genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  39  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9667689--9667771	21	3.8	23	79	9	75	37	22	22	16	1.94
9668142--9668199	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
9669593--9669699	39	2.7	39	79	2	108	38	12	14	35	1.83
9672059--9672098	22	1.9	21	85	10	55	42	35	12	10	1.76
9685027--9685061	6	6.0	6	93	6	63	82	17	0	0	0.66
9685027--9685061	11	3.0	12	91	8	63	82	17	0	0	0.66
9685027--9685060	17	2.0	17	100	0	68	82	17	0	0	0.67
9695748--9695783	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
9706323--9706362	17	2.4	17	95	0	71	25	5	7	62	1.42
9710328--9710362	17	2.1	17	89	5	54	45	0	0	54	0.99
9713863--9714304	113	4.0	111	84	9	593	27	0	13	58	1.39
9713862--9714289	228	1.9	213	87	6	622	27	0	14	57	1.40
9714096--9714297	103	1.9	102	86	7	282	27	0	14	58	1.37
9714511--9714555	17	2.6	18	82	10	58	31	2	4	62	1.27
9714509--9714583	21	3.5	20	71	10	51	30	4	6	58	1.42
9720508--9720540	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
9720848--9720917	26	2.8	23	81	14	77	1	25	1	71	1.03
9720866--9720902	18	2.1	18	90	10	58	0	32	0	67	0.91
9720848--9720914	22	3.0	22	82	8	64	1	26	1	70	1.05
9720848--9720915	23	3.0	21	81	14	64	1	26	1	70	1.04
9725232--9725288	28	2.0	28	100	0	114	36	10	10	42	1.74
9727405--9727452	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9727466--9727556	42	2.1	43	91	2	148	30	3	10	54	1.51
9730648--9730695	19	2.6	19	80	3	53	37	2	10	50	1.49
9730712--9730799	42	2.1	42	95	0	158	28	4	14	52	1.62
9735560--9735608	3	16.3	3	95	0	89	32	32	0	34	1.58
9742563--9742784	35	6.4	35	84	0	230	29	13	26	29	1.95
9742563--9742784	70	3.2	70	83	1	259	29	13	26	29	1.95
9742563--9742784	105	2.1	105	85	0	293	29	13	26	29	1.95
9742899--9743088	35	5.4	35	85	1	256	30	12	25	31	1.93
9742634--9743206	305	1.9	305	91	0	932	31	13	22	32	1.92
9744708--9744836	44	2.8	45	81	4	143	34	14	24	27	1.94
9747660--9747708	18	2.6	17	78	15	53	0	26	2	71	0.97
9754921--9754962	12	3.4	12	81	15	50	83	0	2	14	0.75
9754921--9754962	19	2.3	18	87	4	57	83	0	2	14	0.75
9759484--9759520	19	2.0	18	89	5	56	51	2	0	45	1.15
9760741--9760831	45	2.0	45	100	0	182	39	4	6	49	1.49
9760740--9760814	25	3.2	25	62	30	65	40	4	6	49	1.48
9776797--9776860	6	10.7	6	74	12	51	20	32	3	43	1.67
9778109--9778187	38	2.1	38	100	0	158	26	24	10	39	1.87
9779019--9779062	16	2.6	18	78	10	56	45	0	29	25	1.54
9783232--9783271	17	2.4	17	95	4	73	35	0	5	60	1.19
9783896--9783930	14	2.5	14	86	13	54	74	0	5	20	1.02
9791144--9791208	32	2.0	32	96	0	121	58	15	4	21	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9792287--9792373	6	14.7	6	97	2	167	83	0	0	16	0.64
9802051--9802111	30	2.0	30	90	0	95	24	13	16	45	1.83
9804464--9804492	11	2.6	11	100	0	58	17	6	6	68	1.34
9817273--9817406	23	5.8	24	74	11	95	22	24	20	32	1.98
9820263--9820296	5	6.8	5	93	0	59	76	0	2	20	0.92
9829437--9829749	64	4.8	64	80	8	276	24	28	15	31	1.95
9829437--9829749	130	2.4	129	80	8	321	24	28	15	31	1.95
9832930--9832982	17	3.1	17	91	0	79	28	30	32	9	1.88
9835872--9835899	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9835893--9836033	40	3.5	40	84	2	176	26	16	24	32	1.96
9844018--9844074	23	2.5	23	88	0	87	28	45	3	22	1.69
9844188--9844259	2	36.0	2	82	0	90	47	5	1	45	1.34
9844188--9844258	22	3.2	22	89	0	106	47	5	1	45	1.35
9846604--9846742	26	5.3	26	81	3	100	42	17	6	33	1.75
9846621--9846771	27	5.7	27	82	5	173	41	19	6	31	1.77
9846603--9846772	53	3.2	54	84	6	213	40	18	7	33	1.78
9846755--9846829	27	2.8	27	85	4	98	37	25	10	26	1.89
9846821--9847104	27	10.6	27	85	2	365	27	24	8	39	1.83
9847012--9847123	27	4.1	27	85	1	71	32	22	7	38	1.81
9848351--9848398	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
9848440--9848502	21	3.0	20	88	4	90	33	11	20	34	1.88
9850924--9851063	26	5.3	26	85	1	145	42	18	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9850923--9851092	53	3.2	53	86	8	213	40	18	7	32	1.79
9850941--9851162	27	8.3	27	79	5	209	40	20	8	31	1.82
9850941--9851145	80	2.5	80	81	3	216	40	20	8	30	1.82
9851141--9851426	27	10.9	27	85	8	349	27	23	8	40	1.83
9851141--9851425	53	5.4	53	85	7	359	28	23	8	40	1.83
9850936--9851436	27	18.9	27	79	9	142	33	22	7	36	1.83
9851141--9851436	80	3.7	80	88	5	282	28	23	7	39	1.82
9851220--9851464	80	3.1	80	85	3	210	28	24	8	37	1.86
9852658--9852705	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
9852748--9852808	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
9852858--9853000	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
9852858--9853000	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
9852858--9853001	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
9853191--9853255	31	2.1	32	88	2	96	36	15	24	23	1.93
9862823--9862903	29	2.8	29	90	0	126	25	34	20	18	1.96
9864526--9864664	43	3.3	43	81	9	178	28	25	20	25	1.99
9867186--9867476	27	10.8	27	88	2	415	29	21	8	40	1.82
9867455--9867675	27	8.2	27	77	9	130	38	20	9	31	1.84
9867469--9867678	54	3.9	54	81	2	208	39	20	9	30	1.84
9867469--9867638	81	2.1	81	85	2	225	41	19	8	31	1.81
9867496--9867675	81	2.2	81	84	3	220	39	20	10	30	1.85
9867525--9867855	81	4.1	78	82	9	242	35	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9867656--9867863	27	7.7	27	92	0	335	34	18	22	25	1.96
9868085--9868154	25	2.8	25	95	0	122	27	24	22	25	2.00
9868084--9868167	25	3.4	24	88	4	107	29	21	22	26	1.99
9868380--9868456	31	2.5	31	89	10	124	27	14	25	32	1.94
9869739--9869763	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9873653--9873708	20	2.8	20	79	12	62	25	16	25	33	1.95
9873701--9873836	61	2.2	61	81	5	159	25	19	26	27	1.99
9888776--9888832	26	2.2	27	84	6	73	31	8	5	54	1.53
9889465--9889500	19	1.9	19	88	5	56	47	8	2	41	1.48
9892902--9892932	15	2.1	15	100	0	62	12	35	19	32	1.90
9897017--9897050	14	2.3	15	95	5	61	35	14	14	35	1.87
9905685--9905782	34	2.9	34	86	3	126	32	6	17	43	1.73
9907104--9907172	34	2.1	33	83	2	84	33	8	23	34	1.85
9907921--9907961	21	2.0	21	95	0	73	36	4	31	26	1.78
9909633--9909679	5	9.0	5	78	17	51	36	21	0	42	1.53
9909632--9909671	10	3.7	11	83	16	57	37	20	0	42	1.52
9909633--9909679	17	2.9	17	87	6	62	36	21	0	42	1.53
9909924--9910030	4	26.8	4	100	0	214	49	25	0	25	1.50
9916529--9916589	25	2.4	24	76	13	59	37	11	1	49	1.49
9917854--9917935	36	2.2	36	73	2	83	2	21	7	68	1.26
9928594--9928649	23	2.4	23	81	3	67	32	3	25	39	1.73
9931656--9931876	56	3.9	56	87	2	318	33	22	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9935794--9935891	49	2.0	49	91	0	160	40	8	18	32	1.80
9937490--9937671	96	1.9	96	86	0	256	33	26	21	18	1.96
9939331--9939538	104	2.0	104	99	0	407	33	2	27	36	1.70
9940199--9940280	3	27.3	3	100	0	164	0	34	0	65	0.93
9943419--9943491	38	1.9	38	100	0	146	45	10	23	20	1.83
9954940--9955036	48	2.0	49	83	2	124	30	30	16	21	1.95
9956093--9956185	40	2.3	40	96	0	168	33	27	21	17	1.96
9957477--9957520	19	2.3	19	96	0	79	13	38	9	38	1.77
9958343--9958377	18	1.9	18	94	0	61	25	8	20	45	1.79
9961236--9961390	3	52.0	3	98	1	303	0	33	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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