genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  198  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61443480--61443543	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
61443735--61443921	24	8.0	24	88	7	269	27	21	21	29	1.99
61443735--61443921	93	2.0	95	89	6	292	27	21	21	29	1.99
61443980--61444036	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
61443976--61444038	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
61444075--61444122	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
61445256--61445352	26	3.7	27	85	10	107	22	24	20	31	1.98
61445271--61445352	26	3.1	26	89	5	112	20	25	20	32	1.97
61445403--61445497	27	3.4	27	72	16	77	33	9	18	37	1.84
61445483--61445745	27	9.6	27	77	11	221	41	9	22	27	1.84
61445521--61445698	88	2.0	90	83	4	227	42	8	23	25	1.83
61445549--61445669	62	2.0	63	86	6	176	40	8	25	25	1.83
61445475--61445736	141	1.8	143	88	3	404	41	9	21	28	1.83
61449011--61449146	27	4.9	27	89	3	182	39	19	8	32	1.81
61449045--61449162	54	2.2	54	84	6	150	40	20	8	30	1.82
61449011--61449199	81	2.3	82	81	8	197	39	20	8	31	1.84
61449130--61449203	27	2.8	27	87	6	107	39	22	10	27	1.87
61449195--61449538	27	12.8	27	88	3	444	28	22	8	40	1.83
61449195--61449538	107	3.2	108	84	5	437	28	22	8	40	1.83
61449195--61449538	134	2.6	135	86	4	498	28	22	8	40	1.83
61450772--61450819	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61450863--61450921	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61450972--61451136	24	7.0	24	91	5	239	28	22	22	26	1.99
61450972--61451137	70	2.3	70	88	6	237	28	22	22	26	1.99
61450972--61451136	46	3.5	47	90	6	237	28	22	22	26	1.99
61451324--61451405	31	2.6	31	98	0	155	41	13	20	24	1.88
61454210--61454387	27	6.7	26	85	3	194	40	21	8	29	1.82
61454210--61454387	53	3.3	53	83	2	205	40	21	8	29	1.82
61454210--61454513	54	5.7	54	82	5	163	35	21	9	33	1.86
61454210--61454429	80	2.8	80	80	5	196	38	20	9	31	1.84
61454382--61454720	27	12.8	27	86	5	406	28	22	7	41	1.82
61454382--61454720	52	6.4	53	84	6	375	28	22	7	41	1.82
61455958--61456005	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61456049--61456107	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
61456159--61456293	22	6.0	23	89	9	190	26	22	22	27	2.00
61456158--61456318	24	7.0	24	87	9	203	27	22	22	26	1.99
61456158--61456319	68	2.3	68	86	8	220	28	22	22	26	1.99
61456505--61456585	31	2.6	31	96	1	146	41	13	20	23	1.88
61459087--61459150	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
61459363--61459501	47	2.9	47	89	4	208	28	19	22	30	1.98
61459358--61459502	24	6.1	24	91	4	222	27	20	22	29	1.98
61460963--61461071	39	2.8	40	82	2	139	23	26	22	26	2.00
61466442--61466550	39	2.8	40	82	2	139	23	26	22	26	2.00
61471920--61472029	40	2.8	40	82	0	139	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61473797--61473839	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
61473876--61473923	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
61475080--61475163	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
61475080--61475173	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
61475225--61475319	27	3.4	27	75	16	86	33	10	18	36	1.86
61475305--61475573	27	9.6	27	77	10	207	39	9	23	26	1.86
61475307--61475566	54	4.6	54	75	11	234	40	10	22	26	1.85
61475343--61475525	92	2.0	92	85	0	249	40	9	24	25	1.86
61475370--61475496	65	2.0	65	87	0	182	38	9	27	24	1.86
61475387--61475468	38	2.2	38	84	0	101	37	8	31	21	1.84
61475306--61475552	119	2.1	119	85	1	325	40	10	23	25	1.86
61475305--61475573	146	1.8	146	89	0	421	39	9	23	26	1.86
61475434--61475600	54	3.1	52	79	3	172	37	8	25	28	1.86
61479461--61479637	48	3.7	48	82	1	230	24	28	19	27	1.98
61479461--61479645	96	1.9	96	91	2	300	25	28	18	27	1.98
61484053--61484080	14	2.0	14	100	0	56	42	21	14	21	1.88
61487276--61487306	12	2.6	12	94	0	53	48	41	3	6	1.45
61491206--61491384	46	3.8	49	80	14	191	27	29	21	21	1.99
61491214--61491384	92	1.8	92	93	1	297	27	29	21	21	1.99
61496683--61496853	93	1.8	93	91	0	279	28	27	20	23	1.99
61496674--61496846	46	3.7	46	74	13	156	29	27	19	23	1.98
61500077--61500284	40	5.2	40	80	5	206	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61500077--61500284	80	2.6	79	82	5	231	25	21	26	26	1.99
61508112--61508318	40	5.2	40	84	4	258	25	21	27	25	2.00
61508112--61508318	79	2.6	80	82	5	258	25	21	27	25	2.00
61510488--61510655	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
61518447--61518614	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
61526413--61526439	7	3.9	7	100	0	54	29	11	0	59	1.32
61535261--61535745	94	5.2	94	94	0	826	28	29	9	31	1.89
61535261--61535745	47	10.3	47	87	0	691	28	29	9	31	1.89
61541142--61541232	24	3.8	24	76	4	85	30	17	26	25	1.97
61541133--61541232	23	4.2	23	76	6	76	32	17	27	24	1.96
61546167--61546309	38	3.7	38	85	2	180	22	23	24	29	1.99
61546167--61546341	38	4.5	39	84	2	158	21	22	25	30	1.99
61557819--61557994	38	4.6	39	80	10	159	24	22	24	28	1.99
61557836--61557975	38	3.7	37	84	6	160	22	21	25	30	1.99
61557886--61557987	37	2.7	37	83	4	98	24	19	23	32	1.98
61557827--61558006	76	2.4	76	80	6	204	23	21	24	31	1.98
61559110--61559205	29	3.4	29	79	4	115	27	13	29	30	1.94
61559095--61559193	29	3.5	29	77	13	98	30	13	25	31	1.93
61559617--61559643	8	3.4	8	100	0	54	40	11	48	0	1.39
61567822--61567951	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
61571442--61571790	49	7.1	49	97	0	644	30	27	8	33	1.87
61583154--61583278	41	3.0	41	82	0	160	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61583515--61583585	27	2.6	27	84	0	79	35	14	16	33	1.89
61583535--61583850	27	11.7	27	80	3	251	31	9	18	40	1.82
61583535--61583832	107	2.8	108	81	5	325	31	9	18	41	1.81
61583846--61583923	28	2.9	27	77	11	86	29	23	15	32	1.95
61588159--61588203	21	2.1	21	100	0	90	37	13	22	26	1.91
61588379--61588666	93	3.1	93	91	1	454	37	13	4	45	1.62
61592643--61592836	55	3.6	53	76	8	176	35	16	25	22	1.95
61593089--61593119	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61598239--61598290	24	2.2	24	82	6	61	19	3	25	51	1.63
61604368--61604445	15	5.3	15	75	9	70	11	15	19	53	1.71
61604370--61604449	30	2.8	29	81	7	83	11	15	18	55	1.69
61607493--61607606	59	1.9	59	89	0	174	24	18	27	29	1.98
61610212--61610255	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
61612034--61612102	28	2.6	27	90	6	113	46	24	10	18	1.80
61614513--61614556	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
61616341--61616409	28	2.5	28	95	2	122	44	26	10	18	1.81
61625281--61625326	23	1.9	23	82	8	56	28	10	15	45	1.79
61628931--61629003	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
61628931--61629063	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
61636143--61636215	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
61640061--61640179	27	4.4	27	85	0	157	35	19	21	24	1.96
61640180--61640233	27	2.0	26	89	3	81	22	20	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61640853--61640888	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
61649130--61649446	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
61649130--61649446	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
61651378--61651589	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
61651572--61651706	43	3.1	43	93	0	225	14	20	32	32	1.92
61655446--61655762	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
61655446--61655762	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
61657124--61657361	47	5.1	47	94	0	386	27	28	10	33	1.90
61657171--61657292	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
61662769--61662857	29	3.1	29	85	3	110	29	12	26	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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