genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  286  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89529310--89529484	46	3.8	45	77	13	167	29	28	20	22	1.98
89529360--89529503	46	3.1	45	75	11	148	29	27	19	23	1.98
89531877--89531953	15	5.2	15	80	9	79	55	14	16	12	1.69
89531875--89531953	29	2.7	29	80	11	88	55	13	17	12	1.69
89537291--89537341	26	2.0	26	88	0	75	17	15	21	45	1.86
89537602--89537716	29	4.0	28	72	9	106	25	30	15	28	1.96
89537932--89537999	8	8.6	8	76	7	68	7	22	19	51	1.71
89545417--89545549	27	4.9	27	83	2	151	39	21	11	27	1.88
89545419--89545565	27	5.4	27	73	11	106	39	21	12	26	1.89
89546187--89546279	27	3.4	27	91	5	143	44	25	9	20	1.82
89547441--89547533	43	2.2	43	96	0	168	24	13	27	33	1.94
89547441--89547545	43	2.4	43	90	3	149	24	14	27	33	1.94
89559897--89560086	88	2.2	88	90	0	290	21	32	25	21	1.98
89564078--89564392	94	3.4	92	80	12	340	25	18	30	25	1.98
89564073--89564394	47	6.9	46	76	9	251	25	18	30	25	1.98
89564073--89564392	140	2.3	142	79	7	357	25	18	30	25	1.98
89572884--89573155	49	5.7	47	89	4	373	27	30	8	33	1.87
89576766--89576956	40	4.8	40	96	0	339	25	28	20	25	1.99
89578788--89579004	40	5.5	39	85	4	240	24	26	23	25	2.00
89578801--89579005	79	2.6	79	84	3	259	25	26	22	25	2.00
89578788--89579004	119	1.8	119	85	2	310	24	26	23	25	2.00
89583485--89583675	40	4.8	40	96	0	330	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89585852--89585930	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
89585802--89586073	49	5.7	48	92	2	406	28	29	8	33	1.87
89596685--89596856	93	1.8	93	92	0	290	26	30	21	21	1.98
89596677--89596852	46	3.8	46	75	15	182	27	29	21	21	1.98
89605480--89605522	19	2.1	21	87	8	63	13	27	4	53	1.60
89607722--89607802	26	3.2	26	62	22	64	24	14	28	32	1.95
89607722--89607909	49	3.8	49	82	8	245	27	18	25	29	1.98
89607717--89607904	100	1.9	100	92	2	315	26	19	25	29	1.98
89609244--89609331	29	3.1	29	77	8	99	23	14	34	27	1.94
89611555--89611583	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
89618760--89618887	48	2.7	49	82	2	143	25	17	28	28	1.98
89618813--89618931	42	2.7	42	85	7	139	25	15	27	31	1.95
89618813--89619022	90	2.3	90	81	3	226	27	16	25	30	1.97
89618813--89618977	48	3.6	46	79	11	169	27	15	26	30	1.96
89623620--89623787	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
89631596--89631763	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
89635143--89635203	31	2.0	29	81	12	70	45	3	27	22	1.68
89635687--89635843	43	3.7	43	78	7	149	25	19	23	31	1.98
89646243--89646381	51	2.7	51	80	4	147	25	13	30	29	1.94
89673604--89673637	17	2.0	17	88	0	50	23	17	11	47	1.81
89675739--89675914	46	3.8	46	76	12	171	22	21	27	28	1.99
89675736--89675907	93	1.8	93	89	0	272	22	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89678825--89678857	15	2.3	15	89	5	50	9	15	12	63	1.51
89681238--89681413	46	3.8	45	76	11	178	22	20	28	28	1.98
89681235--89681406	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	27	1.99
89686163--89686195	16	2.0	17	94	5	59	42	24	0	33	1.55
89687720--89687877	43	3.7	43	81	9	171	24	18	26	31	1.98
89694914--89695030	43	2.8	42	76	1	117	29	17	22	30	1.96
89696748--89696847	42	2.4	42	81	1	128	26	17	24	33	1.96
89700157--89700261	43	2.5	42	77	1	111	28	23	17	30	1.97
89701170--89701276	27	3.9	27	90	3	135	36	19	23	20	1.95
89704209--89704242	17	2.0	17	88	11	52	50	11	8	29	1.69
89705046--89705152	56	1.9	56	98	0	205	23	22	18	35	1.96
89716000--89716092	46	2.0	46	93	0	159	27	17	17	37	1.92
89717378--89717521	72	2.0	72	88	0	216	44	21	10	23	1.83
89721187--89721227	21	2.0	21	100	0	82	43	9	17	29	1.80
89723695--89723787	32	2.9	32	75	0	96	32	21	21	24	1.98
89724231--89724282	27	1.9	27	96	0	95	32	15	17	34	1.91
89732932--89733153	40	5.6	40	91	1	340	27	26	22	22	1.99
89740182--89740391	40	5.3	40	92	3	338	28	26	22	22	1.99
89741505--89741551	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
89743108--89743184	31	2.5	31	93	0	127	49	12	15	22	1.78
89743091--89743184	6	15.3	6	70	16	59	50	13	14	21	1.78
89743317--89743417	27	3.8	26	84	5	112	37	19	22	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89743576--89743640	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
89744067--89744396	27	12.3	27	86	0	437	25	21	19	33	1.97
89744382--89744465	25	3.3	25	74	14	73	28	9	22	39	1.85
89745561--89745871	47	6.6	47	72	12	192	27	19	29	22	1.98
89755889--89756121	49	4.8	49	77	4	197	22	29	18	29	1.97
89755946--89756158	46	4.5	46	79	5	203	22	28	19	30	1.98
89763104--89763133	9	3.4	9	90	9	53	90	0	10	0	0.47
89765438--89765472	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
89767519--89768020	4	129.5	4	82	6	532	24	0	25	49	1.57
89767973--89768045	38	1.9	38	88	0	110	31	8	21	38	1.83
89769052--89769082	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
89771760--89771806	20	2.2	21	81	14	60	51	2	14	31	1.55
89771770--89771811	20	2.1	20	95	0	75	52	0	11	35	1.38
89775406--89775551	44	3.4	41	76	9	114	33	24	17	23	1.96
89775430--89775551	44	2.8	43	81	6	149	32	25	18	22	1.97
89786777--89786947	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
89791620--89791750	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
89791637--89791787	40	3.8	40	85	4	171	23	26	21	28	1.99
89813937--89814037	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
89813937--89814119	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
89821966--89822066	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
89821966--89822148	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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89836698--89836870	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
89838240--89838543	47	6.4	48	73	11	225	27	19	29	24	1.98
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89841439--89841489	25	2.0	25	100	0	102	29	11	15	43	1.82
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89855765--89856039	94	2.9	94	78	8	276	24	29	18	28	1.98
89855670--89856031	140	2.5	141	78	11	364	24	29	18	27	1.98
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89858763--89858992	102	2.3	102	93	1	390	25	14	26	33	1.94
89859562--89859888	180	1.8	180	89	0	519	39	8	18	33	1.82
89861486--89861654	47	3.6	46	78	13	193	27	31	19	21	1.97
89861439--89861701	93	2.8	93	92	0	418	28	30	20	21	1.98
89861432--89861700	46	5.8	46	74	16	223	28	30	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89864106--89864163	30	1.9	30	86	6	82	60	13	12	13	1.60
89864106--89864164	15	3.9	15	75	0	55	61	13	11	13	1.58
89867104--89867272	47	3.6	46	78	13	193	28	30	20	20	1.97
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89867057--89867322	93	2.9	93	91	0	424	28	30	20	20	1.98
89869114--89869423	46	6.6	47	72	15	176	24	29	17	28	1.97
89874081--89874118	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
89875755--89875847	27	3.4	27	89	5	134	43	26	9	20	1.83
89882045--89882082	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
89883717--89883808	27	3.4	27	89	7	134	44	25	9	20	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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