genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75032629--75032677	25	2.0	25	87	0	71	38	6	8	46	1.58
75037731--75037874	39	3.7	39	90	0	234	27	20	29	22	1.99
75037732--75037914	78	2.3	79	89	1	269	25	22	28	23	1.99
75040405--75040557	39	3.9	39	91	0	234	23	20	32	23	1.98
75040412--75040586	78	2.2	78	86	1	197	23	22	32	22	1.98
75048408--75048551	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
75048409--75048591	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
75050041--75050487	104	4.2	105	90	7	665	56	4	4	34	1.39
75050041--75050487	207	2.1	215	90	6	707	56	4	4	34	1.39
75050041--75050487	109	4.2	109	88	8	688	56	4	4	34	1.39
75053528--75053560	15	2.1	16	88	5	50	39	45	3	12	1.57
75053570--75053726	7	21.9	7	65	10	57	38	39	1	20	1.61
75053593--75053623	15	2.1	15	93	0	53	48	35	0	16	1.46
75053571--75053657	37	2.4	36	90	5	138	41	40	1	17	1.57
75053607--75053664	22	2.6	21	76	10	53	41	39	0	18	1.51
75053787--75053826	7	5.6	7	82	5	53	45	35	0	20	1.51
75053786--75053832	15	3.2	15	81	6	60	44	34	0	21	1.52
75053597--75053726	15	9.1	14	71	9	66	39	39	0	20	1.58
75056135--75056298	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75056135--75056332	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
75063238--75063401	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75063238--75063435	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75067555--75067659	26	4.0	26	89	0	156	33	5	23	37	1.79
75070350--75070379	16	1.9	16	93	6	53	60	10	3	26	1.45
75074605--75074686	26	3.2	26	96	0	146	31	7	24	36	1.83
75080193--75080414	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
75080373--75080523	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
75080374--75080523	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
75082601--75082710	43	2.6	43	80	1	123	20	20	29	30	1.98
75084698--75084725	14	2.0	14	100	0	56	7	14	7	71	1.29
75084752--75084799	18	2.7	17	79	17	53	25	2	2	70	1.09
75085552--75085586	18	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
75088581--75088635	16	3.5	15	71	24	51	16	0	32	50	1.45
75088613--75088664	22	2.3	22	90	3	77	21	0	32	46	1.52
75090281--75090415	48	2.8	45	85	7	162	52	5	7	34	1.54
75090548--75090644	11	8.9	11	75	6	72	43	1	18	37	1.57
75090547--75090593	21	2.3	21	88	3	78	44	0	19	36	1.51
75090561--75090660	32	3.1	32	69	12	80	43	1	19	37	1.58
75093925--75093989	29	2.2	31	80	5	80	18	36	0	44	1.50
75098843--75098899	25	2.3	25	90	0	87	26	8	24	40	1.84
75100545--75100596	21	2.5	21	93	0	86	21	26	25	26	1.99
75104914--75105043	40	3.3	39	82	10	165	21	24	29	24	1.99
75111338--75111501	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
75111338--75111535	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75114084--75114247	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
75114084--75114281	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
75116757--75116886	40	3.2	40	83	4	174	21	25	29	23	1.99
75119501--75119662	42	3.7	42	80	9	146	31	25	12	29	1.93
75119568--75119873	48	6.2	49	77	10	259	32	25	13	28	1.94
75119581--75119813	94	2.5	93	80	4	216	32	25	14	27	1.95
75133762--75133933	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
75133754--75133929	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
75140873--75140903	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
75141537--75141562	13	2.0	13	100	0	52	7	23	7	61	1.49
75143989--75144045	18	3.1	18	75	14	55	64	1	7	26	1.28
75144044--75144089	20	2.1	22	84	11	60	54	0	13	32	1.39
75147308--75147357	23	2.2	23	89	3	75	38	24	12	26	1.90
75147956--75147993	17	2.2	18	85	4	51	47	15	7	28	1.74
75148304--75148368	29	2.3	28	86	2	85	49	12	1	36	1.50
75148431--75148500	26	2.7	24	79	20	70	41	14	4	40	1.65
75148543--75148580	18	2.1	19	85	5	51	26	21	5	47	1.71
75155306--75155415	48	2.3	48	87	1	150	22	14	28	34	1.94
75162427--75162505	28	2.7	30	84	7	108	35	5	10	49	1.59
75162398--75162529	30	4.4	30	76	12	103	34	4	14	46	1.65
75179413--75179514	47	2.2	47	94	0	177	22	22	27	27	1.99
75182697--75182736	19	2.1	19	100	0	80	32	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75186559--75186615	28	2.0	29	80	16	66	35	1	19	43	1.61
75187456--75187520	15	4.4	15	77	9	71	10	15	13	60	1.60
75187452--75187520	30	2.3	31	82	9	90	10	14	17	57	1.63
75189194--75189230	12	3.1	12	100	0	74	0	24	8	67	1.17
75189197--75189230	6	5.7	6	85	0	50	0	26	5	67	1.13
75190956--75191095	43	3.3	41	76	10	129	27	20	24	28	1.99
75200109--75200133	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
75202580--75202638	29	2.0	31	90	6	95	32	11	3	52	1.54
75205451--75205522	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
75205673--75205819	50	2.9	50	93	2	242	27	25	9	37	1.87
75205777--75205969	47	4.1	47	88	2	228	26	27	10	34	1.90
75205891--75205970	25	3.3	25	63	16	60	32	25	6	36	1.81
75209284--75209703	48	8.8	48	86	1	529	25	16	28	29	1.97
75210610--75210771	76	2.1	76	89	0	243	28	18	29	24	1.98
75217186--75217704	48	10.8	48	86	2	596	26	16	28	29	1.97
75222316--75222365	26	1.9	26	100	0	100	20	8	10	62	1.52
75224170--75224248	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
75224460--75224587	50	2.5	52	88	6	192	29	21	20	28	1.98
75224460--75224587	25	5.1	26	82	3	156	29	21	20	28	1.98
75224637--75224723	20	4.3	20	89	2	131	31	17	10	41	1.83
75225420--75225484	27	2.4	28	80	14	75	29	23	16	30	1.96
75225432--75225496	27	2.4	27	82	5	78	24	24	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75225550--75225647	27	3.6	26	74	15	81	34	8	16	40	1.78
75225624--75225736	27	4.2	27	80	6	131	29	7	21	41	1.81
75225772--75225910	27	5.2	27	84	0	172	41	8	22	27	1.83
75229655--75229731	36	2.1	36	85	0	100	25	10	28	35	1.89
75233050--75233092	22	2.0	22	95	0	77	51	0	34	13	1.42
75237753--75237802	25	2.0	25	100	0	100	16	20	36	28	1.93
75243352--75243425	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75251125--75251198	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75265356--75265440	45	1.9	44	85	7	118	25	12	24	36	1.92
75265796--75265822	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
75271147--75271313	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
75282686--75282852	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
75290731--75290858	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
75294472--75294504	17	1.9	17	88	11	50	33	12	27	27	1.92
75297737--75297839	44	2.3	44	86	6	136	26	20	30	23	1.99
75306782--75306850	30	2.3	30	100	0	138	18	24	36	20	1.95
75325334--75325495	86	1.9	86	80	5	193	33	24	15	25	1.95
75336324--75336441	47	2.5	47	91	0	182	32	27	15	25	1.95
75336913--75336971	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
75338506--75338567	27	2.3	27	83	5	72	24	22	17	35	1.95
75341691--75341863	46	3.7	46	75	13	174	21	20	28	29	1.98
75349238--75349412	46	3.8	45	80	11	203	20	21	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75349235--75349405	92	1.9	92	94	0	306	20	21	29	28	1.98
75352504--75352531	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
75353662--75353711	19	2.9	18	80	11	52	40	0	2	58	1.10
75354795--75354882	46	1.9	46	83	0	113	26	19	22	31	1.98
75355610--75355688	39	2.0	39	97	0	149	16	15	26	41	1.88
75358030--75358081	26	2.0	26	100	0	104	38	15	11	34	1.83
75358104--75358186	26	3.2	26	94	0	148	32	6	25	36	1.80
75359780--75359935	27	5.8	28	81	8	171	19	24	21	34	1.96
75359777--75359938	54	3.0	54	90	2	238	19	24	21	34	1.96
75365763--75365799	18	2.1	18	100	0	74	48	18	10	21	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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