genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  355  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110737405--110737453	25	2.0	24	96	4	89	38	0	0	61	0.96
110740253--110740300	20	2.3	21	79	10	55	37	2	0	60	1.09
110745088--110745132	19	2.4	19	85	10	58	20	17	13	48	1.80
110748365--110748441	26	2.8	27	88	9	111	75	6	6	11	1.18
110749815--110749939	45	2.8	45	84	3	164	29	16	25	28	1.96
110749815--110750254	44	9.5	44	70	16	194	29	16	24	29	1.97
110750010--110750039	14	2.1	14	100	0	60	30	13	36	20	1.90
110750024--110750254	44	5.2	43	79	8	216	27	16	26	29	1.97
110750024--110750254	89	2.6	88	86	5	288	27	16	26	29	1.97
110750324--110750476	44	3.5	43	78	8	157	28	18	22	30	1.97
110752024--110752082	23	2.6	23	83	2	75	16	1	8	72	1.17
110754021--110754055	13	2.7	13	90	0	61	5	37	28	28	1.80
110763364--110763407	23	1.9	23	86	9	63	31	18	20	29	1.96
110764723--110764774	26	2.0	26	88	3	79	46	0	1	51	1.12
110767147--110767185	20	1.9	21	89	5	62	58	0	7	33	1.26
110768234--110768704	46	10.0	46	85	5	519	20	24	15	40	1.90
110768239--110768704	192	2.5	188	81	6	523	19	24	15	40	1.90
110768542--110768628	30	3.2	30	61	29	77	21	26	16	35	1.94
110768478--110768704	96	2.4	92	87	5	328	21	25	14	38	1.91
110770847--110770880	14	2.3	15	95	5	61	70	0	0	29	0.87
110772130--110772197	34	2.0	34	97	0	127	52	8	10	27	1.65
110772137--110772191	16	3.1	19	65	20	55	56	9	9	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110773436--110773521	42	2.0	42	93	0	145	33	17	19	29	1.95
110776248--110776320	36	2.0	36	100	0	146	38	8	5	47	1.56
110776358--110776439	41	2.0	41	100	0	164	26	14	12	46	1.80
110779893--110780000	57	1.9	57	90	0	171	32	13	16	37	1.88
110780699--110780757	22	2.8	20	78	14	64	42	1	3	52	1.28
110781601--110781677	14	5.1	14	72	16	55	32	1	3	62	1.22
110783758--110783959	49	4.1	49	96	0	368	33	9	26	30	1.88
110784030--110784116	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
110787199--110787362	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
110787199--110787396	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
110799038--110799201	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
110799038--110799235	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
110806605--110806768	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
110806605--110806802	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
110808123--110808274	40	3.8	40	93	0	250	25	20	28	25	1.99
110809019--110809198	40	4.5	40	77	6	150	26	23	25	25	2.00
110809020--110809238	80	2.7	80	76	6	185	26	23	25	23	2.00
110811402--110811652	49	5.1	49	97	0	466	34	8	26	31	1.86
110811739--110811811	37	2.0	37	97	0	137	23	20	31	24	1.98
110818789--110818817	14	2.1	14	100	0	58	31	13	34	20	1.92
110820559--110820585	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
110821359--110821496	69	2.0	69	88	2	206	37	17	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110825893--110825931	18	2.0	20	90	9	64	58	0	15	25	1.37
110826403--110826449	21	2.3	20	78	10	51	57	2	0	40	1.11
110836946--110837021	19	3.8	19	84	8	98	36	10	17	35	1.84
110840319--110840496	44	4.0	44	70	10	146	33	17	22	26	1.96
110840444--110841025	175	3.3	175	89	2	859	32	18	21	27	1.96
110841486--110841583	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
110841476--110841559	36	2.4	35	88	11	111	38	10	14	36	1.81
110844597--110844738	40	3.5	40	83	4	180	24	30	20	23	1.98
110846940--110846984	19	2.4	19	77	11	56	64	4	2	28	1.25
110849630--110849746	49	2.4	49	85	2	146	24	26	18	29	1.98
110849667--110849888	46	4.7	46	75	10	155	25	28	18	27	1.98
110852631--110852679	23	2.1	23	100	0	98	59	4	0	36	1.17
110853032--110853058	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
110858357--110858443	45	2.0	44	95	2	156	26	10	25	37	1.88
110870922--110871008	45	2.0	44	95	2	156	26	10	25	37	1.88
110876617--110876676	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
110876717--110876768	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
110877416--110877534	27	4.4	27	82	2	114	25	19	19	36	1.95
110877430--110877534	54	1.9	54	84	3	140	25	18	20	36	1.95
110884189--110884220	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
110884553--110884583	8	3.9	8	95	0	53	6	38	29	25	1.81
110884552--110884586	8	4.4	8	92	0	52	5	34	31	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110884950--110885068	27	4.4	27	82	2	141	25	20	18	36	1.95
110886760--110886931	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
110886753--110886928	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
110886802--110886940	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
110895712--110895768	21	2.7	21	94	0	96	40	8	26	24	1.84
110932003--110932028	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
110933946--110934015	27	2.6	27	90	2	113	31	27	12	28	1.93
110936620--110936825	40	5.2	40	95	0	342	23	22	26	27	2.00
110944414--110944482	33	2.1	33	97	0	129	40	11	14	33	1.82
110944863--110944906	20	2.1	21	84	16	56	29	11	22	36	1.89
110946363--110946533	50	3.5	49	81	10	167	28	19	27	24	1.98
110946401--110946580	50	3.7	47	80	8	164	27	18	30	23	1.98
110951886--110951915	14	2.1	14	100	0	60	10	6	43	40	1.64
110956794--110956827	17	2.0	17	88	0	50	32	20	5	41	1.76
110960069--110960179	24	4.6	24	87	3	143	27	17	22	33	1.96
110960069--110960179	48	2.3	48	89	3	170	27	17	22	33	1.96
110962108--110962158	24	2.1	24	88	0	75	33	1	39	25	1.67
110963577--110963688	27	4.2	26	77	7	107	16	21	22	39	1.92
110965981--110966211	28	8.3	28	81	6	213	32	20	21	24	1.97
110967781--110967867	45	1.9	46	85	2	122	35	21	3	39	1.71
110972848--110972949	29	3.5	29	71	11	82	27	15	17	39	1.90
110982632--110982821	29	6.6	29	84	3	89	25	31	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110982691--110982821	58	2.3	58	97	0	244	26	29	14	29	1.95
110982662--110982821	87	1.8	87	87	2	241	26	31	15	27	1.95
110990492--110990652	29	5.6	29	81	4	83	25	32	16	26	1.96
110990491--110990652	58	2.8	59	85	3	195	25	32	16	26	1.96
110992565--110992748	40	4.6	40	82	6	212	26	24	25	23	2.00
110992565--110992748	80	2.3	80	85	3	237	26	24	25	23	2.00
110997098--110997139	19	2.3	19	88	8	61	19	14	33	33	1.91
110999825--111000043	40	5.6	40	80	8	218	24	22	27	26	2.00
110999825--111000007	80	2.3	80	86	4	246	24	22	27	25	2.00
111000270--111000313	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
111011107--111011235	39	3.3	39	87	0	186	31	20	25	22	1.98
111011109--111011264	78	2.0	77	85	3	206	30	20	26	22	1.98
111016386--111016446	24	2.5	24	91	0	95	24	16	32	26	1.96
111024164--111024227	24	2.7	24	87	0	83	25	17	32	25	1.96
111029875--111029977	34	3.0	34	78	16	97	23	22	23	31	1.99
111029896--111029977	34	2.5	33	81	15	105	24	21	23	30	1.99
111032316--111032367	22	2.4	21	80	3	59	15	26	34	23	1.94
111034284--111034315	15	2.1	15	100	0	64	31	0	12	56	1.37
111035011--111035058	20	2.4	20	83	13	71	14	29	20	35	1.93
111037853--111038075	47	4.7	47	89	3	302	29	30	7	33	1.84
111037903--111037981	25	3.3	25	61	10	65	32	29	5	32	1.79
111051594--111051632	20	2.1	19	85	9	53	2	25	17	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111054620--111054804	40	4.7	40	81	9	209	23	21	28	26	1.99
111054621--111054837	79	2.7	78	76	12	219	25	21	27	25	1.99
111054983--111055030	24	2.0	24	100	0	96	12	20	25	41	1.87
111060052--111060276	40	5.7	41	90	3	270	25	26	21	26	1.99
111068241--111068426	40	4.7	40	82	6	191	27	25	20	26	1.99
111076783--111076943	29	5.6	29	81	4	83	25	32	16	26	1.96
111076782--111076943	58	2.8	59	85	3	195	25	32	16	26	1.96
111078859--111079042	40	4.6	40	82	6	212	26	24	25	23	2.00
111078859--111079042	80	2.3	80	85	3	237	26	24	25	23	2.00
111083392--111083429	19	2.0	19	100	0	76	21	10	31	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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