genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27932005--27932043	19	2.1	18	90	4	60	23	17	38	20	1.93
27932113--27932229	29	4.1	28	72	10	94	28	11	29	30	1.91
27936961--27937153	39	4.9	39	88	0	242	23	31	21	23	1.98
27936991--27937153	39	4.2	39	91	0	254	24	31	20	23	1.98
27942596--27942805	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27950732--27950941	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
27961317--27961430	39	2.9	39	89	1	165	24	30	21	23	1.99
27968206--27968412	53	3.8	53	77	4	200	37	17	24	20	1.94
27971135--27971305	39	4.4	39	87	0	234	23	30	21	24	1.99
27974382--27974430	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
27974957--27974991	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
27975704--27975752	23	2.1	23	100	0	98	42	24	4	28	1.73
27981075--27981158	36	2.3	36	91	4	134	15	11	30	41	1.83
27983088--27983184	29	3.3	29	77	1	104	39	20	16	23	1.92
27984669--27984794	40	3.2	40	87	0	171	25	26	23	24	2.00
27984669--27984838	80	2.1	80	81	4	200	25	25	24	25	2.00
27984685--27984871	40	4.7	40	78	6	148	24	24	24	26	2.00
27996480--27996554	22	3.3	22	68	17	71	45	9	4	41	1.55
27996496--27996570	25	3.1	25	67	18	77	50	8	5	36	1.54
27996477--27996570	47	2.0	47	100	0	188	48	8	4	38	1.53
27997061--27997116	21	2.5	21	78	21	60	53	0	1	44	1.11
27997685--27997733	25	2.0	24	88	4	71	40	2	0	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27997720--27997824	45	2.4	44	73	17	101	49	2	0	47	1.16
28000979--28001023	17	2.7	17	82	3	56	20	15	37	26	1.92
28001140--28001186	20	2.3	20	81	0	58	25	25	17	31	1.97
28001425--28001457	15	2.1	16	88	5	50	30	0	6	63	1.18
28002745--28002775	8	3.8	8	95	4	53	80	9	0	9	0.90
28002745--28002777	17	1.9	17	100	0	66	78	9	0	12	0.95
28002744--28002777	9	3.9	9	92	7	61	79	8	0	11	0.94
28003651--28003691	14	2.9	15	82	10	50	70	4	19	4	1.24
28003739--28003779	19	2.1	20	95	4	75	70	4	24	0	1.06
28003765--28003824	30	2.0	31	83	3	77	73	6	13	6	1.24
28005876--28005939	32	2.0	32	100	0	128	15	31	12	40	1.85
28006151--28006183	15	2.1	16	88	5	50	30	0	6	63	1.18
28011348--28011504	43	3.6	42	78	15	144	31	25	18	24	1.98
28015752--28015821	22	3.2	21	67	15	52	40	10	11	38	1.75
28015743--28015830	44	2.0	44	95	0	158	39	11	11	37	1.77
28023353--28023394	5	8.4	5	97	0	75	21	57	0	21	1.41
28026473--28026515	20	2.1	21	91	4	70	39	2	23	34	1.67
28027953--28028028	39	1.9	39	97	0	143	46	10	9	34	1.70
28030497--28030551	25	2.2	25	81	12	60	49	7	1	41	1.41
28030589--28030724	67	2.0	67	84	2	175	41	7	12	38	1.71
28030951--28030988	19	2.0	19	94	0	67	26	23	15	34	1.95
28036116--28036150	18	1.9	18	100	0	70	28	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28037871--28037940	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
28045767--28045840	28	2.5	28	82	6	85	27	13	28	31	1.94
28048643--28048755	44	2.6	44	78	9	117	35	26	18	19	1.95
28050515--28050544	14	2.1	14	100	0	60	56	13	10	20	1.65
28057211--28057245	15	2.3	15	100	0	70	42	14	5	37	1.69
28057333--28057421	31	2.8	33	86	6	121	50	14	8	25	1.72
28066104--28066331	50	4.6	50	75	9	196	29	25	17	27	1.98
28068109--28068161	26	2.0	27	85	7	74	26	15	22	35	1.93
28069648--28069755	26	4.2	26	89	4	164	37	23	6	33	1.80
28082101--28082126	10	2.6	10	100	0	52	30	19	7	42	1.79
28083932--28084027	40	2.4	40	89	0	147	16	18	27	37	1.92
28086962--28087163	40	5.2	40	78	8	191	25	25	22	26	2.00
28086962--28087163	80	2.6	76	83	4	217	25	25	22	26	2.00
28091739--28091924	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
28096361--28096462	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
28104203--28104304	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
28112051--28112152	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
28115374--28115444	30	2.3	32	80	14	94	33	5	8	52	1.55
28115507--28115540	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
28116139--28116165	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28117473--28117597	45	2.7	45	80	5	142	36	25	13	24	1.92
28117511--28117598	45	2.0	45	93	0	149	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28128853--28128943	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
28128983--28129086	48	2.2	48	94	0	181	31	28	6	32	1.83
28129078--28129362	49	5.9	49	92	3	479	29	28	8	33	1.86
28129078--28129364	96	3.0	96	93	3	488	29	28	8	33	1.86
28129078--28129362	145	2.0	145	99	0	561	29	28	8	33	1.86
28132981--28133240	40	6.6	40	82	7	255	26	28	20	24	1.99
28135142--28135232	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
28135272--28135375	48	2.2	48	94	0	181	31	28	6	32	1.83
28135367--28135650	47	6.0	47	92	3	471	29	28	8	33	1.87
28135367--28135648	142	2.0	144	97	2	541	29	28	8	33	1.87
28139377--28139560	40	4.7	40	89	4	275	32	28	21	18	1.97
28139377--28139560	78	2.3	79	87	4	273	32	28	21	18	1.97
28147372--28147557	40	4.7	40	91	1	284	32	28	20	18	1.96
28147396--28147550	79	2.0	79	96	0	283	34	30	19	16	1.93
28151976--28152014	17	2.2	19	86	9	55	30	2	2	64	1.21
28163729--28163858	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
28163745--28163896	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
28163745--28163894	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
28167069--28167119	23	2.2	23	85	0	66	39	15	21	23	1.92
28168175--28168225	17	3.0	17	97	0	93	43	23	15	17	1.88
28182644--28182778	43	3.2	43	79	12	152	31	16	25	27	1.96
28184266--28184369	48	2.2	48	94	0	181	47	12	15	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28185399--28185443	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
28187793--28187921	39	3.3	39	82	3	170	39	10	13	37	1.78
28187785--28187934	39	3.8	39	81	0	165	38	10	12	38	1.78
28188537--28188582	23	2.0	23	100	0	92	30	26	17	26	1.97
28192753--28192835	41	2.0	41	92	0	139	28	15	14	40	1.87
28195460--28195503	21	2.0	22	86	4	63	31	27	0	40	1.56
28195684--28195824	42	3.3	43	82	7	162	32	24	17	25	1.96
28195665--28195824	86	1.9	85	81	6	198	31	25	17	25	1.97
28195683--28195823	44	3.3	44	82	6	146	31	24	17	26	1.97
28204516--28204553	18	2.1	18	100	0	76	26	10	21	42	1.85
28207537--28207704	40	4.2	40	90	2	250	23	23	28	24	2.00
28219038--28219110	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
28218980--28219110	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
28225462--28225504	23	1.9	22	85	4	59	53	27	6	11	1.63
28226240--28226321	42	1.9	43	87	2	121	36	23	15	24	1.94
28226227--28226365	44	3.2	43	77	10	124	33	21	17	27	1.96
28229882--28230068	48	3.9	47	75	6	178	25	17	28	28	1.97
28229880--28230163	96	3.0	96	83	4	322	25	17	30	26	1.98
28231735--28231837	44	2.4	42	75	10	109	36	27	11	24	1.90
28234973--28235183	48	4.4	49	81	8	238	27	20	27	23	1.99
28238038--28238100	5	11.8	5	74	12	54	30	38	12	19	1.89
28238041--28238099	11	5.5	11	95	2	102	30	37	13	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28239001--28239325	108	3.0	108	86	0	443	28	16	15	38	1.90
28243897--28243939	20	2.1	21	86	4	61	48	9	20	20	1.77
28249870--28249899	11	2.7	11	100	0	60	26	0	6	66	1.16
28252188--28252352	83	2.0	83	93	0	285	27	10	26	35	1.89
28255529--28255735	53	3.8	53	75	3	198	37	18	23	20	1.94
28257623--28257654	7	4.6	7	96	0	55	53	0	46	0	1.00
28259449--28259541	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
28260663--28260692	15	2.0	15	100	0	60	53	13	13	20	1.72
28266669--28266805	68	2.0	68	100	0	274	32	20	13	33	1.91
28276228--28276272	17	2.8	16	83	6	54	40	31	6	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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