genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  150  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45178526--45178677	81	1.9	81	80	5	182	30	7	21	40	1.81
45178643--45178853	54	3.9	54	89	0	305	38	7	23	30	1.82
45178614--45178872	81	3.2	81	81	2	286	37	8	22	32	1.83
45181192--45181225	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
45181932--45181990	25	2.4	23	83	13	73	37	1	1	59	1.18
45182881--45183015	3	45.7	3	86	1	184	68	2	29	0	1.02
45186153--45186301	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
45186194--45186301	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
45202817--45202869	26	2.0	26	96	0	97	26	20	11	41	1.86
45207060--45207101	21	2.0	21	95	0	75	28	11	28	30	1.92
45220666--45220795	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
45222571--45222786	40	5.4	40	90	4	305	25	28	22	22	1.99
45230300--45230517	40	5.5	40	91	2	316	24	28	23	22	1.99
45231774--45231807	17	2.1	17	94	5	61	0	23	0	76	0.79
45239696--45239823	48	2.7	47	83	9	143	22	18	27	31	1.97
45239741--45239962	48	4.7	48	73	13	127	24	19	26	29	1.98
45245031--45245545	49	10.5	49	95	0	886	28	9	32	29	1.89
45245641--45245756	37	3.1	37	97	0	214	24	21	35	18	1.96
45248760--45248935	46	3.8	46	74	10	160	30	27	19	22	1.98
45248767--45248938	93	1.8	93	86	0	245	29	27	20	23	1.99
45250870--45250917	20	2.4	20	89	10	80	35	10	16	37	1.83
45250965--45251048	26	3.4	25	88	8	118	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45257060--45257126	26	2.6	26	90	0	98	29	34	22	13	1.92
45263392--45263707	48	6.7	46	72	12	162	26	17	30	26	1.97
45263486--45263707	48	4.6	48	77	10	188	25	16	31	27	1.96
45273140--45273218	31	2.5	31	85	0	104	26	22	16	34	1.95
45273424--45273559	26	5.3	26	89	3	199	27	22	21	27	1.99
45274358--45274449	27	3.4	27	80	8	89	17	22	20	39	1.93
45274479--45274858	27	14.0	27	73	7	234	30	9	19	40	1.83
45274586--45274878	81	3.6	80	82	4	338	30	8	20	40	1.81
45274650--45274855	107	1.9	107	80	3	236	29	8	20	42	1.81
45277114--45277192	31	2.5	31	89	0	113	25	24	16	34	1.95
45277411--45277558	25	5.8	26	95	0	248	27	23	22	25	2.00
45277411--45277558	52	2.9	51	95	2	262	27	23	22	25	2.00
45278357--45278448	27	3.4	27	82	8	89	18	25	20	35	1.95
45278379--45278448	27	2.6	27	90	0	104	15	28	20	35	1.93
45278565--45278838	54	5.1	52	74	12	209	28	6	21	42	1.79
45278592--45278824	81	2.9	80	85	3	292	27	6	21	44	1.77
45278593--45278838	27	9.2	27	80	8	234	28	6	21	43	1.78
45278790--45278861	27	2.7	28	80	8	78	34	5	22	37	1.77
45288481--45288702	46	4.8	46	82	9	290	21	20	27	30	1.98
45291474--45291518	18	2.5	18	92	0	72	8	37	8	44	1.67
45292544--45292592	22	2.3	21	80	16	57	28	0	40	30	1.57
45303530--45303616	45	2.0	44	90	2	138	25	17	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45309305--45309484	40	4.6	39	80	4	166	23	26	25	24	2.00
45309340--45309484	40	3.6	40	84	4	184	23	26	25	24	2.00
45310067--45310112	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
45315353--45315532	40	4.6	39	81	4	175	23	26	25	25	2.00
45315388--45315532	40	3.6	40	85	4	193	23	25	25	25	2.00
45328873--45329067	68	2.8	68	88	3	239	23	28	15	32	1.95
45328910--45329067	68	2.3	68	93	0	262	25	29	13	31	1.94
45328868--45329093	68	3.3	66	81	10	222	22	27	15	34	1.94
45335793--45335937	8	18.5	8	73	26	125	26	22	2	48	1.61
45335829--45335907	13	5.9	13	72	19	65	25	26	1	46	1.60
45335796--45335937	54	2.8	50	91	8	220	26	23	2	48	1.62
45338912--45339235	49	6.8	48	75	12	256	24	30	19	25	1.98
45338914--45339235	93	3.4	93	80	10	316	24	30	19	25	1.98
45341209--45341426	40	5.5	40	88	5	300	27	26	19	25	1.99
45341209--45341433	79	2.8	79	88	4	319	28	27	20	24	1.99
45341209--45341426	119	1.8	120	84	6	300	27	26	19	25	1.99
45349305--45349468	40	4.1	39	79	6	145	27	26	20	25	1.99
45359869--45359946	22	3.3	22	65	25	59	30	32	12	24	1.93
45359797--45359976	50	3.6	50	91	2	265	29	28	16	25	1.97
45364923--45365085	71	2.3	71	97	1	310	36	17	26	19	1.94
45371515--45371544	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
45372178--45372276	29	3.5	28	83	5	119	29	16	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45379981--45380134	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
45380031--45380134	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
45387202--45387307	42	2.5	42	96	0	194	29	15	33	22	1.94
45391159--45391265	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
45391273--45391342	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
45398385--45398491	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
45398499--45398568	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
45403388--45403561	46	3.8	46	78	7	199	21	19	28	30	1.98
45403384--45403555	93	1.8	93	92	0	290	21	19	29	29	1.98
45406343--45406393	15	3.5	15	86	2	68	9	17	11	60	1.57
45408769--45408939	93	1.8	92	94	1	306	21	20	30	28	1.98
45408774--45408947	46	3.8	45	80	11	210	21	20	29	28	1.98
45418570--45418762	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
45418420--45418879	122	3.8	123	96	0	825	30	10	25	33	1.90
45418420--45418879	245	1.9	245	94	0	823	30	10	25	33	1.90
45418848--45419051	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
45425909--45426368	123	3.8	123	96	0	807	30	10	25	33	1.90
45426337--45426564	40	5.7	40	89	0	285	25	21	25	26	2.00
45434100--45434200	29	3.5	29	87	1	141	25	16	30	26	1.97
45434087--45434200	29	4.0	29	83	6	126	27	16	28	27	1.97
45434100--45434209	57	1.9	58	88	1	168	26	16	30	26	1.97
45439483--45439565	40	2.0	41	84	11	109	51	3	12	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45442304--45442384	26	3.1	26	77	7	92	25	20	19	33	1.97
45444195--45444283	43	2.0	44	93	2	153	25	12	24	37	1.91
45444529--45444573	24	1.9	23	86	4	63	40	0	35	24	1.56
45446022--45446102	26	3.1	26	78	7	92	22	20	23	33	1.97
45450691--45450721	15	2.1	15	100	0	62	32	12	25	29	1.93
45456207--45456262	26	2.2	26	83	0	67	33	1	5	58	1.31
45456323--45456417	37	2.6	37	80	11	106	38	2	7	51	1.42
45463084--45463236	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
45471094--45471246	40	3.8	40	80	4	146	24	22	27	26	2.00
45478049--45478840	220	3.6	220	91	1	1149	32	18	21	27	1.97
45479520--45479571	18	2.9	17	82	5	59	69	7	15	7	1.35
45480837--45480876	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
45487177--45487429	68	3.8	65	77	10	221	30	16	28	24	1.97
45497178--45497383	43	4.8	43	95	0	358	13	22	31	32	1.92
45497552--45497708	29	5.4	29	70	12	92	22	19	28	29	1.98
45497549--45497717	58	2.9	58	89	2	252	22	18	29	29	1.97
45501112--45501409	48	6.2	48	93	0	506	36	6	25	31	1.81
45501541--45501650	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
45503350--45503374	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
45506918--45507060	39	3.7	37	80	7	133	22	27	24	25	2.00
45506950--45507055	39	2.7	38	87	8	142	20	29	26	23	1.99
45511674--45511722	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45512544--45512694	40	3.8	40	83	4	171	25	23	27	23	2.00
45512580--45512710	40	3.3	40	80	6	167	23	22	27	25	2.00
45521016--45521138	39	3.2	39	95	1	212	20	21	31	26	1.98
45525971--45526005	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
45527298--45527329	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
45527795--45527879	39	2.2	39	89	0	134	20	18	31	29	1.96
45533801--45533855	29	1.9	28	88	3	83	36	23	20	20	1.95
45536572--45536747	46	3.8	46	78	10	187	22	21	27	28	1.99
45536569--45536740	93	1.8	93	91	0	281	22	22	27	27	1.99
45539475--45539558	36	2.5	33	80	11	89	48	2	2	46	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438