genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62026765--62026942	27	6.7	26	78	4	124	42	20	10	26	1.84
62026791--62026938	27	5.5	27	82	2	165	40	19	12	27	1.87
62026765--62026942	80	2.2	79	82	5	214	42	20	10	26	1.84
62028811--62029064	126	2.0	126	97	0	481	23	30	19	26	1.98
62036563--62036744	79	2.3	80	83	7	219	25	26	21	25	2.00
62036561--62036745	40	4.6	41	79	10	204	26	27	21	24	1.99
62039103--62039147	4	11.8	4	77	17	51	80	0	20	0	0.72
62039103--62039151	23	2.1	24	92	3	82	79	0	20	0	0.73
62039103--62039151	19	2.5	20	81	18	68	79	0	20	0	0.73
62043323--62043374	22	2.3	23	83	6	63	34	3	23	38	1.73
62046567--62046691	46	2.7	46	93	0	205	21	20	28	30	1.98
62049645--62049672	13	2.2	13	100	0	56	35	0	32	32	1.58
62049773--62049852	15	5.4	15	79	7	83	11	17	12	58	1.62
62049764--62049851	30	3.0	30	80	8	90	11	17	14	56	1.66
62052243--62052418	46	3.8	46	78	10	205	22	19	28	29	1.98
62052240--62052410	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	28	1.98
62054242--62054487	120	2.1	119	81	9	279	27	20	26	26	1.99
62054229--62054426	40	4.9	40	91	3	276	26	20	26	26	1.99
62054230--62054473	40	6.1	40	87	6	137	26	20	26	25	1.99
62058137--62058161	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
62060245--62060448	40	5.2	39	81	7	216	25	21	25	26	1.99
62062068--62062172	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62062106--62062228	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
62062127--62062228	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
62073705--62073881	52	3.5	50	83	6	205	28	15	28	27	1.96
62073705--62073881	51	3.5	51	86	3	223	28	15	28	27	1.96
62075920--62076039	39	3.1	39	90	2	197	20	25	31	23	1.98
62075923--62076037	38	3.0	39	90	2	187	20	25	30	23	1.99
62080579--62080866	47	6.1	47	90	1	416	32	11	29	27	1.91
62080603--62080679	22	3.4	22	64	22	59	28	12	31	27	1.93
62080699--62080822	24	5.2	24	64	25	75	30	12	31	25	1.93
62081075--62081216	37	3.9	36	89	3	212	23	18	33	25	1.97
62082481--62082862	78	4.9	80	86	7	534	24	22	27	25	2.00
62082481--62082862	118	3.3	120	86	4	523	24	22	27	25	2.00
62082481--62082862	40	9.8	40	87	5	523	24	22	27	25	2.00
62087024--62087311	47	6.1	47	90	0	432	31	11	29	27	1.91
62087051--62087126	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
62087192--62087267	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
62087023--62087302	141	2.0	141	96	0	515	31	11	29	27	1.91
62087046--62087367	94	3.4	91	84	7	333	32	10	28	27	1.90
62087516--62087658	37	3.9	37	90	1	225	23	20	32	23	1.98
62087516--62087657	73	1.9	74	91	1	232	23	20	33	23	1.97
62092244--62092364	39	3.1	39	91	0	197	20	24	30	23	1.99
62095005--62095176	27	6.4	27	90	2	247	22	18	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62095006--62095203	81	2.4	81	84	3	202	24	17	19	38	1.93
62095157--62095235	27	2.9	27	83	5	97	35	13	15	35	1.87
62099614--62099706	27	3.5	26	75	5	80	26	12	26	33	1.93
62104871--62104971	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62109110--62109145	12	3.0	12	95	0	63	25	47	0	27	1.52
62109100--62109144	12	3.5	14	82	14	53	26	40	0	33	1.57
62110260--62110305	23	2.0	23	95	0	83	43	15	19	21	1.87
62115290--62115355	23	2.9	23	93	0	105	19	24	18	37	1.93
62115294--62115370	23	3.3	23	87	3	75	22	23	16	37	1.94
62119641--62119863	79	2.8	80	84	8	292	25	21	26	25	2.00
62119641--62119865	40	5.7	40	87	5	289	25	21	27	25	2.00
62119641--62119872	119	1.9	120	83	9	296	25	21	27	25	1.99
62119648--62119898	79	3.2	78	80	12	271	27	20	26	25	1.99
62124749--62124860	39	2.8	39	87	1	143	25	26	21	26	1.99
62132821--62132933	39	2.9	39	89	1	154	23	26	23	26	2.00
62140755--62140820	33	2.0	33	81	0	78	25	27	22	24	2.00
62141403--62141466	27	2.4	27	78	2	76	32	7	14	45	1.73
62151020--62151088	33	2.1	34	86	2	95	27	26	23	23	2.00
62151026--62151147	34	3.6	34	82	3	120	27	19	18	33	1.96
62151057--62151153	35	2.8	35	85	1	133	27	16	17	38	1.91
62151591--62151718	27	4.7	27	89	0	193	34	17	16	32	1.92
62153041--62153091	12	4.2	12	80	14	52	19	49	0	31	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62155973--62156148	50	3.5	49	84	1	217	25	17	26	30	1.97
62155965--62156161	50	3.9	50	81	1	216	25	18	26	29	1.98
62155973--62156160	99	1.9	101	85	2	263	25	18	26	30	1.98
62158870--62158908	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
62161675--62161809	51	2.7	51	85	1	182	25	19	26	28	1.99
62161675--62161822	50	2.9	51	82	2	190	26	19	26	27	1.99
62168218--62168347	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
62171319--62171364	20	2.3	20	100	0	92	13	28	36	21	1.91
62171319--62171372	20	2.7	20	94	0	81	12	25	37	24	1.91
62175652--62175694	22	1.9	23	85	4	61	34	16	4	44	1.68
62188531--62188711	49	3.7	49	85	0	227	30	28	16	24	1.96
62190344--62190369	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
62192768--62192863	25	3.8	25	91	0	147	23	17	11	46	1.81
62193685--62193949	45	6.0	45	91	2	358	24	21	26	27	1.99
62197002--62197075	28	2.7	27	89	8	114	20	9	27	43	1.82
62198706--62198743	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
62203307--62203377	25	2.8	25	91	0	106	23	16	11	47	1.79
62204195--62204504	45	7.0	45	89	2	432	26	21	25	26	2.00
62204195--62204504	91	3.5	90	88	3	432	26	21	25	26	2.00
62204195--62204504	136	2.3	134	87	3	430	26	21	25	26	2.00
62204674--62204753	20	4.2	20	63	23	55	41	3	17	37	1.68
62204648--62204762	56	2.1	56	100	0	230	39	3	17	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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62245773--62245901	46	2.8	46	87	0	186	29	27	21	20	1.98
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62248620--62248708	35	2.5	35	89	3	135	26	16	21	34	1.95
62251291--62251320	15	2.1	15	93	6	53	0	6	3	90	0.56
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62254065--62254282	47	4.7	47	80	10	220	24	29	18	26	1.98
62254012--62254285	94	2.9	90	79	11	277	24	29	18	27	1.98
62260530--62260564	18	1.9	18	94	0	61	20	42	20	17	1.89
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62261578--62261751	47	3.7	48	78	11	182	25	32	17	24	1.97
62261537--62261749	94	2.3	91	82	8	245	26	30	16	25	1.97
62268368--62268404	18	2.1	18	100	0	74	37	35	10	16	1.83
62278836--62278876	21	2.0	21	100	0	82	60	0	19	19	1.36
62280698--62280747	10	4.8	10	81	18	57	56	6	2	36	1.36
62283295--62283411	46	2.5	45	87	9	157	24	30	17	27	1.97
62287521--62287559	18	2.2	18	85	0	51	25	12	28	33	1.93
62290067--62290114	17	2.8	18	87	6	73	50	0	2	47	1.12
62290067--62290114	23	2.1	23	92	0	78	50	0	2	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62295196--62295229	14	2.3	15	90	5	52	2	17	0	79	0.86
62296645--62296762	41	2.9	41	79	5	139	34	12	27	25	1.92
62297482--62297649	14	11.7	14	70	10	63	20	1	27	50	1.55
62297553--62297642	28	3.2	28	78	12	78	20	0	27	52	1.47
62298267--62298291	13	1.9	13	100	0	50	0	44	0	56	0.99
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62299384--62300193	160	5.1	160	84	4	888	33	4	22	39	1.74
62299538--62300760	206	6.0	203	88	3	1563	33	4	22	39	1.74
62301456--62301750	43	6.9	43	83	0	214	27	16	27	28	1.97
62301461--62301695	128	1.8	129	83	0	310	27	17	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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