genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29361696--29361748	11	4.8	11	79	9	63	26	60	5	7	1.46
29361696--29361748	22	2.4	22	90	0	79	26	60	5	7	1.46
29362004--29362051	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
29363558--29363771	30	7.1	31	73	11	131	40	13	22	23	1.89
29363585--29363861	119	2.3	119	85	3	351	40	12	22	23	1.88
29363759--29363836	29	2.6	30	79	6	86	44	12	21	20	1.85
29365300--29365380	34	2.4	35	83	6	103	23	25	25	24	2.00
29369734--29369773	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
29380299--29380361	33	1.9	33	100	0	126	17	14	15	52	1.75
29386402--29386426	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
29390060--29390153	34	2.8	34	80	6	100	23	23	24	28	1.99
29403589--29403778	39	4.8	39	79	7	145	24	23	27	23	2.00
29403589--29403771	79	2.3	81	83	9	227	24	24	27	24	2.00
29409497--29409647	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
29409534--29409663	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
29409496--29409663	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
29417461--29417611	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
29417498--29417627	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
29417461--29417627	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
29425054--29425122	21	3.2	21	61	15	50	37	20	26	15	1.93
29425346--29425496	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
29425383--29425512	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29425345--29425512	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
29430640--29430824	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
29430641--29430832	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
29437689--29437892	40	5.1	39	83	4	221	27	26	21	24	1.99
29440815--29440872	30	2.0	29	83	6	73	22	22	22	32	1.98
29443631--29443710	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
29462819--29462963	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
29464865--29464986	37	3.3	37	95	0	217	22	33	18	25	1.97
29465088--29465351	49	5.4	49	95	0	447	28	32	9	29	1.88
29466944--29466970	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
29474067--29474211	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
29474044--29474211	40	4.2	40	82	4	187	25	27	23	23	2.00
29475942--29476043	29	3.5	29	81	9	118	28	26	13	31	1.94
29475942--29476043	28	3.5	29	82	6	118	28	26	13	31	1.94
29478022--29478049	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29481412--29481467	23	2.4	23	80	16	62	76	10	5	7	1.14
29484432--29484466	18	1.9	18	94	0	61	25	42	2	28	1.69
29494238--29494288	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
29497111--29497168	30	1.9	30	85	0	80	27	27	8	36	1.86
29505231--29505350	29	4.2	29	88	1	170	26	12	30	30	1.93
29508608--29508749	42	3.3	41	75	12	135	31	26	16	26	1.96
29512269--29512364	29	3.3	29	85	1	131	26	14	30	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29516386--29516419	12	2.8	12	86	13	52	38	0	32	29	1.58
29517303--29517370	33	2.1	33	100	0	136	20	17	22	39	1.92
29523812--29523999	100	1.9	100	94	0	331	28	25	20	25	1.99
29523812--29524001	49	3.9	48	80	6	211	28	26	20	25	1.99
29526829--29526914	45	1.9	45	95	0	154	34	24	15	25	1.94
29527413--29527452	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
29532549--29532855	146	2.1	147	89	4	469	44	10	4	40	1.59
29534419--29534452	18	1.9	17	88	5	50	41	20	2	35	1.68
29536206--29536422	46	4.7	45	79	13	201	24	30	18	25	1.98
29536207--29536430	94	2.4	92	83	7	276	25	31	17	25	1.97
29539995--29540092	49	2.0	49	97	0	187	25	18	8	47	1.76
29540290--29540337	23	2.1	23	100	0	96	41	12	4	41	1.62
29547019--29547071	27	2.0	25	85	7	70	20	11	9	58	1.60
29547027--29547077	26	1.9	27	84	11	70	19	11	13	54	1.69
29549941--29550131	82	2.3	83	86	2	258	25	21	24	27	2.00
29557306--29557456	40	3.8	40	78	6	146	21	27	23	27	1.99
29560329--29560496	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
29560345--29560494	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
29562281--29562450	43	4.0	43	77	6	148	32	25	14	27	1.94
29565404--29565588	40	4.6	40	95	1	318	23	23	27	25	2.00
29565400--29565620	80	2.8	79	88	4	311	25	22	26	25	2.00
29569126--29569344	46	4.7	47	74	15	195	28	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29569118--29569344	93	2.4	93	94	0	382	29	29	19	22	1.98
29574308--29574379	28	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
29578110--29578153	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
29579947--29580015	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
29581969--29582108	40	3.5	40	90	2	212	23	22	26	27	2.00
29590377--29590594	40	5.5	40	93	3	354	22	22	27	27	2.00
29593260--29593525	93	2.9	93	89	1	399	27	28	21	22	1.99
29593253--29593523	46	5.8	46	73	6	233	28	27	21	22	1.99
29595489--29595617	43	3.0	42	80	6	143	30	27	17	25	1.97
29596117--29596176	29	2.1	28	81	9	68	25	18	3	53	1.60
29599549--29599608	30	2.0	30	100	0	120	43	13	16	26	1.85
29599963--29600046	26	3.3	26	75	9	75	40	21	17	20	1.91
29603919--29604128	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
29612055--29612264	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
29614536--29614595	29	2.1	29	87	6	86	41	11	6	40	1.68
29616243--29616307	27	2.4	27	82	10	71	13	30	18	36	1.90
29617826--29617878	25	2.2	24	82	3	61	16	20	22	39	1.92
29646598--29646633	19	1.9	19	94	5	65	27	19	13	38	1.90
29646996--29647060	32	2.0	32	96	0	121	36	15	10	36	1.82
29647705--29647740	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
29648952--29649072	32	3.8	32	86	0	179	31	12	9	47	1.72
29648952--29649072	64	1.9	64	92	0	206	31	12	9	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29652195--29652223	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
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29653091--29653141	25	2.0	25	100	0	102	25	11	19	43	1.85
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29658529--29658578	25	2.1	25	85	7	68	18	24	20	38	1.93
29659475--29659540	19	3.6	19	73	8	73	10	4	30	54	1.54
29659468--29659539	36	2.0	36	97	0	135	11	4	30	54	1.55
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29664012--29664054	22	2.0	22	81	9	52	11	4	44	39	1.62
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29666759--29666799	22	1.9	21	90	5	64	46	12	0	41	1.41
29666952--29666993	21	2.0	21	90	0	66	35	40	16	7	1.76
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29668795--29668835	21	2.0	21	90	0	64	36	17	0	46	1.48
29677863--29677892	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
29682163--29682255	40	2.3	40	88	0	132	34	17	20	27	1.95
29682304--29682361	20	3.0	20	84	5	82	31	24	24	20	1.98
29682436--29682515	38	2.1	38	81	4	90	42	10	20	27	1.83
29685489--29685525	18	2.1	18	94	0	65	21	18	16	43	1.88
29690732--29690764	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
29691160--29691193	17	1.9	18	88	5	52	61	11	2	23	1.43
29695105--29695265	29	5.6	29	88	0	187	26	15	32	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29702920--29703078	29	5.6	29	86	3	178	27	15	32	25	1.96
29704380--29704545	83	2.0	83	98	0	323	18	25	27	28	1.98
29709763--29709929	84	2.0	82	96	2	307	43	14	17	23	1.86
29710881--29711002	29	4.2	29	92	2	174	30	15	28	25	1.96
29710882--29711002	57	2.1	58	87	1	172	30	15	28	24	1.96
29718690--29718850	29	5.6	29	87	0	178	27	15	32	24	1.95
29721272--29721404	47	2.9	44	75	12	133	29	18	28	23	1.98
29728988--29729019	17	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
29733034--29733215	78	2.3	81	83	6	230	24	22	28	24	2.00
29733034--29733217	40	4.7	39	82	8	212	24	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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