24	1.99
25236341--25236440	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99
25236382--25236491	40	2.7	39	82	8	114	23	29	23	23	1.99
25245912--25246092	78	2.3	79	85	7	244	25	27	21	24	1.99
25245910--25246092	40	4.6	39	82	9	212	26	27	21	24	1.99
25255657--25255788	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
25263593--25263724	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
25271545--25271584	20	1.9	22	90	10	66	40	7	12	40	1.71
25272998--25273039	13	3.2	13	86	0	57	28	2	14	54	1.52
25275654--25275694	19	2.3	19	87	8	59	17	43	26	12	1.84
25289833--25289927	28	3.3	28	85	5	111	32	25	12	29	1.93
25297884--25297983	27	3.5	28	84	5	112	32	26	13	29	1.93
25303167--25303282	39	3.0	39	86	5	146	25	25	18	30	1.98
25308875--25308969	34	2.8	34	81	1	100	26	23	22	28	1.99
25318913--25318972	30	2.0	30	90	0	93	38	6	25	30	1.81
25322291--25322336	20	2.3	20	100	0	92	32	10	8	47	1.69
25331227--25331358	29	4.6	28	84	5	149	29	16	25	28	1.97
25331227--25331358	58	2.3	58	85	5	178	29	16	25	28	1.97
25339180--25339282	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25347267--25347369	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
25350605--25350708	29	3.6	28	77	10	95	27	25	18	27	1.98
25358670--25358773	29	3.6	28	77	10	95	27	25	18	27	1.98
25365289--25365414	50	2.5	50	81	11	152	26	26	18	28	1.98
25365240--25365556	46	6.7	48	72	15	191	25	29	17	27	1.97
25367129--25367324	55	3.6	53	82	4	207	34	17	25	23	1.96
25367118--25367324	53	3.8	53	78	8	220	35	17	24	22	1.95
25367129--25367324	108	1.8	109	84	3	270	34	17	25	23	1.96
25380391--25380440	24	2.1	24	96	0	91	52	6	0	42	1.26
25381502--25381535	15	2.2	16	89	5	52	44	5	0	50	1.26
25386670--25386701	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
25386671--25386701	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
25388872--25388904	16	2.0	17	88	5	50	33	12	6	48	1.65
25405734--25405887	39	3.9	40	85	5	199	26	23	29	20	1.99
25405734--25405887	79	2.0	78	83	6	195	26	23	29	20	1.99
25408305--25408329	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25408430--25408551	29	4.2	29	97	1	228	27	27	14	30	1.95
25408393--25408551	58	2.8	58	89	2	187	26	31	15	27	1.95
25408393--25408551	87	1.8	86	85	4	221	26	31	15	27	1.95
25416255--25416356	29	3.5	29	98	0	195	28	28	14	28	1.95
25416226--25416356	58	2.3	58	89	2	192	27	29	16	27	1.97
25418188--25418256	28	2.5	28	88	6	97	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25418188--25418266	28	2.9	27	85	9	81	26	15	26	31	1.95
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25439858--25440008	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
25439858--25440008	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
25447850--25448015	40	4.2	40	79	3	158	23	27	22	26	1.99
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25450039--25450232	78	2.5	79	92	3	320	25	20	31	22	1.98
25461831--25461868	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25462098--25462268	93	1.8	93	89	0	270	30	28	19	21	1.97
25462093--25462265	46	3.7	46	76	10	181	31	27	19	21	1.97
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25469385--25469422	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25469652--25469822	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
25469647--25469819	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
25470242--25470302	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
25477355--25477408	22	2.4	21	79	11	63	37	5	12	44	1.66
25480972--25481021	25	2.0	25	100	0	100	44	24	8	24	1.80
25482567--25482635	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
25484425--25484468	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25486830--25486898	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25488687--25488730	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25490848--25490976	68	1.9	68	86	0	186	24	23	19	33	1.97
25494777--25494857	42	1.9	42	87	7	119	30	13	27	28	1.94
25494778--25494888	43	2.6	41	82	9	134	31	13	24	30	1.93
25496075--25496143	30	2.3	29	83	14	79	40	0	2	56	1.14
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25497964--25498136	46	3.8	46	92	1	285	38	14	24	23	1.92
25498068--25498198	62	2.1	62	92	0	217	37	16	25	20	1.93
25498022--25498244	108	2.1	108	93	0	374	37	15	24	22	1.93
25498130--25498294	46	3.6	46	94	0	267	38	16	23	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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