genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.388.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  388  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120977734--120977774	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
120977875--120977947	27	2.6	28	82	10	87	38	38	4	19	1.71
120977875--120977946	28	2.6	29	80	13	87	37	38	4	19	1.71
120978148--120978188	10	4.3	10	81	12	50	31	24	0	43	1.54
120978378--120978402	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
120978406--120978452	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
120979808--120979845	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
120979921--120979946	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
120981937--120981990	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
120981957--120982000	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
120985933--120986154	88	2.5	86	91	2	338	28	17	25	27	1.98
120986117--120987399	44	29.4	44	87	3	1765	27	17	32	22	1.96
120986117--120987399	172	7.3	175	88	3	1781	27	17	32	22	1.96
120987690--120987735	18	2.7	18	86	6	60	82	0	6	10	0.83
120988414--120988440	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
120988907--120988944	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
120991034--120991087	24	2.2	24	90	6	83	24	22	14	38	1.91
120991054--120991097	19	2.3	19	96	0	79	22	20	15	40	1.90
120996253--120996405	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
120996254--120996435	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
120996626--120996659	16	2.1	16	100	0	68	14	11	29	44	1.81
121004357--121004509	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121004358--121004539	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
121011230--121011255	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
121011288--121011322	17	2.1	17	100	0	70	22	11	0	65	1.24
121012467--121012496	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
121012766--121012806	15	2.5	17	80	11	50	29	2	0	68	1.03
121013356--121013424	20	3.3	21	76	15	63	47	4	1	46	1.31
121022318--121022397	39	2.1	38	92	0	115	47	5	2	45	1.38
121022327--121022401	39	1.9	39	100	0	150	45	5	2	46	1.40
121024162--121024194	16	2.1	16	100	0	66	57	0	12	30	1.35
121028322--121028432	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
121029195--121029239	4	11.2	4	90	0	72	0	28	0	71	0.87
121029196--121029239	16	2.8	16	100	0	88	0	29	0	70	0.88
121032720--121032756	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
121033181--121033288	56	1.9	55	90	1	171	39	8	12	39	1.72
121037290--121037326	15	2.5	15	95	0	65	27	13	21	37	1.91
121037411--121037463	23	2.3	24	90	6	83	22	18	9	49	1.76
121037809--121037842	15	2.3	15	89	0	50	44	11	29	14	1.81
121039156--121039184	8	3.6	8	100	0	58	27	0	0	72	0.85
121040895--121040947	18	2.9	18	75	13	54	58	5	0	35	1.22
121041218--121041265	23	2.1	23	100	0	96	33	12	8	45	1.72
121042176--121042201	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
121046638--121046774	19	7.7	18	66	21	67	67	0	4	27	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121046633--121046779	10	15.4	10	71	20	70	64	0	4	30	1.17
121046584--121046779	9	20.9	9	70	17	80	63	1	4	30	1.21
121046953--121047065	40	2.9	38	74	12	104	34	4	0	61	1.16
121046933--121047064	10	13.4	10	67	12	67	34	3	0	61	1.19
121054335--121054379	20	2.2	20	100	0	90	40	24	17	17	1.91
121066608--121066650	18	2.4	17	82	17	52	65	0	4	30	1.13
121082115--121082179	25	2.6	25	80	4	78	36	18	26	18	1.94
121082780--121082987	99	2.1	100	90	3	321	37	18	7	36	1.79
121086677--121086789	37	2.9	40	71	10	106	31	23	17	27	1.97
121087689--121087722	8	4.2	8	84	0	50	55	0	2	41	1.15
121089079--121089122	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
121090218--121090268	18	2.8	18	76	8	59	3	33	0	62	1.13
121091959--121091996	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
121092225--121092393	46	3.7	45	78	13	191	30	28	19	21	1.98
121092226--121092396	93	1.8	93	93	0	297	29	28	19	21	1.98
121094103--121094163	26	2.3	27	80	11	72	31	27	13	27	1.94
121095711--121095782	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
121107954--121108080	40	3.2	41	81	9	138	24	29	23	22	1.99
121109847--121109944	44	2.2	44	98	0	187	39	12	26	21	1.88
121109847--121109977	44	3.0	44	89	4	167	38	12	25	22	1.89
121109980--121110140	47	3.4	47	76	10	134	36	19	21	22	1.95
121110167--121110363	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121121152--121121181	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
121121978--121122016	20	1.9	21	85	15	55	28	5	15	51	1.64
121129082--121129152	16	4.4	16	90	0	106	29	25	7	38	1.82
121132438--121132588	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
121132475--121132604	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
121136221--121136263	6	7.3	6	81	2	52	16	2	4	76	1.05
121136221--121136263	12	3.7	11	85	11	59	16	2	4	76	1.05
121138895--121138939	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
121140606--121140666	30	2.0	30	96	0	113	29	13	26	31	1.93
121145403--121145458	27	2.0	28	83	10	71	58	7	12	21	1.57
121160533--121160591	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
121163868--121164084	48	4.6	47	80	5	226	29	18	29	22	1.97
121163868--121164084	94	2.3	92	87	6	294	29	18	29	22	1.97
121163916--121164126	94	2.2	94	86	4	282	28	18	28	24	1.98
121169331--121169357	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
121170189--121170220	13	2.5	13	94	0	55	9	34	37	18	1.83
121171948--121172019	3	25.0	3	76	18	73	36	0	2	61	1.11
121171946--121172021	29	2.6	28	82	10	91	36	0	3	59	1.16
121171973--121172029	29	2.0	29	86	6	80	42	0	5	52	1.24
121172403--121172444	20	2.0	20	82	13	50	47	0	4	47	1.23
121173585--121173632	23	2.3	20	78	21	62	31	16	6	45	1.72
121173591--121173635	23	2.0	23	100	0	90	31	13	6	48	1.68
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121173672--121173705	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
121179122--121179329	44	4.8	43	77	8	138	24	29	21	25	1.99
121179166--121179329	89	1.9	87	87	2	238	23	28	23	24	1.99
121179163--121179330	44	3.8	44	82	3	205	23	29	22	24	1.99
121181903--121181952	13	3.5	13	75	19	55	10	18	40	32	1.83
121181893--121181958	30	2.2	30	94	0	123	16	19	37	25	1.93
121183409--121183485	38	2.0	38	97	0	145	24	28	6	40	1.80
121184487--121184827	50	6.8	50	78	1	331	29	25	18	26	1.98
121184539--121184823	101	2.8	101	91	0	453	30	25	18	24	1.98
121184488--121184827	151	2.3	151	82	1	376	30	25	18	25	1.98
121186804--121186905	27	3.8	27	88	0	150	33	12	26	27	1.93
121192156--121192234	42	1.9	42	89	2	124	35	22	12	29	1.91
121192156--121192313	41	3.9	42	77	11	123	32	24	17	26	1.96
121192204--121192344	40	3.5	40	79	8	151	30	24	18	26	1.98
121209091--121209212	43	2.8	43	82	3	156	24	13	27	33	1.94
121212300--121212475	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
121212296--121212467	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
121215427--121215495	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
121215418--121215505	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
121217884--121218055	93	1.9	92	95	1	308	20	20	30	27	1.98
121217889--121218062	46	3.8	46	78	13	205	20	20	29	28	1.98
121223579--121223626	23	2.0	24	88	4	71	60	4	2	33	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121223579--121223626	24	2.0	23	88	4	69	60	4	2	33	1.27
121231501--121231533	11	3.1	11	82	8	50	33	18	21	27	1.96
121231648--121231778	47	2.8	47	87	3	174	22	16	28	33	1.95
121242242--121242271	16	1.9	16	93	6	53	10	13	3	73	1.21
121245130--121245230	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
121245159--121245234	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
121252874--121252974	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
121252903--121252978	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
121261256--121261285	16	1.9	16	93	6	53	10	13	3	73	1.21
121261396--121261434	14	2.8	14	100	0	78	20	7	12	58	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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